За 10 дней сделали 75 плазов (своего рода чертежей всех основных агрегатов, выполненных с идеальной точностью на металле в натуральную величину), 3000 комплектов шаблонов деталей, более 1000 штампов и прочей формообразующей оснастки, 150 сборочных стапелей, в том числе большие: 11 для агрегатов фюзеляжа и 8 для крыла. Такие темпы сейчас выглядят фантастикой, и для того, чтобы успеть, пришлось работать без сна и отдыха. В то время завод № 1 еще работал по графикам военного времени (10-часовой рабочий день и 6-дневная рабочая неделя), но «аврал на МиГ-9» до сих пор помнят ветераны завода и ОКБ. Московские конструкторы даже поселяться в гостиницу не стали — им поставили одну раскладушку на четверых прямо в помещении заводского КБ, и они не покидали завода пока вся «нулевая» серия из 10 самолетов не была передана на приемо-сдаточные испытания.
22 октября, через 42 дня после получения задания, завод отрапортовал о его выполнении. В Куйбышев прибыли летчики-испытатели, которым было поручено срочно облетать серийные МиГ-9 и перегнать их в Подмосковье.
К 7 ноября 1946 года была подготовлена обширная программа воздушного парада, которая была призвана показать Западу советскую воздушную мощь. Это было крайне важно, ведь американские четырехмоторные «сверхкрепости» с атомными бомбами на борту уже стали главными козырями в игре против СССР.
Но в предпраздничные дни погода резко ухудшилась, и воздушный парад не состоялся.
А между тем на Государственных испытаниях самолета начались большие проблемы. При отстреле оружия (а это на первом этапе вовсе не проводилось) оба двигателя безнадежно глохли уже при первых выстрелах «танковой» пушки Н-57. Как ни пытались решить эту проблему, соорудив, например, почти метровое (!) газоотводящее устройство, «надетое» на ствол перед воздухозаборником, ничего не вышло. Пушку калибра 57 мм заменили на более скромную Н-37, но и она могла применяться только до высоты 2 км, а ведь высоты применения В-29 были 6-10 км. На этих высотах стрелять разрешалось только из НС-23, и то после того, как их сдвинули назад, чтобы меньше тепла и пороховых газов попадало в двигатели.
К самолетам Заказчик выставил множество претензий: самолет был недостаточно устойчив по курсу, что очень мешало на посадке, кабина стала не герметичной, качество отделки поверхности ухудшилось, самолет потяжелел, а часть деталей-делали из дерева. Но хуже всего было то, что 2 из 10 самолетов погибли из-за разрушения стабилизатора. Снова пришлось кардинально пересмотреть конструкцию, переделывая параллельно технологию и оснастку. Не все недостатки удалось устранить, Акт по результатам Госиспытаний военные так и не подписали, но самолет все же был принят на снабжение ВВС и ПВО и запущен в большую серию на заводе № 1.
Изменения были столь значительны, что МиГ-9, начиная с 1-й серии получил новый номер изделия «36» вместо «27», а по ОКБ проходил как «самолет ФС». Оригинально, например, совместили решение проблемы путевой устойчивости и прочности хвостовой части, — киль в нижней части удлинили вперед. Идея оказалась очень удачной и используется повсеместно и в наше время. Летные данные серийных самолетов оказались даже несколько лучше, чем у опытных образцов, что было не типично не только для наших, но и для лучших зарубежных самолетов.
С конца 1946 по начало 1949 года было построено 604 самолета МиГ-9. Даже когда на заводе № 1 пошел МиГ-15, производство «изделия 36» некоторое время продолжалось, а запчасти делали и далее. Они поступили на вооружение около 20 истребительных авиаполков ВВС и ПВО СССР, причем поставлялся МиГ-9 в первую очередь в части, которые считались элитой наших вооруженных сил.
Одним из первых новый самолет освоил 18-й Витебский дважды Краснознаменный ордена Суворова истребительный авиаполк. Пройдя всю войну, получив в числе первых гвардейское знамя, после Победы полк покинул Восточную Пруссию, перебазировался в Белоруссию и там в 1947 году получил первые МиГ-9.
На Западной Украине базировался 81-й Гвардейский ИАП. Он сменил поршневые «Кингкобры» и Ла-7 на МиГ-9 в декабре 1947 года. Другой полк Прикарпатского Военного Округа, 180-й Гвардейский Сталинградский Краснознаменный ИАП, перешел с Ла-7 на МиГ-9 в октябре 1948-го.
Одним из первых в только что сформированных Войсках Противовоздушной Обороны СССР в начале 1947 года перевооружился на первые реактивные МиГ и 50-й ИАП ПВО, который прикрывал район Баку. Небо Подмосковья защищал 177-й ИАП ПВО, который дислоцировался в Ярославле и был вооружен и МиГ-9, и Як-15. Полки ПВО хотя и не имели таких счетов сбитых немецких самолетов и громких титулов, как в ВВС, но кое в чем даже превосходили своих коллег-фронтовиков. Прежде всего, они гораздо лучше были подготовлены к полетам ночью и именно в ПВО начали освоение применения МиГ-9 в темное время суток.