Через четыре дня после побега, накануне приезда Папы Римского в Турцию, в газете «Миллиет» вышла статья, подписанная «Али Агджа», в которой автор сообщал о своем намерении убить «вождя крестоносцев Иоанна Павла II». Правоохранительные органы не обратили особого внимания на эту статью, сочтя ее простым хулиганством, и действительно, визит понтифика прошел спокойно.
В апреле 1980 года скрывающийся от правосудия Агджа за убийство Абди Ипекчи был заочно приговорен турецким судом к смертной казни. С мая по сентябрь этого же года террорист под именем Йогиндера Сингха, гражданина Индии, скрывался в Иране и Болгарии. Как стало известно позже, за полтора года, прошедшие со дня побега из тюрьмы до дня покушения в Риме, он побывал в Софии, Риме, Вене, Цюрихе, Милане, Тунисе, потратив за это время около 50 тыс. долларов. Правда, установить, с кем Агджа вступал в контакты за этот период времени, так и не удалось. В начале мая 1981 года террорист приехал в Рим и снял комнату в пансионате «Иса», расположенном неподалеку от Ватикана.
13 мая 1981 года произошло событие, повергшее в ужас всех католиков планеты. Папа Римский Иоанн Павел II, в прошлом – польский кардинал Кароль Войтыла, чаще всех своих предшественников напрямую общался с народом, что принесло ему огромную популярность. Однако обратной стороной этой доступности и близости к народу была его относительная незащищенность. В среду – традиционный день общей аудиенции – папа благословлял толпы народа, стекавшиеся на площадь Святого Петра в Риме. На белом джипе с открытым верхом, двигавшемся на самой маленькой скорости, Иоанн Павел II объезжал ряды верующих, пожимая им руки и благословляя. Автомобиль сделал один круг по площади и пошел на второй, повернув к собору Святого Петра. В 17 часов 19 минут папа взял на руки маленькую светловолосую девочку, прижал ее на мгновение к себе и отдал счастливым родителям. И в этот самый момент из толпы, совсем рядом с автомобилем Иоанна Павла II, прогремело шесть выстрелов подряд. На белом одеянии понтифика проступило красное пятно, и он упал на руки своего личного секретаря, епископа Станислава Дживича. Две пули, выпущенные из автоматического браунинга 9-го калибра, попали папе в брюшную полость, задев указательный палец правой руки, и в правый локоть. Телохранители, прикрывая собой Иоанна Павла II, бросились в автомобиль, который мгновенно сорвался с места и помчался под Колокольную арку в Ватикан, где папу переложили на носилки и увезли на карете «скорой помощи» в госпиталь Агостино Джемелли, принадлежащий медицинскому факультету католического университета. Машина домчалась до клиники за семь минут, несмотря на пробки и сломанную сирену. Понтифика, потерявшего за время дороги около трех литров крови, сразу же положили на операционный стол. К счастью, ни позвоночник, ни другие жизненно важные органы не были задеты – жизнь главы католической церкви была вне опасности. Уже через три дня после операции Иоанн Павел II в ходе воскресной службы, проходившей прямо в госпитале, назвал своего несостоявшегося убийцу «братом».
Стрелявший в папу 23-летний Али Агджа был схвачен сразу же после того, как отъехала машина понтифика, – в дни встреч Иоанна Павла II с верующими на площади собиралась такая плотная толпа народа, что выбраться из нее было фактически невозможно. Убийца даже не успел выпустить из рук пистолет. Его увезла полиция, и площадь Святого Петра погрузилась в тишину. Люди не спешили расходиться: одни молились, встав на колени, другие тихо плакали.