Переломным оказался Первый съезд медико-санитарных отделов местных Советов рабочих и солдатских депутатов, который был собран в июне 1918 года. На съезде с докладом о необходимости организации Наркомздрава (НКЗ) выступил З. П. Соловьев. Доклад вызвал ожесточенные споры между сторонниками и противниками создания НКЗ, однако большинство делегатов присоединилось к тезисам докладчика.
11 июня 1918 года вопрос об образовании Нракомздрава был поставлен на обсуждение Совнаркома. На это обсуждение были приглашены двое врачей-пироговцев. Они выступили против создания НКЗ. Однако СНК под председательством В. И. Ленина утвердил проект единогласно.
16 июля 1918 года ВЦИК утвердил состав руководства Наркомздрава. В него вошли: нарком Н. А. Семашко, его заместитель З. П. Соловьев и коллегия — В. М. Бонч-Бруевич, А. П. Голубков, П. Г. Дауге и Е. П. Первухин.
Наркомздрав начал свою работу. Ему еще предстояло завоевать доверие врачебного сообщества, побороть сопротивление ведомств, одолеть развернувшиеся эпидемии и выстроить государственное здравоохранение. Но центр управления уже был создан, и к нему можно было начинать стягивать ресурсы, кадры, возможности.
Создание Наркомздрава стало переломными моментом и в отношении врачей к советской власти. Всё больше врачей включалось в работу в советских органах здравоохранения, всё больше врачей вступало в борьбу с эпидемиями. Многие члены Пироговского общества, в том числе члены Правления, меняли свою позицию и переходили на сторону новой власти.
Чем был обусловлен этот перелом? Во-первых, тем, что стало понятно: советская власть укрепляется, это не временное руководство. Во-вторых, врачам надо же было где-то работать. Наконец, бывшие противники поверили в то, что советская власть борется за здоровье и благополучие всего народа, за развитие культуры и науки.
Однако оставалось еще сопротивление страховых касс. Они никуда не делись, они продолжали укрепляться и наращивать свое влияние среди рабочих.
Московский областной совет больничных касс был не просто бюрократическим органом, подобно Центральному врачебно-санитарному совету. Это была самая крупная структура, объединявшая рабочих Московского промышленного района. На 1 марта 1919 года страховые кассы Московского объединения включали в себя 1019906 участников и 3766 предприятий.
Руководство Совета негативно восприняло новости о создании Народного комиссариата здравоохранения и планах объединить под его руководством всю медицину в молодой советской республике.
Контролирующие больничные кассы Страховые присутствия, по российскому закону 1912 года, представляли собой самостоятельные надзорные бюрократические органы, в которых представители застрахованных не обладали никакими полномочиями. Декретом Совнаркома от 19 декабря 1917 года Страховые присутствия становились выборными органами на принципах представительства от страховых касс, профсоюзов, фабрично-заводских комитетов и работодателей.
Однако состоявшийся в мае 1918 года I Всероссийский Съезд комиссаров труда постановил заменить Присутствия отделами социального страхования при наркоматах труда. Делегаты Съезда отметили, что реорганизация Страхового Совета «должна быть проведена в соответствии с предполагаемой конструкцией советской власти».
Конструкция эта предполагала единство и централизацию управления. Союз больничных касс воспринял это как отказ от принципа самоуправления. Большевики старались любым способом вырвать страхование рабочих из-под влияния меньшевиков, которые занимали в Союзе больничных касс ключевые позиции. Конфликт набирал силу.
На стороне большевиков и Наркомтруда выступил Петроградский страховой совет. В ответ 27 октября 1918 года руководство Московского страхового совета организовало чрезвычайную конференцию больничных касс Московской области с представителями от 600 тысяч рабочих. Конференция приняла резолюцию, осуждающую реформы Наркомтруда.
14–18 ноября 1918 года состоялся 3-й съезд больничных касс Московской области. На нем присутствовало 409 делегатов от около 1 миллиона застрахованных. Кроме 409 делегатов присутствовали делегаты от касс безработных и некоторых профессиональных организаций — всего 50 человек. Постановление съезда о предоставлении не решающего, а совещательного голоса делегатам, принадлежащим к Коммунистической партии или сочувствующих ей, вызвало уход со съезда значительной группы делегатов. В итоге в зале осталось всего 299 представителей больничных касс.