После сборки и установки временных двигателей J75 у инженеров возникла новая проблема, вызванная течью в топливных баках самолета. Титановая конструкция самолета должна была работать в диапазоне температур от -500 до 10000 °C, и конструкторы были вынуждены сделать довольно широкие термокомпенсационные зазоры между элементами конструкции. Для их герметизации применялись специальные уплотнители, но под воздействием топлива они начали сжиматься и размягчаться. Пока самолет стоял заправленный, количество утечек постепенно росло и за день дошло до 68. Техникам пришлось сливать топливо, разбирать самолет и менять уплотнители. На все эти операции ушло 60 дней. К сожалению, подобрать такой состав резины, которая была бы неподвержена разъеданию агрессивным топливом и в тоже время была бы достаточно эластичной, ученым так и не удалось. Поэтому все самолеты семейства А-12 (SR-71) страдали утечками топлива вплоть до их снятия с вооружения, и техникам приходилось постоянно подставлять под фюзеляж самолета на стоянке огромные поддоны. Утечка топлива повлияла и на особенности применения самолетов. Они взлетали с минимальным запасом топлива, дозаправлялись в воздухе от заправщиков КС-135 и немедленно набирали высокую сверхзвуковую скорость. Конструкция нагревалась, зазоры между элементами конструкции уменьшались, и течь топлива прекращалась. Перед посадкой лишнее топливо приходилось сливать через трубу в задней части фюзеляжа.
Утечки топлива оказались далеко не таким безобидным недостатком, как его представляют американцы. С ним напрямую связаны три аварии самолетов SR-71 № 61-7950, № 61-7954 и № 61-7977. Все они происходили во время посадки или взлета по единому сценарию. Сначала выходили из строя тормоза, затем загорались пневматики и поджигали текущее снизу фюзеляжа топливо. В результате машина превращалась в пылающий факел и после тушения списывалась в лом.
С новыми уплотнителями в топливных баках опытный образец А-12 был готов подняться в воздух 25 апреля 1962 года. Летчиком-испытателем назначили Луи Шалка (Louis Schalk). Сначала он приступил к рулежным испытаниям. Во время одной из скоростных пробежек самолет, еще не достигший расчетной скорости отрыва, поднялся в воздух и совершил короткий незапланированный полет. Пролетев на высоте около 6 метров несколько километров, пилот посадил машину на дно высохшего озера. На самом деле этот полет состоялся с санкции Джонсона. Накануне полета Шалк и Джонсон договорились, что во время пробежки Шалк оторвет А-12 от земли. После посадки Шалк пожаловался на проблемы с выдерживанием направления движения во время руления. Ему все время приходилось энергично работать педалями, удерживая машину на ВПП. В воздухе А-12 показал себя как самолет с нейтральной устойчивостью, склонный к раскачке. Однако в этот день система автоматического управления была отключена, и демпфер не работал, поэтому на последнее замечание внимания не обратили, а проблему с носовым колесом решили подрегулированием механизма поворота.
На следующий день Шалк опять оторвал самолет от ВПП и начал набирать скорость. В ответ с самолета начали отрываться детали обшивки, обнажая стрингеры нижней поверхности наплывов за нишей передней стойки шасси. Это было вызвано открытием технологического люка в нише, через который мощный поток воздуха попал во внутреннее пространство наплывов и начал вырывать приклеенную обшивку. Летчику удалось посадить самолет. Полет продлился 40 минут. На ремонт обшивки затратили четыре дня.
После таких пробных полетов больших сюрпризов от А-12 уже не ожидали, и Джонсон принял решение провести “первый” официальный полет. На базу пригласили людей из ЦРУ, представителей фирм Honeywell (она делала систему автоматического управления для А-12) и Pratt & Whitney. В качестве почетных гостей присутствовали генерал Джимми Дулиттл (Jimmy Doolittle), совершивший знаменитый рейд на Японию, и Ричард Бисселл.
Утром 30 апреля Луи Шалк на скорости 314,8 км/ч оторвался от земли и набрал высоту 9144 м. В воздухе шасси не убиралось, поэтому скорость ограничивалась величиной 629,7 км/ч. Через 59 минут самолет совершил посадку. Джонсон торжественно объявил, что этот полет был самым гладким “первым” испытательным полетом за всю его карьеру авиаконструктора.
2 мая А-12 уже преодолел звуковой барьер, достигнув скорости М=1,1. Машину начали постепенно осваивать другие пилоты. По расчетам конструкторов А-12 с двигателями J75 мог достичь скорости не более чем М=1,6, но летчику Биллу Парку (Bill Park) все же удалось превысить скорость звука в два раза, введя машину в пикирование с высоты 15240 м. Несмотря на это, без новой силовой установки самолет не мог показать все свои возможности и летчики с нетерпением ожидали поставки новых двигателей.