2-я секция – торпеды и навигационное оборудование;
3-я секция – электрооборудование;
4-я секция – кораблестроение;
5-я секция – энергетические установки (ЭУ);
6-я секция – подводные лодки.
Секции активно сотрудничали друг с другом в процессе разработки проектов кораблей. Особенно важным это взаимодействие было в случае, когда вооружение, энергетические установки и иное оборудование разрабатывались одновременно с проектом корабля. Иногда мнение профильной секции оказывалось важнее требований МГШ, как, например, в случае с отказом от установки дизелей на линкоры типа «Ямато».
Разработка проектов кораблей японского флота за редчайшими исключениями (одним из которых был проект «Ямато») поручалась 4-й (кораблестроительной) секции МТД, в состав которой входили, среди прочих, отделы базовых и детальных проектов. Первый из них занимался созданием базовых проектов на основании ТТЗ, выданных МГШ, и информации, полученной от других секций. После выбора одного из них руководством флота проект передавался в отдел детальных проектов, который превращал базовый проект в рабочий материал для верфей. Каждый отдел делился на группы по классам кораблей. Следует отметить, что начальник 4-й секции был одновременно начальником отдела базовых проектов и начальником группы проектов линкоров – причём как в отделе базовых проектов, так и в отделе детальных проектов.
Первоначально все базовые проекты линкоров имели латинскую букву «А» и порядковый номер, но всем вариантам базового проекта будущего суперлинкора был присвоен только один номер А-140, а сами варианты различались дополнительной латинской буквой после номера. При необходимости версии этих вариантов отличались друг от друга дополнительной цифрой и/или буквой.
Создание кораблей типа «Ямато» неотделимо от фигур четырёх японских инженеров-кораблестроителей, сменявших друг друга во главе кораблестроительной секции МТД: Хирага Юдзуру (1878-1943), Фудзимото Кикуо (1888-1935), Фукуда Кейдзи (1890-1964) и Эдзаки Ивакити (1890-1986).
Хирага Юдзуру
Хирага Юдзуру был генеральным конструктором линкоров и линейных крейсеров программы «8-8», а также создал первые проекты японских тяжёлых крейсеров. За свою долгую службу инженером-кораблестроителем он хорошо познакомился как с последним японским, так и зарубежным опытом в сфере военного кораблестроения (в 1920-х гг. он был отправлен в командировку в Европу и США, где смог познакомиться с последними достижениями в этой сфере). Однако его неуступчивый характер и нежелание идти на компромиссы с МГШ привело к тому, что его «ушли» на должность директора Научно-исследовательского института флота, а в 1931 г. вообще отправили в запас. Впрочем, это не помешало флоту активно пользоваться его услугами, особенно после того, как выяснилась его правота в вопросах более осторожного подхода к проектированию боевых кораблей. Вследствие этого в некоторых источниках встречаются утверждения, что Хирага был чуть ли не главным создателем проекта «Ямато». Однако, судя по сохранившимся в его архиве документам, он занимался главным образом расчётом остойчивости разных вариантов проекта А-140.
Фудзимото Кикуо
Сменивший Хирагу Фудзимото Кикуо был гораздо более склонным соглашаться с порой весьма нескромными требованиями МГШ. Впрочем, он имел на это основания – созданные им проекты эсминца типа «Фубуки», крейсера типа «Могами» и миноносца типа «Тидори» несли необычайно мощное вооружение при достаточно ограниченном водоизмещении. К сожалению, достигалось это просто опасным пренебрежением к вопросам остойчивости и прочности корпусов. «Гром грянул» в марте 1934 г., когда во время шторма перевернулся миноносец «Томодзуру», почти весь экипаж которого погиб. Расследование показало, что практически во все проекты новейших кораблей японского флота, спроектированных Фудзимото, заложена недостаточная остойчивость. И хотя Фудзимото не решились сделать «козлом отпущения» (всем было понятно, что он только выполнял указания МГШ), его авторитет сильно упал. В ноябре 1934 г. – в самый разгар работы над новыми линкорами – его фактически отстранили от руководства 4-й секцией. И хотя позднее ему вновь разрешили приступить к работе, Фудзимото так не дожил до этого дня: 9 января 1935 г. он умер от кровоизлияния в мозг.