За весь период испытаний на Як-27К было выполнено 74 полета, в том числе 37 - с ракетами. Максимальная скорость самолета на форсаже достигла 1270 км/ч, на максимальном режиме - 1110 км/ч. Практический потолок на форсаже составлял 16300 м при полетной массе 9400 кг (взлетная - 10680 кг). Максимальная продолжительность полета на высоте 11000 м с подвешенными ракетами - 1 ч 27 мин. Было произведено 7 пусков ракет, из них один - по парашютной мишени ПМ-1, а два - по самолетам-мишеням Ил-28. Стрельбы по самолетам производились на высотах 9000-10000 м с дистанции 5-6 км (дальность обнаружения цели - 33-35 км). Оба Ила удалось сбить. Як-27К получил достаточно хорошую оценку летчиков, но в 1958 г. на вооружение авиации ПВО приняли новый комплекс перехвата Су-9-51 с перспективой замены системы К-51 системой К-8. Этот самолет по своим характеристикам значительно превосходил Як-27К и тем самым перечеркнул его карьеру.
В 1955 г. вышло Постановление Совмина о разработке и постройке одноместного высотного истребителя-перехватчика с комбинированной силовой установкой, позволяющей получить практический потолок более 20 км. Первым в эту работу включилось ОКБ Микояна, которое к концу года создало прототип высотного самолета Е-50 с дополнительным ЖРД. 25 августа 1956 г., т.е. в период большой загрузки ОКБ-115 испытаниями и доработками самолетов Як-26 и Як-27, вышло еще одно Постановление Совета Министров №1195-613 об одноместном истребителе с комбинированной силовой установкой, позволяющей достичь практического потолка 24-25 км и времени полета на высоте 20 км - 3 минуты. Задание на разработку такой машины получила фирма Яковлева.
Согласно ТТТ, утвержденным 16 ноября 1956 г., перехватчик, получивший обозначение Як-27В (высотный), должен был оснащаться новой РЛС «Алмаз», оптическим прицелом АСП-5НМ, аппаратурой системы наведения «Горизонт-1» или «Воздух-1», автопилотом АП-28 и другим оборудованием. Вооружение должно было состоять из двух пушек HP-ЗО или более скорострельных, с темпом стрельбы 13000-15000 выстрелов в минуту. Требовалось проработать и вариант только реактивного вооружения, состоявшего из 50 неуправляемых снарядов АРС-57М или 60 снарядов ТРС-85, или 4-х ТРС-190. Руководители ОКБ-115 считали, что выполнение некоторых требований военных, в частности, бронирование кабины, автономный запуск двигателей, установка автопилота, приведет к перетяжелению машины и не позволит достичь заданного потолка, о чем были сделаны пометки на титульном листе согласованных требований.
Опытный Як-27В строился по приказу МАП №622 от 6 декабря 1956 г. Машину получили путем коренной переделки опытного Як-121. Его оснастили доработанным крылом с отогнутым носком, переставным стабилизатором, двигателями РД-9АКЕ (в некоторых документах они обозначаются несколько упрощенно - РД-9Е), носовую часть сделали полностью металлической, т.к. РЛС «Алмаз» не установили. Самолет облегчили, демонтировав второе рабочее место (фонарь остался прежний), часть оборудования и тормозной парашют. Две пушки HP-ЗО были сохранены. В хвостовой части фюзеляжа установили дополнительный ЖРД типа С-155 - такой же, как и на Е-50, но с измененной конструкцией воздушной системы и магистралей подачи компонентов топлива. Такое размещение ЖРД было более удачным, чем на микояновской машине, где дополнительный двигатель находился в основании киля. Як-27В обладал и значительно большим объемом топливных баков: фюзеляжные баки вмещали 1460 кг керосина для ТРД и 3085 кг горючего для ЖРД, состоявшего из трех компонентов.
Заводские испытания проходили с 26 апреля 1956 г. по 3 июля 1957 г. Проводил их ведущий летчик-испытатель В.Г.Мухин, который уже имел опыт полетов на Е-50. Эта работа послужила началом сотрудничества летчика с ОКБ, и впоследствии его пригласили на фирму Яковлева в качестве шеф-пилота. Максимальная взлетная масса Як-27В составляла 12050 кг. Набор высоты до 9000 м производился со скоростью 870 км/ч на максимальном режиме работы двигателей, затем до 14000 м - при скорости 940-960 км/ч на форсаже, а далее включался ЖРД. На минимальном режиме ЖРД работал 264 с, на максимальном - 160 с. Потолок экспериментального перехватчика достиг 23500 м, максимальная скорость соответствовала М=1,8. Полет на высоте 20000 м длился до 3-х мин при скорости М=1,5-1,6 на «малом газу» ЖРД. Летные исследования ЖРД проводились по специальной программе ОКБ-1 (разработчик), согласованной с ОКБ-115. Кроме того, в этот же период была проведена работа по проверке и доводке экспериментального высотного скафандра СИ-ЗМ, разработанного в ОКБ завода №918.