Вот в таком пёстром составе Магеллан и отчалил 20 сентября 1519 года. Тремя из пяти кораблей командовали испанские капитаны, находившиеся под влиянием Х. Картахены, представителя короны в экспедиции, по сути - человека номер два в эскадре, особенно негативно настроенного по отношению к адмиралу-португальцу. Магеллан, в соответствии с первоначальным планом, ещё и долго не разглашал задач экспедиции, это тоже не добавляло взаимного доверия. Открытый конфликт не мог не произойти.
Отношения становились всё более напряжёнными. В конце концов, Картахена забылся настолько, что стал хамить Магеллану не только на своём корабле, но и на флагмане, за что был снят с командования и помещён под арест. После этого под однозначной властью Магеллана (португальской фракции в путешествии) оказалось уже три корабля из пяти.
Однако чуть позже произошёл и полноценный мятеж - Картахена был освобождён, назначенный Магелланом новый капитан его корабля - арестован. Теперь под командой мятежников оказалось три корабля, а у Магеллана, кроме флагмана, остался только лёгкий корабль-разведчик. Тем не менее, адмиралу удалось захватить один из мятежных кораблей - тот, на котором было больше всего португальцев. В такой конфигурации - два против трёх - мятежники идти на столкновение уже не решились, тем более, что верные адмиралу корабли заблокировали их в бухте. В конце концов, они капитулировали.
По итогам сформированного трибунала, сорок активных участников мятежа были приговорены к смерти - и сразу же помилованы. Казнён только один, совершивший убийство. Картахена и один его активный сторонник были ссажены на берег (больше о них никто никогда ничего не слышал).
Теперь Магеллан надёжно контролировал все корабли. Но...
Показала норов природа. Один из кораблей был потерян (в бурю потерял управление и разбился) - разведчик, специально предназначенный для исследований. Это нанесло серьёзный ущерб экспедиции - на нём хранилась заметная часть снаряжения. В итоге припасы, взятые в дорогу, стали заканчиваться. Эстебан Гомеш, кормчий одного из кораблей (португалец, кстати), предлагает вернуться в Испанию за дополнительным снаряжением, тем более, что экспедиция уже получила вполне серьёзные научные данные. Другие офицеры не поддерживают его, и Магеллан тоже отклоняет это предложение.
Идя на юг вдоль побережья Южной Америки, путешественники обнаруживают искомый путь в другой океан. Магеллан, двигаясь через пролив, который в будущем назовут его именем, умудряется не потерять ни одного корабля - его рекорд останется непревзойдённым много лет. Но это выяснится уже потом, так как одного из кораблей экспедиция всё же лишается: Эстебан Гомеш поднял мятеж - и, арестовав капитана, увёл корабль в Испанию (это был тот самый "Сан-Антонио", которым прежде командовал Картахена). Там он, обеляя себя, стал рассказывать небылицы про Магеллана, но всё равно был обвинён в дезертирстве и арестован.
По Тихому океану экспедиция прошла 17 тысяч километров - размеры его оказались неожиданностью для путешественников. Ещё до начала движения через него продовольствия оставалось мало. В океане полно островов, на которых можно пополнить запасы продовольствия и воды, но Магеллану неоткуда было знал, где они расположены. В результате за почти четыре месяца от голода и цинги погибло несколько десятков человек. И это им ещё чрезвычайно повезло, что именно в период их путешествия Великий океан действительно оказался Тихим...
Но - всё когда-то заканчивается. Сместившись заметно севернее искомых Молуккских островов, Магеллан открывает Филиппины - вернее, высаживается на них первым из европейцев. Архипелаг достаточно населён. Вода и продовольствие на нём имеются в достатке, кризис миновал. Начинается исследование островов. На одном из них Энрике, раб Магеллана, встречает соплеменников (он происходил с острова Суматра). Сомнений в том, что Земля круглая, и что, отправившись на запад, можно оказаться на Дальнем Востоке, теперь не остаётся.
Вот тут путешественникам перестаёт везти. Магеллан предлагает испанское подданство местным правителям - и многие соглашаются. Но в итоге он ввязывается в их внутреннюю войну, и в результате погибает в бою на острове Мактан 28 апреля 1521 года. Несмотря на то, что в том столкновении в общей сложности погибло всего 9 европейцев, разочаровавшиеся в их силе туземцы решают отказаться от дальнейших отношений с ними. На официальном обеде путешественники подвергаются нападению. В ходе него погибает несколько десятков человек, в том числе почти все офицеры. Тем не менее, основной части путешественников удаётся вырваться отплыть.