Потеря пространственной ориентации для пилотов всепогодных перехватчиков была смертельно опасной. В 1958 г. летчик В.Лисяков и оператор В.Гаврилец из 146-го полка, выполняя полет ночью над облаками на высоте 12000 м, сорвались в штопор. В обычных условиях Як-25 из штопора выходил нормально, а тут экипажу не удалось справиться с ситуацией, и они катапультировались. Гаврилец приземлился удачно, а у Лисякова запутались стропы, и он погиб. В марте 1962 г. при схожих обстоятельствах произошла трагедия в 356-м ИАП. Сваливание самолета, управляемого капитанами И.С.Якубенко и В.Петрачковым, произошло на высоте 5000 м. Катапультироваться летчики не успели.
В полках на боевом дежурстве постоянно находилось по паре Як-25 с подвешенными дополнительными топливными баками. Экипажам 10-й армии ПВО неоднократно приходилось выполнять полеты параллельным курсом с натовскими самолетами-разведчиками, следовавшими над нейтральными водами вдоль линии государственной границы СССР. Отмечены подобные случаи и в 737-м ИАП, летчикам которого приходилось барражировать над Черным морем, прикрывая рубежи страны со стороны Турции. Однако ни одного реального воздушного боя с участием Як-25 неизвестно. А вот сбивать автоматические дрейфующие аэростаты (АДА) экипажам «двадцать пятых» случалось. Причем работать по таким целям приходилось не только приграничным полкам, но и тем, что находились в глубине советской территории. Так, ориентировочно в 1960 г. летчики 146-го ГвИАП сбили АДА в районе Черкасс. Уничтожить медленно плывущий и обладающий относительно небольшой радиозаметностью зонд-разведчик было непростой задачей. Захватить цель с помощью РП-6 удавалось с расстояния около 2 км. Причем отметку на экране РЛС давала подвеска, а стрелять следовало по шару, прицеливаться по которому приходилось визуально по отметкам на лобовом стекле. Увлекаться атакой было опасно, т.к. самолет мог столкнуться с аэростатом, поэтому на открытие огня оставались считанные секунды.
Немалую сложность в борьбе с АДА вызывало и то, что в основном они следовали на высотах, близких или превышающих потолок Як-25. От летчика требовалось предельное внимание, т.к. в этих условиях самолет терял скорость, грозя сорваться в штопор. Один из перехватов высотного зонда выполнил в 1962 г. экипаж 356-го ИАП в составе командира звена к-на В.М.Багаева и штурмана звена к-на Г.М.Зайца. АДА двигался с востока на запад и был обнаружен наземными станциями ПВО юго-западнее Омска. Взлетев из Семипалатинска, летчики приземлились в Омске, дозаправились и продолжили выполнение задания. Когда они сблизились с аэростатом, выяснилось, что тот идет на эшелоне свыше 15000 м, и достать его в горизонтальном полете не удастся. Летчики приняли весьма рискованное для такой высоты решение - атаковать АДА с небольшим кабрированием. Они сделали две попытки, израсходовали почти весь боезапас, но поразить шар не смогли. На последних выстрелах один двигатель хватанул пороховых газов и заглох. Это был очень нетипичный отказ, т.к. на меньших высотах, где в атмосфере содержится больше кислорода, попадание в воздухозаборник незначительного количества газов проходило безболезненно. Однако экипаж успешно вышел из сложной ситуации: снизившись, запустил двигатель и благополучно привел самолет в Омск.
Вполне современный еще в середине 50-х годов, Як-25 устаревал очень быстро. Уже на рубеже 60-х его сложно было считать достойным соперником нового поколения ударных самолетов. Тем не менее, замена Якам отсутствовала, и машины продолжали честно служить, оставаясь не принятыми на вооружение. Они продолжали пользоваться неплохой репутацией у летных и наземных экипажей, которым благодаря интенсивной подготовке удавалось поддерживать высокую степень боеготовности. Но время брало свое. Начиная с 1963 г., Як-25 стали выводить из боевого состава частей, отправлять на базы хранения в Куйбышев (аэродром Бобровка) и Ржев, а позднее - утилизировать. Одна машина попала в коллекцию монинского музея, одна - музея на Ходынке, а одну специально собрали как учебное пособие для ХАИ. Очевидно, первыми перевооружились 356-й и 611-й полки, которые освоили соответственно Як-28П и Су-15, а одним из последних - 146-й ГвИАП, который в 1967 г. перешел на МиГ-19. Как видим, вместо Як-25 приходили различные самолеты, но полноценной заменой ветерану они не стали. В наибольшей степени концепции Як-25 на новом техническом уровне соответствовал Ту-128. Однако модифицированный вариант этого тяжелого перехватчика, способный работать по маловысотным целям, прошел госиспытания только в середине 1974 г.