После разгрома восстания он был осужден на пожизненную ссылку на «край света» — в Амурские батальоны. Однако Иван Дементьевич откупился взяткой и его оставили в Омском батальоне, а через несколько лет, благодаря своей безотказности, он из рвдовых дослужился до звания фельдфебеля.
И он, и его сослуживцы, достигшие званий ефрейторов и подпрапорщиков, надеялись, что смогут возвратиться на Родину. Но их ожидало страшное разочарование. Их просто исключили из списков военнослужащих и зачислили в категорию политических ссыльных. Им не дали справок о службе и оставили в Сибири без права выезда в Россию.
Черский, безусловно, был глубоко потрясен — вечная ссылка! Но за эти годы в нем уже пробудился интерес к естественным наукам. Библиотека офицерского собрания в Омске стала для штрафного рекрута первым Университетом.
Всхоре Иван Дементьевич уже самостоятельно возглавляет экспедицию, результатом которой стала первая геологическая карта труднодоступного горного района — бассейнов Иркута, Китоя и Белой. А в три последующих года постепенно расширяет район своих работ: Восточный Саян, Хамар-Дабан, верховья реки Ангары.
Черский удостоен серебряной медали Географического общества, и в 1877 году именно ему поручено комплексное изучение побережья Байкала.
Жизнь, хотя и в бессрочной ссылке, стала постепенно налаживаться. Еще в 1873 году Черский поселился у овдовевшей сибирячки Евфимии Елисеевны Ивановой. Мавра — Дочка ее — едва умела писать, но всегда с любопытством рассматривала карты и книга. Иван Дементьевич занялся ее образованием и вскоре она стала постоянной помощницей уме него.
Два десятка лет он был совершенно одинок: сибирские этапы, омские казармы, угол у дворника в музее, а теперь наконец-то у него семья, дом. Мавра Павловна ждала ребенка.
Летом 1885 года из Петербурга пришло радостное известие — бессрочная ссылка отменена, Черский помилован.
Пять петербургских лет стали лучшим периодом в его жизни. Исчезли материальные заботы, собралась семья — жена, сын и мать, которую Иван Дементьевич тоже перевез к себе.
Черский напряженно работает — шестнадцать часов в сутки. Он пишет большую монографию. Географическое общество награждает его золотой медалью. Но он не склонен и даже не может почивать теперь на лаврах.
Несмотря на ухудшающееся здоровье, он выдвигает план новой экспедиции — Колыме- Индигирской. Состав экспедиции предельно ограничен: сам Черский, его жена и помощница Мавра Павловна, да еще двенадцатилетний сын.
Судя по воспоминаниям жены, Черский уже в Иркутске страдал хроническим катаром и тяжелой болезнью сердца. Почти постоянно у него болели глаза, временами были приступы нервной болезни.
Нельзя не удивляться той огромной работе, которую выполнял и еще должен был выполнить этот тяжелобольной человек.
Семьдесят шесть дней продолжалось путешествие Черских от Якутска до Верхне-Колымска — две тысячи верст по неизведанной горной стране. Этот труднейший переход, а затем трудная зимовка близ полюса холода, где морозы порой достигают почти семидесяти градусов, не могли не сказаться.
«Я таю скорей, чем свеча,— говорил Иван Дементьевич ссыльному священнику.— Боюсь, что мне уже не осталось времени подготовить жену к роковому часу. Выдержат ли ее нервы? — вот что больше всего меня беспокоит».
В марте 1892 года, поскольку ни одного врача во всем округе не было, сам Черский стал заполнять собственный «скорбный лист» — так в то время назывался нынешний «больничный».
«К концу марта,— писал Черский,— у меня появился кашель, мешавший спать в течение нескольких ночей, причем обстоятельство это совпало с некоторым расстройством желудка. Приписав кашель простуде, столь обычной по веснам, я не удивился также и заметной слабости...
Кашель был чаще всего сухой: прием ипекакуаны вызывал мокроту, но она имела совершенно другой вид, нежели обыкновенная в таких случаях. Я отхаркивал сероватую, довольно густую и пенистую мокроту, причем в ней были нитевидные черные пятна. Появилась одышка, пульс даже в лежачем состоянии превосходил 90 ударов, но меня вовсе не лихорадило.
17 апреля в мокроте я увидел несколько жилковидных пятнышек крови. С тех пор я каждый раз видел кровь в мокроте, но количество ее не увеличивалось. Одышка обыкновенно с 2—3 часов пополудни. Пульс все тот же».
Когда лед прошел и берега сделались доступными для маршрутных обследований, рабочие перенесли Черского в карбаз. На стоянках, когда Ивану Дементьевичу удавалось забыться в коротком сне, Мавра Павловна отправлялась в небольшой маршрут в поисках образцов горных пород и окаменелостей.