Γι’ αυτόν τον λόγο το ομοούσιο δεν ήταν αρεστό σε πολλούς «συντηρητικούς» Ορθοδόξους Πατέρες, οι οποίοι αντετάχθησαν στο ομοούσιο, διότι το θεωρούσαν επικίνδυνο, μήπως και εκληφθή με την σημασία του ταυτούσιον (που θα σήμαινε ότι ο Πατήρ ταυτίζεται με τον Υιόν). Διότι, όταν καταδικάσθηκε ο Παύλος ο Σαμοσατεύς, την εποχή εκείνη το ομοούσιος σήμαινε ταυτούσιος. Με την διαφοροποίησι όμως, που έγινε μεταξύ ουσίας και υποστάσεως, ο κίνδυνος το ομοούσιος να σημαίνη ταυτούσιος εξέλιπε και έκτοτε χρησιμοποιείται το ομοούσιος με την έννοια ότι ο Πατήρ, ο Υιός και το Πνεύμα το Άγιον έχουν ταυτότητα ουσίας. Δηλαδή έχουν την ίδια ουσία, αλλά όχι ταυτότητα υποστάσεως. Υπάρχει ταυτότης ουσίας και ενεργείας, αλλά όχι υποστάσεως. Διότι ο Πατήρ είναι υπόστασις, ο Υιός είναι υπόστασις, το Πνεύμα το Άγιον είναι υπόστασις. Τα τρία Πρόσωπα έχουν κοινή ουσία και ουσιώδη ενέργεια. Οπότε το ομοούσιος δεν αναφέρεται στην υπόστασι, αλλά στο ότι ο Πατήρ, ο Υιός και το Πνεύμα το Άγιον έχουν κοινή ουσία. Έτσι, εφ’ όσον διασαφηνίσθηκε το θέμα αυτό κατ’ αυτόν τον τρόπον, το ομοούσιος έγινε αποδεκτό από τους συντηρητικούς Πατέρες της Εκκλησίας, επειδή εδέχθησαν την διάκρισι μεταξύ της ουσίας και της υποστάσεως.
Έτσι με όλα αυτά τα επιχειρήματα των Πατέρων φαίνεται ότι οι Αρειανοί κατατροπώθηκαν αρκετά. Μετά όμως εμφανίσθηκε μία ομάδα Αρειανών, οι οποίοι ξεχώρισαν την γραμμή τους από τους Αρειανούς. Αυτοί χρησιμοποίησαν μάλλον Αριστοτελικά επιχειρήματα εναντίον της διδασκαλίας της Εκκλησίας. Αυτοί ήταν ο Αέτιος και ο Ευνόμιος. Εναντίον του Ευνομίου έχει γράψει και ο Μέγας Βασίλειος, κυρίως όμως ο Γρηγόριος ο Νύσσης, ο οποίος έγραψε το καλύτερο έργο εναντίον του Ευνομίου. Αλλά και ο Γρηγόριος ο Θεολόγος στα συγγράμματά του επιτίθεται εναντίον του.
Ο Ευνόμιος ξεχώρισε την θέσι του από τις θέσεις των Αρειανών σε ωρισμένα κρίσιμα σημεία. Σε διάκρισι από την διδασκαλία του Αρείου ο Ευνόμιος, ο οποίος ήταν επίσκοπος της Εκκλησίας, ταύτισε την άκτιστη ουσία του Θεού με την άκτιστη ενέργεια του Θεού και ξεχώρισε τις κτιστές ενέργειας του Θεού από την άκτιστη ουσία του Θεού. Ενώ δηλαδή στον Άρειο έχουμε άκτιστη ουσία και άκτιστη ενέργεια που διακρίνονται μεταξύ τους, στον Ευνόμιο έχομε άκτιστη ουσία και άκτιστη ενέργεια που ταυτίζονται μεταξύ τους, αλλά διακρίνονται από τις κτιστές ενέργειες. Και τέτοιες είναι πολλές.
Ο Ευνόμιος ισχυρίζεται ότι κάθε ενέργεια πρέπει να είναι σύμμετρος με το αποτέλεσμα. Δηλαδή ο Θεός έχει όλη τη δύναμι, όμως δεν χρησιμοποιεί όλη τη δύναμι που έχει, αλλά δημιουργεί ενέργειες, οι οποίες είναι κατώτερες από την δύναμι του Θεού και οι οποίες είναι σύμμετρες με τα αποτελέσματά τους. Οπότε η ενέργεια που έφερε τον Λόγο στην ύπαρξι είναι η ανωτέρα ενέργεια, από τις κτιστές του Θεού, που υπάρχει. Έτσι όλα τα κτίσματα μπαίνουν σε κάποια τάξι, κατεβαίνοντας προς ποιοτικά κατώτερες ενέργειες. Κατά τον Ευνόμιο πάντα, ο Λόγος και το Άγιο Πνεύμα δεν είναι είδη, όλα όμως τα κτίσματα είναι είδη και το καθένα έχει την ενέργειά του.
Ο Γρηγόριος Νύσσης κατηγορεί τον Ευνόμιο ότι, αντί να έχωμε Αγία Τριάδα, έχομε Αγία Πεντάδα(!), διότι παρεμβάλλει τις κτιστές ενέργειες, του Λόγου και του Αγίου Πνεύματος. Έτσι όμως ο πραγματικός Πατέρας του Λόγου δεν είναι η Πρώτη Ουσία, αλλά είναι μία κτιστή ενέργεια. Το Άγιο Πνεύμα επίσης δεν προέρχεται απ’ ευθείας από τον Υιό, αλλά είναι έργο μιας κτιστής ενεργείας του Υιού. Έτσι πρώτα έχομε τον Θεό, μετά την ενέργεια «Πατήρ», μετά τον Λόγο, μετά την ενέργεια «Υιός», μετά το Άγιο Πνεύμα και τέλος όλες τις άλλες ενέργειες των ειδών! Με άλλα λόγια ο Ευνόμιος πήρε τα σχετικά χωρία των Πατέρων και τα διέστρεψε. Είπε ότι ο Θεός, του οποίου κατά τους Πατέρες η ουσιώδης ενέργεια «μερίζεται αμερίστως εν μεριστοίς», είναι μία ουσία που έχει πολλές κτιστές ενέργειες.
Εξ επόψεως Αριστοτελικής φιλοσοφίας, εφ’ όσον ο Ευνόμιος ταυτίζη την άκτιστη ουσία με την άκτιστη ενέργεια, αυτό σημαίνει ότι ο Θεός ουσιαστικά δεν έχει απ’ ευθείας σχέσεις με τον κόσμο, αλλά ότι οι σχέσεις του Θεού με τον κόσμο αναπτύσσονται μέσω κτιστών ενεργειών. Οπότε δημιουργείται τώρα μία καινούργια κατάστασις, λέγει ο Ευνόμιος. Ότι δεν είναι σωστό εκείνο που υποστηρίζουν ο Άρειος και οι Αρειανοί, ότι δηλαδή η ουσία του Θεού δεν είναι γνωστή. Ο Ευνόμιος υποστηρίζει ότι η ουσία του Θεού είναι γνωστή και μάλιστα ότι μπορεί να είναι και καταληπτή!