Тогда много говорили о наследовании традиций религии Авраама через Мелхиседека. Это наследие, как считают некоторые ученые, постепенно превратилось в основополагающие учения христианства, ислама и иудаизма. И именно св. Бернард и тамплиеры якобы должны были воссоединить их. Однако успеха в воссоединении этих ветвей религиозного авраамического учения тамплиерам не было суждено достигнуть. Хотя им удавалось поддерживать постоянные контакты с исламом и воспринимать некоторые его положения, о чем уже говорилось выше. Через секты ессеев и каббалистов тамплиеры восприняли также некоторые элементы иудаизма — и все это, вместе взятое, определенным образом стимулировало духовность жителей Запада в течение всех последующих веков. Впоследствии много времени посвятили изучению суфийских практик и правил также мальтийские рыцари, но эта история принадлежит уже не Средневековью.
Постепенно на отношения внутри духовного сообщества ханака переносится модель патриархальных отношений внутри обычной семьи: старший по возрасту шейх — отец, ученики одного возраста — старшие братья, более молодые — младшие. Иначе говоря, в кругу общины происходит постепенное разграничение функций, как среди учителей, так и среди учеников, то есть формируется иерархическая лестница, основанная на послушании старшим.
Ханака меняется, ее устройство усложняется. Само духовное сообщество шаг за шагом все более обособляется, подчеркивая свою элитарность и избранность в обладании духовным знанием. Теперь в него так просто не войти. Чтобы стать его членом, нужно пройти испытательный срок и обряд посвящения. И теперь ханака начинает взаимодействовать со светской властью и во многих регионах получает от нее поддержку и финансирование. Но, несмотря на появление иерархии, впрямую называть суфийские объединения орденами не очень корректно. Суфизм создает иерархию во главе с шейхом, но учитывает существование неких скрытых духовных лидеров. В настоящем ордене Великий магистр один.
Кроме осевших в ханака остаются странствующие суфии, их-то, как правило, и знают как легендарных странствующих дервишей и бродячих мудрецов, у которых есть ответы на все вопросы. Всем известен суфийский термин «дервиш». Это слово обозначает нищего, который ходит от двери к двери, прося подаяние. Полагают, что первоначально слово произносилось как «дарвиз» и происходило от «даравиз» — «тот, кто держится за дверь». Когда слово «дервиш» используют для обозначения духовной нищеты и нужды в Боге, оно синонимично словам «суфий» и «факир», и потому при переводе на персидский язык арабское «факир» замещается на персидское «дервиш». Суфийская традиция рассматривает странствующих дервишей как ищущих и минимально связанных с миром, а осевших в ханака — как нашедших и связавших себя с миром. Эти две категории как бы дополняют друг друга: странствующие суфии приносят в ханака новые методы мистического познания, а в ханака знания систематизируются и сохраняются. Путешествие является основной духовной практикой странствующего суфия и символизирует его отказ от привязанностей и потребностей. В пути с собой у него только необходимый минимум вещей: посох, молитвенный коврик и сосуд для омовения. Внешней целью его путешествия могут быть либо хадж, либо посещение ханака для встречи и обмена знанием.
Суфийские идеи внесли в ислам глубинную духовность, смягчив его жесткий рационализм, заставили по-иному взглянуть на человека, его роль и место в обществе и природе.
Помимо интеллектуального суфизма — этого царства теологической и теософской философии — в тесном взаимодействии с ним развивался суфизм прагматический, также представленный многими течениями и направлениями, которые, в принципе, сводятся к двум основным школам. Обе они разработали «на практике» и философски обосновали идею возможности интуитивного общения с божеством, воплотив ее в реальные психотехнические приемы.
В позднее Средневековье и потом отношение к суфизму нередко менялось от государственной поддержки к неприятию ортодоксальным мусульманством. Примерно в 1740 году Мухаммед ибн-Абд аль-Ваххаба, основатель ваххабистского движения, вновь начал кампанию против суфизма, обвиняя его в идолопоклонстве. Его последователи разрушили множество могил шейхов в Аравии. В Турции влияние суфизма было огромным, существовало множество суфийских общин. В XX веке светское националистическое правительство Ататюрка запретило суфийские братства и проведение массовых обрядов у могил шейхов.