На судебном процессе, проходившем в Риме с 22 по 24 июля 1981 года, Али Агджа заявил, что Папа Римский – «это вождь крестового похода против моей религии, это он несет ответственность за нападки Запада против ислама». Итальянский суд признал турецкого террориста виновным и приговорил его к пожизненному заключению. Агджа отбывал свой срок в одиночной камере. 27 декабря 1983 года Иоанн Павел II встретился с ним в этой камере один на один. Папа не пожелал предавать огласке содержание их беседы, известно только, что он сказал заключенному, что простил его, о чем официально заявлял и ранее, сразу после выхода из больницы. В течение всего срока пребывания в итальянской тюрьме Агджа посылал понтифику поздравления с различными праздниками и другими знаменательными событиями, на что получал в ответ благодарность и очередное заверение в том, что он прощен. Неудавшийся убийца, как выяснилось позднее, небезосновательно надеялся получить помощь от неудавшейся жертвы.
Однако итальянские власти не были настроены столь великодушно, как папа, они хотели знать, кто стоит за покушением, и допросы террориста продолжались. По некоторым данным, Агджа выдвинул целых 128 версий своего преступления. По одной из них, «приказ убить папу пришел из советского посольства в Софии». На основании этой версии, которую Агджа поддерживал два с половиной года, было арестовано три человека, так или иначе связанных с советскими спецслужбами в Болгарии. Однако суд не нашел достаточных оснований для предъявления им обвинений и отпустил всех троих на свободу. Но несмотря на это, итальянские спецслужбы все же высказывались в пользу версии об участии КГБ в покушении на папу. Но вскоре Агджа сообщил, что версию с Болгарией и КГБ ему навязал сотрудник итальянской военной разведки, посещавший его в тюрьме, связанный с ЦРУ и мафией. Еще позднее Али дал показания о том, что у него был сообщник – Бекир Челенк, крестный отец турецкой мафии в Софии, имевший связи с военизированной масонской ложей «Пропаганда-2». Показания Агджи постоянно менялись до тех пор, пока 13 мая 2000 года, через 19 лет после покушения на Папу Римского, не был обнародован так называемый «третий секрет Фатимы».
Согласно легенде, 13 мая 1917 года в португальской деревне Фатима трем детям-пастушкам явилась Дева Мария, открывшая им три пророчества. Первое из них говорило о том, что преисподняя существует. Второе – об окончании Первой мировой войны, скором начале Второй и возрастании роли России в истории человечества. Третье пророчество долго держалось в тайне, записи его хранились в Ватикане и тщательно скрывались от посторонних глаз до тех пор, пока Иоанн Павел II сам не совершил паломничество в Фатиму и не пообщался с единственной оставшейся в живых пастушкой, получившей откровение от Богородицы. «Третий секрет Фатимы» гласил о мятущейся толпе и «епископе, белые одежды которого окропились кровью». Как только сведения об этом пророчестве попали в средства массовой информации, Али Агджа, обладавший яркой фантазией и незаурядным умом, выдвинул новую, мистическую версию своего преступления. Он созвал у себя в камере пресс-конференцию, на которой заявил, что во время подготовки к покушению и собственно в момент оного им овладела «какая-то непонятная, сверхъестественная сила», что он – «всего лишь человек, который должен был ранить папу», и «являлся орудием высших сил». Эту версию живо поддержал и сам Папа Римский, заявив, что «никогда не верил в так называемую болгарскую связь», которая казалась итальянским правоохранительным органам наиболее правдоподобной.
Известно, что Иоанн Павел II лично обращался к президенту Италии Карло Азелио Чампи с просьбой о помиловании человека, покушавшегося на его жизнь. И вот 13 июня 2000 года отсидевший 19 лет в итальянской тюрьме Али Агджа был официально помилован лично президентом и выдан турецким властям. За время, проведенное террористом за пределами родины, вынесенный ему в 1980 году смертный приговор был заменен на 10 лет тюремного заключения. Несмотря на то что помимо этих десяти лет ему грозило еще лет семь за всплывшее уже после его побега вооруженное ограбление стамбульской фабрики в 1977 году, Агджа был счастлив и не скрывал своей радости: «Осуществилась моя мечта. Я все еще не могу поверить в это. Спасибо Папе Римскому, спасибо Ватикану, спасибо президенту Италии!» Возможно, в тот момент эти слова были действительно искренними. На аэродроме в Стамбуле Али Агджу встречали два бронетранспортера, три полицейских автобуса и четыре машины сопровождения. Родина помнила своего «героя» в лицо и приняла все возможные меры предосторожности, чтобы не допустить повторения истории 20-летней давности.