Ведущая роль в разработке основ боевого применения Бе-12, безусловно, принадлежит научно-исследовательским отделам 33-го Центра. К началу переучивания строевых частей методический отдел Центра подготовил программу переучивания и курс боевой подготовки, который во многом копировал таковой для Бе-6. В нем излишне много внимания уделялось радиолокационному поиску и бомбометанию с помощью оптического и радиолокационного прицелов на сухопутных полигонах. Выяснилось, что установленный на самолете коллиматорный прицел НКПБ-7 практически невозможно применять для бомбометания: расчетный угол прицеливания (высота 500 м, скорость полета 350-400 км/ч) составляет 65-68°, а угол визирования, который обеспечивает прицел,- 62°. С увеличением высоты до 1500-2000 м угол прицеливания уменьшался до 35-40°, но боевой курс оказывался столь коротким (15-20 с), что экипаж не успевал произвести боевую наводку. Это одна из причин, по которой бомбометание на сухопутных полигонах производилось по радиолокационно-контрастным целям с использованием в качестве визира бортовой РЛС в комплексе с ПВУ-С-1. Прицеливание сводилось к наложению электронного перекрестия на изображение цели на индикаторе РЛС с помощью рукояток визирования прицельно-вычислительного устройства. Однако быстро выяснилось, что перемещать перекрестие с высокой точностью вслед за отметкой цели довольно сложно. К моменту сброса ошибка прицеливания в некоторых случаях приводила к промаху на 300- 350 м. Хорошо, что бомбометание являлось для Бе-12 задачей второстепенной.
Для выработки практических рекомендаций строевым частям по слежению за обнаруженными ПЛ в 33-м Центре провели специальные исследования. В ходе этой работы старший ведущий офицер-штурман научно-исследовательского отдела п/п-к Л.В.Терещенко предложил при слежении за подлодкой применять автоматику ПВУ-С-1 для постановки перехватывающих барьеров из буев. Для проверки теоретических положений провели серию исследовательских полетов с контролем за траекторией, а также два слежения за ПЛ в районе южнее Тендеровской косы с применением РГБ-НМ (субмарина выделялась Одесской ВМБ). Отработанные рекомендации были направлены в части.
Мнение летного состава о Бе-12 было неоднозначным. Все зависело оттого, с чем сравнивать. Летчики, ранее летавшие на Бе-6, где даже штурвал был обмотан какой-то бечевкой, считали, что новая амфибия превосходит его по всем показателям. Но среди них были и те, кто ранее эксплуатировал Ту-14, Ту-16 и Ил-28. У этой категории Бе-12 восторгов не вызывал. Очень многим не нравился дизайн кабин, а особенно неудобным было рабочее место штурмана. Впервые увидевшие его недоумевали, как в подобных условиях можно работать с картой. Но больше всего летчикам досаждали сильный шум и вибрации, которые не только затрудняли использование гидроакустических средств поиска ПЛ и вели к снижению работоспособности экипажа, но, как утверждают некоторые врачи- урологи, отрицательно сказывались на его здоровье, способствуя образованию камней в почках и мочевом пузыре. Для уменьшения воздействия шума в штатные шлемофоны вставляли заполненные глицерином полиэтиленовые емкости, а сверху надевали защитный шлем. Светофильтры при этом летчики снимали, боясь зацепиться ими за ручки открытия верхних люков. Эффективность глицериновой защиты оказалась невысокой, ведь шумы и вибрации воспринимаются не только органами слуха: стоило пилоту прижаться головой к заголовнику кресла, как у него начинали стучать зубы. Надо сказать, что на Бе-12 защитный шлем был действительно необходим, т.к. занять рабочее место, не стукнувшись обо что-нибудь головой, было невозможно. Свидетельство тому - многочисленные вмятины на шлемах.
Фонарь кабины летчиков был подслеповатым и затруднял взлет и посадку. К тому же, на Бе-12 первых серий устанавливались не очень надежные электроприводные стеклоочистители. Позже их снабдили гидроприводом, но летчики продолжали заходить на посадку с открытой левой форточкой.
Так как воздушные винты на Бе-12 имеют одинаковое левое вращение, на самолет воздействует сильный реактивный момент, что особенно проявляется на взлете. Для компенсации момента шайбы вертикального оперения развернули вправо на 2°, однако эта мера оказалась эффективной лишь при попадании на них воздушных струй от винтов, т.е. при убранных закрылках. При их выпуске струи проходят ниже кильшайб, и бороться с разворотом самолета вправо летчикам приходится, давя изо всех сил на левую педаль (нагрузка на нее возрастает на 25-30 кгс). Вследствие того, что в момент уборки закрылков поток от винтов вновь попадает на шайбы, нагрузка на педаль резко уменьшается, а самолет норовит вильнуть влево.