Обычно в духовной консистории создавалось четыре подразделения, которые назывались столами. Первый из них занимался общеепархиальными делами как чисто церковного, так и наполовину чиновничьего характера. В частности, именно тут определялась правильность толкования религиозных догм отдельными приходскими священниками и точность в осуществлении ими богослужений, решались различные недоразумения по этому поводу. На этот же стол была возложена обязанность устанавливать достоверность разнообразных явлений церковной жизни епархии: появление чудотворных икон, обнаружение мощей и т. п.
Именно эти канцелярские служащие занимались доведением до сведения причтов и приходов манифестов, указов, циркуляров и распоряжений гражданской и духовной властей разного уровня. Первый стол также принимал на хранение отчеты благочинных, духовных правлений, монастырей, ведал храмовой документацией — метрическими книгами, исповедальными расписками, приходно-расходными книгами и т. п.
Рассматривались тут и дела, касающиеся миссионерской деятельности в епархии, празднование разнообразных юбилеев, а также дела, касающиеся других событий общеепархиального масштаба.
Второй стол рассматривал дела о назначении, увольнении и перемещении священников и церковнослужителей, направлении их в монастырь, выборе церковных старост. В его ведении пребывали также духовные учебные заведения, парафиальные и монастырские библиотеки, благотворительные заведения.
Дела, касающиеся материального состояния духовенства, причтов и храмов, находились в введении третьего „экономического” стола.
Обширных знаний по церковному и гражданскому праву требовала консистория от служителей четвертого стола, где рассматривались в основном дела о браках и церковных епитимьях.
Возглавляли все эти подразделения консистории столоначальники, которых назначал епархиальный архиерей. Именно они принимали, рассмотренные присутственным местом документы и записывали их в настольные реестры. Решенные дела могли оставаться у столоначальников не более трех лет, после чего сдавались в архив. Члены консистории собирались в присутствие только три раза в неделю — в понедельник, среду и пятницу. График канцелярии предусматривал работу над бумагами только до обеда. Во время обеда канцелярские служители принимали по несколько рюмок водки (канцелярским указом разрешалось 2–3 рюмки). Поэтому в расписании после обеда предусматривалось свободное время.
Мы имеем возможность изучить многие дела консистории еще с XVI–XVII века во многом благодаря тому, что в 1768 г. руководству Киевской консисторией впервые пришла мысль о необходимости содержать консисторский архив в порядке и установить должность архивариуса. Подчеркнем, что должностные обязанности лица, занимающего должность архивариуса, в XVIII в. были значительно шире, чем в более поздний период.
Так, считалось, что тщательное и правильное ведение дел и своевременная их доставка в архив в основном зависит от приказных. Поэтому по логике того времени главной обязанностью консисторского архивариуса был постоянный всесторонний контроль за жизнью приказных, которая строго регламентировалась специальной инструкцией. Приведем некоторые факты из повседневной жизни приказных. Они должны ложиться спать в девять часов вечера и вставать в три часа утра, „а в прочие часы, чтоб никто из канцелярских служащих не спал и дела отправлял ему архивариусу смотреть, и от сна всех враз, по прошествию оных часов, побудить”. Также инструкция ставила архивариусу в обязанность, чтоб он во время обеда приказных ходить по комнатам и следить, чтобы „всякое благочиние было, и без шуму, без криков приказные при столе обходились, и посуды, как то водилось, не били и не ломали”.
Следует отметить, что значительная часть консисторских дел содержит негативную информацию о церковной жизни епархии, поскольку консистория была не только управленческим, но и судебным органом. Дел, имеющих позитивную эмоциональную окраску, в фонде сравнительно мало. Однако, отображая отдельные аспекты деятельности управленческих и судебных церковных учреждений, они приоткрывают занавес, за которым текла повседневная, иногда не очень привлекательная жизнь духовенства и парафий. С этой точки зрения материалы консистории в значительной мере помогают реконструировать реальное церковное состояние на различных этапах развития православной церкви. Следует подчеркнуть, что большая часть архивных документов, которые отражают историю консистории, еще не введена в научный оборот, поэтому их изучение обещает немало открытий.