Уже в ходе боев защитники города создавали новые полевые укрепления. Снабжение осажденной крепости, пополнение гарнизона, вывоз раненых и мирного населения осуществлялся только морем, часто под ударами немецкой авиации. 4 ноября все силы советских войск, находившиеся в данной зоне, были объединены в Севастопольский оборонительный район; его начальником назначили командующего флотом вице-адмирала Ф. Октябрьского, а его заместителем по сухопутной обороне стал командующий Приморской армией генерал-майор И. Петров.
11 ноября гитлеровцы пошли в наступление. Защитники города держались больше месяца, практически не получая помощи извне, пока к ним не пробились части 184-й дивизии НКВД; несколькими днями позже в город прибыл первый транспорт с боеприпасами. После упорных боев, понеся серьезные потери, немцы с 21 ноября прекратили лобовые атаки и перешли к осаде города.
Новое наступление — уже при поддержке танков — семь немецких пехотных дивизий и две румынские бригады начали 17 декабря. И снова нападавшие были отброшены защитниками города, на помощь которым пришла корабельная артиллерия. Наступление захлебнулось, к тому же часть сил, брошенных на захват Севастополя, была оттянута в направлении Керчи и Феодосии, где высадился десант советских войск.
2 января 1942 года командование Кавказским фронтом отрапортовало Ставке Верховного Главнокомандующего о том, что освобождение Крыма — вопрос всего пары дней.
Однако бравурные рапорты не отражали действительности: подготовка войск шла слишком медленно, с серьезными задержками, просчетами и недостатками. А директива о наступлении, переданная гарнизону Севастополя, вообще походила на зловещий фарс. Защитники осажденного города не располагали людскими резервами, несли огромные потери. Не хватало боеприпасов, ручных пулеметов, например, имелось меньше четверти штатной нормы. Противник же тем временем быстро укрепил свои рубежи, подтянул подкрепления. Только 28 января 1942 года Ставка Верховного Главнокомандующего объявила о создании Крымского фронта, в обязанность которому вменялось быстрое освобождение полуострова от захватчиков. Следует сказать, что операция эта началась на две недели позже намеченной даты и сразу же с треском провалилась. Советским войскам удалось взять только первую линию обороны гитлеровцев, однако уже на следующий день немцы выбили наступавшие части обратно.
К марту 1942 года, воспользовавшись тем, что силы 11-й армии генерала фон Манштейна были оттянуты к Феодосии, войска Севастопольского оборонительного района перешли в частичное наступление, несколько улучшив свои позиции. Но уже к маю ситуация вновь ухудшилась — Крымский фронт потерпел неожиданное и сокрушительное поражение. Вина за это лежит на командующем фронтом генерале Д. Козлове и комиссаре Л. Мехлисе, чей непрофессионализм повлек за собой огромные потери. Неудачная конфигурация фронта, неподготовленность советских войск к обороне и, наоборот, правильный выбор участка прорыва немецкой стороной и тщательная подготовка операции позволили войскам Манштейна в течение нескольких дней рассечь, окружить и почти полностью уничтожить советскую керченскую группировку. Теперь ситуация обострялась буквально каждый час. В Ставке заволновались, начали требовать от руководства фронта энергичных действий, направленных на ликвидацию угрозы окружения. Однако фронтовое начальство, действуя крайне нерешительно, не успело отвести силы на Турецкий вал [15]и не сумело организовать там оборону. Последствия оказались страшными: 11 мая началось неорганизованное отступление советских войск. Потери оказались огромными. В течение 10 дней Крымский фронт фактически прекратил свое существование.
Позднее военные аналитики, анализируя действия советского командования, пришли к выводу, что расположение соединений не отвечало практической обстановке на фронте, а командование бредило только наступлением, совершенно не беря в расчет возможности удара со стороны немцев. Главная оборонительная полоса и Акмонайские позиции по этой причине оказались слабо укрепленными. К тому же существовали серьезные несостыковки в вопросах командования частями, взаимодействия наземных войск и авиации. Данные вопросы требовали срочного корректирования. Но этим вообще никто не озаботился.
Командующий фронтом Д. Козлов и его штаб, по сути, больше занимались внутренними склоками, чем своими прямыми обязанностями. Приказы, исходившие от штаба, часто являлись противоречивыми, что порождало беспорядки и никак не способствовало успешному проведению боевых операций. К тому же представитель Ставки комиссар I ранга Л. Мехлис окончательно развалил работу штаба, превышая свои полномочия и грубо вмешиваясь в действия командующего фронтом. Картина складывалась совершенно немыслимая: войска беспорядочно отступали, а члены Военного совета тем временем проводили многословные и многочасовые заседания. А вот на серьезные предупреждения штаб вообще не реагировал. Так, еще 19 апреля, почти за три недели до наступления гитлеровцев, Ф. Октябрьский лично доложил Военному совету Крымского фронта о подготовке немецким командованием наступления. Эти данные вице-адмирал получил из донесений, которые направлял в Бухарест румынский полковник Тауту, служивший при штабе Манштейна. Советской разведке удалось подобрать ключ к шифру, которым пользовался полковник, и благодаря этому прочесть самые секретные донесения. Вот только проделывалась эта работа впустую: штаб Крымского фронта на сообщения не реагировал.
Следует сказать, что Л. Мехлис, один из главных виновников поражения Крымского фронта и один из виновников захвата немцами Севастополя, вскоре попал «на ковер» лично к Сталину. «Бравый» комиссар, едва переступив порог кабинета, упал на колени и пополз к «вождю народов», обливаясь слезами. При этом Мехлис ругал себя последними словами, каялся, говорил, что готов понести любое наказание. В общем, Сталин комедию, разыгранную комиссаром, оценил и… «Не стоит так убиваться, на войне всякое бывает», — проговорил вождь. А на очередном заседании Ставки Верховного Главнокомандующего, на которое спешно вызвали руководителей Крымского фронта, Мехлис уже вовсю критиковал других, старательно сваливая на них вину за поражение советских войск. В итоге семь военачальников, признанных виновниками Керченской катастрофы, были сняты с должностей и понижены в звании. Правда, ненадолго. В скором времени все они снова получили высокие должности и даже награды — видимо, как компенсацию за «моральный ущерб».
Тем временем падение Севастополя было лишь делом нескольких недель, поскольку немецкое командование получило прекрасную возможность сосредоточить против защитников города всю мощь 11-й армии Манштейна. К тому же крепость полностью зависела от морских поставок, а их объем после разгрома Крымского фронта начал стремительно снижаться, а в небе над Севастополем тем временем царила гитлеровская авиация. Под ее удары попадали не только советские самолеты, но и следовавшие в город транспорты: из-за коротких ночей корабли оказывались в опасной зоне в светлое время суток и становились прекрасной мишенью для бомбардировщиков. Относительно легко прорваться в Севастополь могли только быстроходные военные корабли, но они не могли обеспечить потребности 100-тысячного гарнизона. Тем временем немцы сосредоточили усилия на создании морской блокады города. В крымских портах собралось большое число сторожевых и торпедных катеров, а также итальянских мини-подлодок. А на ближайших аэродромах дежурили более 150 самолетов-торпедоносцев и пикировщиков, которые были переброшены в Крым со Средиземноморского театра военных действий.
2 июня 1942 года немцы начали обстрел города. Как впоследствии вспоминал генерал Манштейн, это было самое массированное применение германской артиллерии в годы Второй мировой войны. На подступах к Севастополю «заговорили» 2045 пушек и минометов, зенитная артиллерийская боевая группа «Север», две батареи 625-миллиметровых мортир и знаменитая пушка «Дора» — детище завода Крупа в Эссене. Размеры и пробивная сила этого орудия калибра 800 мм поражают воображение и сегодня: «Дора» имела ствол длиной 30 м, лафет высотой с трехэтажный дом. Ее снаряды весом около семи тонн (!) навылет пробивали шестиметровое железобетонное перекрытие. Обслуживали «Дору» 1500 солдат и офицеров. Всего же на направлениях главного удара по городу немцы сосредоточили около 100 пушек в расчете на 1 км фронта.