1801. Адъюнкт университета И. А. Двигубский защищает докторскую диссертацию «Опыт московской фауны». Этот труд явился одним из первых систематических исследований фауны Московской губернии.
1803. Начало чтений публичных лекций для москвичей профессорами университета.
1804. Возникновение при университете Общества истории и древностей Российских, целью которого была публикация источников древней истории.
По новому Уставу в университете утверждены четыре факультета: нравственно-политических наук, физико-математических, медицинских и словесных.
Почетными членами университета избираются немецкие писатели И. В. Гёте и Ф. Шиллер.
1805. При университете основано Московское общество испытателей природы, целью которого было «изучение природных богатств и содействие успехам естественных наук в России». Общество с 1806 года издавало «Записки», а с 1829 года «Бюллетень», который продолжает выходить и в настоящее время.
Приобретен Аптекарский сад, учрежденный Петром I в 1706 году, для заведения Ботанического сада на 1-й Мещанской улице (ныне проспект Мира, 26).
На территории университета при Клиническом институте, куда входили терапевтическая, хирургическая, акушерская, глазных болезней клиники, открыта больница. В следующем году открыт Повивальный институт и Родильный госпиталь для бедных.
Профессор физики П. И. Страхов в. месте со студентами впервые произвел на Москве-реке у Крымского брода эксперимент, связанный с проверкой электропроводимости земли и воды.
1807. В дар университету княгиня Е. Р. Дашкова передала свой Кабинет натуральной истории, в котором насчитывалось свыше 15 тысяч предметов, собрание драгоценных камней и библиотеку.
Титульный лист литографированного издания книги А. И. Герцена «Историческое развитие революционных идей в России», выпущенной студентами университета.
1808. Открытие профессором университета Ф. Ф. Рейссом явления электрофореза (направленного движения коллоидных частиц или макроионов под действием внешнего электрического поля) и электроосмоса (движения жидкости через капилляры и пористые диафрагмы при наложении внешнего электрического поля). Эти открытия имеют большое значение и используются в биохимии, в промышленности и технике.
1808–1809. Профессор университета М. Я. Мудров своими работами, лекциями и речью на университетском торжественном собрании «О пользе и предметах военной гигиены или науки сохранять здравие военнослужащих» положил начало военной медицине в России.
1809. Начало чтения лекций для чиновников, готовящихся к университетским экзаменам для получения аттестата на производство в чин.
1810. Профессор П. И. Страхов издает первый в России университетский учебник по физике.
1811. Организовано Общество любителей Российской словесности, ставшее в Москве научным центром в области языкознания.
1812. Вторжение войск Наполеона в Россию. Студенты начали уходить в ополчение. Медики университета участвовали в сражениях, работали в полковых госпиталях.
Гибель университетских коллекций и библиотеки в пожаре Москвы.
1813–1817. Начало восстановления университетской библиотеки, кабинетов, коллекций. Первую коллекцию ценных книг прислала университету Академия наук. Открытие студенческих занятий в нанятом доме в соседнем переулке (ныне улица Белинского). Начало восстановления зданий университета.
1813. Профессор университета Е. О. Мухин выпускает первую часть «Курса анатомии» — первое руководство по анатомии для студентов на русском языке.
1819. По предложению профессора университета Е. О. Мухина организован Медицинский институт для 100 студентов, содержащихся на счет казны.
1820. Начало издания профессором И. А. Двигубским журнала «Новый магазин естественной истории, физики, химии и сведений экономических», в котором публиковались оригинальные работы ученых и студентов.
1822. Во время поездок по губерниям магистр университета А. А. Иовский в Тульской губернии впервые открыл месторождение каменного угля (ныне Подмосковный каменноугольный бассейн).
1826. В «Московских ведомостях» опубликовано «Подробное описание происшествия, случившегося в Петербурге 14 декабря 1825 года». Среди участников декабрьского восстания были названы бывшие воспитанники университета и его пансиона М. П. Бестужев-Рюмин, П. Г. Каховский, И. Д. Якушкин, Н. М. Муравьев и др.
Открыта бесплатная Московская глазная больница. Среди инициаторов создания больницы были ученые университета.
В типографии университета были напечатаны первым изданием на польском языке «Сонеты» Адама Мицкевича.
1828. Издание профессором университета А. А. Иовским «Вестника естественных наук и медицины», единственного в то время журнала на русском языке о практическом применении химии в промышленности и в сельском хозяйстве.
1829. Путешественник и естествоиспытатель А. Гумбольдт посетил университет.
В действительные члены Общества любителей Российской словесности избраны А. С. Пушкин, Е. А. Баратынский, А. Н. Верстовский.
1830. По инициативе профессора Д. М. Перевощикова начато строительство Астрономической обсерватории за Пресненской заставой — «на Трех горах». «Сюда с территории университета были перенесены и метеорологические наблюдения.
1830–1831. Организация студенческих кружков Белинского, Лермонтова, Герцена и Огарева, Станкевича.
1831. В университет зачислен выдающийся профессор терапии И. Е. Дядьковский, детально разрабатывавший клиническое обследование больного. (Уволен в 1836 году в связи с пропагандой материализма и подрывом религии.)
1832. А. С. Пушкин посетил университет. Слушал лекцию И. И. Давыдова. Спорил с профессором М. Т. Каченовским, отстаивая подлинность «Слова о полку Игореве».
1833. Начало издания «Ученых записок» Московского университета.
1836. Вышла первая часть «Физиологии» профессора университета А. М. Филомафитского — первого учебника, сыгравшего существенную роль в пропаганде экспериментального метода в физиологии. Труд был удостоен премии Академии наук.
1838. Для химической лаборатории на территории университета построено отдельное здание.
1841. Выпускнику университета П. Чебышеву присуждена золотая медаль за сочинение «О числовом решении алгебраических уравнений высших степеней».
1842. В университетской типографии напечатано первое издание книги Н. В. Гоголя «Похождение Чичикова, или Мертвые души».
Прозектор университета В. А. Басов выполнил в лаборатории университета хирургическую операцию по образованию искусственного пути в желудке животного и операцию по пересадке роговицы (на кроликах) с целью восстановления зрения.
1843. Начало чтения профессором всеобщей истории Т. Н. Грановским курса публичных лекций.
1845. Почетным членом Московского университета избран Н. В. Гоголь.
1844–1845. А. И. Герцен, около которого группировались представители прогрессивных университетских кругов, публикует «Письма об изучении природы», оказавшие большое влияние на формирование философских взглядов ученых.
1847. Профессор хирургии Ф. И. Иноземцев 1 февраля, впервые в России, применил при операции эфирный наркоз.
1848. Профессор университета А. М. Филомафитский издал «Трактат о переливании крови (как единственное средство во многих случаях спасти угасающую жизнь)». Профессор университета М. Ф. Спасский в своей докторской диссертации «О климате Москвы» впервые дал методику разработки климатического материала и заложил основы русской климатологии.