В это время Птолемей Дионис стоял с войском у Пелусия, города в дельте Нила. Помпей отправил к царю гонца с известием о своем прибытии и просьбой о помощи. Но от самого Птолемея, который был еще очень молод, ничего не зависело. Государством управляли его опекуны, и наибольшее влияние из них имели евнух Потин и военачальник Ахилла. Чтобы решить, как поступать с Помпеем, Потин собрал воспитателей и придворных царя на совет. Мнения разделились. Часть присутствующих считала, что надо отправить беглецов восвояси, часть — что их, наоборот, нужно принять и оказать содействие. Но тут слово взял некто Теодот, учитель риторики. Желая, по словам Плутарха, показать свою проницательность и красноречие, он высказался примерно таким образом: «Оба предложения представляют опасность: ведь приняв Помпея, мы сделаем Цезаря врагом, а Помпея своим владыкой; в случае отказа Помпей поставит нам в вину свое изгнание, а Цезарь — необходимость преследовать Помпея. Поэтому наилучшим выходом из положения было бы пригласить Помпея и затем убить его. В самом деле, этим мы окажем и Цезарю великую услугу, и Помпея нам уже не придется опасаться. Мертвец не кусается». Это решение было одобрено советниками. Выполнение замысла поручили Ахилле.
И вот наступил последний день Помпея. К Пелусию подошли корабли Помпея. Ахилла на небольшой лодке направился им навстречу. С ним плыли несколько слуг и двое римлян: Септимий, который служил когда-то военным трибуном у Помпея, и Сальвий, который был у него центурионом. Увидев, что прием не отличается пышностью и навстречу кораблю плывет только несколько человек в лодке, спутники стали советовать Помпею немедленно повернуть корабль и выйти в море. В это время на стоящие у берега египетские корабли начали подниматься воины. Стало ясно, что спастись бегством не удастся. Между тем лодка Ахиллы приблизилась и Септимий приветствовал Помпея, назвав его императором. Ахилла сказал, что в этом месте очень мелко и пройти на триере невозможно, и пригласил Помпея сойти в лодку. Простившись с женой и сыном, Помпей приказал двум центурионам, вольноотпущеннику Филиппу и рабу Скифу, спуститься в лодку. Последние слова, с которыми Помпей, спускаясь в лодку, обратился к Корнелии и сыну, были отрывком из стихов Софокла:
«Когда к тирану в дом войдет свободный муж,
Он в тот же самый миг становится рабом».
Когда лодка отплыла от корабля, Помпей обратился к Септимию со словами: «Если не ошибаюсь, то узнаю моего старого соратника». Септимий только кивнул в ответ, но никаких дружеских чувств не продемонстрировал. По пути к берегу весь экипаж лодки соблюдал молчание, а Помпей читал свиток с текстом своего обращения к Птолемею. Когда лодка подплыла к берегу, к ней направилось большое количество придворных и воинов, как бы для торжественной встречи. Оставшихся на корабле спутников Помпея это ободрило. Собираясь подняться, Помпей оперся на руку Филиппа, и в этот момент Септимий ударил его мечом в спину. Сальвий и Ахилла тоже выхватили мечи. Помпей руками натянул на лицо тогу и, издав только стон, мужественно встретил смерть. Это произошло 28 сентября 48 года до н. э., на следующий день после того, как Помпею исполнилось 58 лет.
Увидев, что наихудшие опасения подтвердились, оставшиеся на кораблях подняли якоря и обратились в бегство. Уйти от погони им помог сильный попутный ветер.
Убийцы отрубили Помпею голову, а тело бросили в воду недалеко от берега. Филипп не покинул своего господина, он оставался возле трупа, пока не разошлись любопытные. Тогда он обмыл тело и обернул его своими одеждами. В качестве дров для погребального костра он использовал обломки старой лодки. Пока Филипп переносил и складывал обломки лодки, к нему подошел какой-то пожилой римлянин. «Кто ты такой, приятель, коли собираешься погребать Помпея Магна?» — спросил он. Филипп ответил, что он вольноотпущенник Помпея. «Эта честь не должна принадлежать одному тебе! — сказал старик. — Прими и меня как бы в участники благочестивой находки, чтобы мне не во всем сетовать на свое пребывание на чужбине, которое после столь тяжких превратностей дает мне случай исполнить, по крайней мере, хоть одно благородное дело — коснуться собственными руками и отдать последний долг великому полководцу римлян».