Самолет-амфибия Бе-12 представляет собой цельнометаллический (из алюминиевых сплавов) двухмоторный свободнонесущий высокоплан с крылом типа "чайка", двумя подкрыльевыми поплавками, фюзеляжем-лодкой глиссирующего типа, палубным свободнонесущим горизонтальным и двухкилевым вертикальным оперением.
Экипаж самолета состоит из четырех человек - командира корабля, его помощника, штурмана и воздушного радиста.
Фюзеляж - двухреданная лодка с плоскокилеватым днищем переменной килеватости (от 60° в носовой части до 27° у первого редана). Конструкция - типа полумонокок, включает 73 шпангоута (№№ 0-72). Плавучесть фюзеляжа обеспечивается тем, что нижняя часть лодки до высоты 3,3 м от первого редана водонепроницаема на протяжении 8 из 10 отсеков, на которые разделена лодка. Между отсеками установлены переборки-шпангоуты с герметизируемыми в закрытом положении дверьми. Объем водонепроницаемой части, рассчитанный с учетом волны высотой до 0,75 м, составляет 81450 л. Осадка на плаву с убранным шасси составляет 1,55 м, с выпущенным - 2,63 м. Все элементы лодки для защиты от коррозии имеют различные виды специальных покрытий.
В передней части фюзеляжа расположены кабины штурмана и летчиков, для входа которых в самолет предусмотрена открываемая внутрь дверь на правом борту перед отсеком шасси. Для выхода летчиков на палубу при базировании на воде, а также для их катапультирования служат два люка в потолке пилотской кабины, которые закрываются сдвижными крышками. Крышки могут сдвигаться назад на 650 мм, а при катапультировании - на 1250 мм. Снизу в передней части фюзеляжа (район форштевня) размещен открываемый поворотом вниз-вперед на угол 73,5° аварийный люк штурмана. Сверху в передней части имеются эксплуатационноаварийный палубный и якорный люки, используемые при базировании на воде для постановки самолета на бочку или якорь, взятия на буксир и заправки топливом на плаву. Там же, а также в зонах входных дверей на правом борту установлены причальные утки для удержания плавсредств, причаливаемых к самолету. В зоне кабины штурмана по обе стороны от палубного люка имеются механизированные буксирные утки, открываемые дистанционно для сброса буксирных усов. По бортам передней части фюзеляжа имеются брызгоотражатели.
Кабина радиста расположена сразу за центропланом. Над его рабочим местом установлен открываемый блистер. Все кабины экипажа негерметичны, в связи с чем высота полета самолета ограничен 8000 м. Для поддержания необходимого микроклимата они отапливаются и вентилируются воздухом, отбираемым от последних ступеней компрессоров маршевых двигателей. Рабочие места экипажа оборудованы кислородной системой. Кресло штурмана установлено на рельсах и может разворачиваться в сторону бортовых панелей. В случае покидания самолета в воздухе кресло штурмана свободно выпадает через носовой аварийный люк. Катапультируемые кресла летчиков размещены на подвижных каретках. Для посадки в них через нижние люки в полу кабины летчиков и для безопасного катапультирования каретки кресел выполнены откатывающимися назад.
В средней части фюзеляжа расположены ниши основных опор шасси и грузовой отсек длиной 6 м, над которым находится ' одностворчатый люк для загрузки средств поиска и поражения на плаву, а снизу - днищевый двустворчатый люк с разъемом по килевой плоскости. Створки днищевого грузолюка в закрытом положении запираются штангово-штырьевыми замками. На правом борту имеется задняя входная дверь, служащая также аварийным выходом для радиста при покидании самолета в воздухе. Дверь открывается внутрь, снабжена пневмоприводом и защитным щитком. За ней расположен контейнер с аварийной надувной спасательной лодкой. Все двери и люки, а также блистер радиста герметизируются в закрытом положении надувными шлангами, подача воздуха в которые осуществляется после закрытия замков. Под днищем у заднего редана установлен управляемый необратимым гидроусилителем руль для маневрирования на воде, а за реданом - хвостовая опора шасси, ниша которой закрывается створками.
Крыло - высокорасположенное типа "чайка", трапециевидное в плане, свободнонесущее, двухлонжеронное, кесонное. Скомпоновано из профилей с большой относительной толщиной: центроплан - 20% и концевая нервюра консоли -14%. Состоит из пяти частей: прямого с постоянной хордой центроплана с углом поперечного "V" 20°, двух средних и двух отъемных частей с небольшим отрицательным "V", равным -1°30\ Механизация включает однощелевые выдвижные закрьлки и элероны. Закрылки приводятся в движение шариковинтовыми механизмами. Особенностью является наличие трансмиссионного вала обратной связи, позволяющего по сигналу рассогласования (в случае разрушения основного вала) остановить перемещение закрылков, предотвращая переворот самолета. Каждый элерон снабжен триммером с электрическим управлением. На консолях крыла расположены по две посадочные фары, а на левой -контейнер для ориентирных морских бомб.