Топливо размещается в интегральных внутренних баках общей емкостью 5325 л. На пяти внешних узлах возможна подвеска сбрасываемых топливных баков (1x1700 л на центральном подфюзеляжном узле, 2x2000 л на внутренних подкрыльевых пилонах, 2x1300 л на внешних подкрыльевых пилонах), максимальный запас топлива — 6600 л. На всех вариантах самолета предусмотрена установка системы дозаправки топливом в полете с фиксированной штангой.
Общесамолетные системы. Система управления полетом — триплексная ЭДСУ с резервной сдвоенной аналоговой подсистемой. Она создана на основе ЭДСУ самолетов “Mirage” 2000 и 4000 и считается системой управления второго поколения. Она связана с системами управления двигателями и вооружением. Предусмотрен встроенный контроль. «Rafale» обладает пониженным запасом статической устойчивости и ЭДСУ обеспечивает хорошую управляемость на больших углах атаки с автоматической защитой от выхода на критические режимы, уменьшение воздействия турбулентности в полете с большой скоростью на малой высоте, а также автоматическое регулирование тяги двигателей при заходе на посадку и посадке. Система может перестраиваться при отказе одного или нескольких датчиков с тем, чтобы обеспечить оптимальное использование оставшихся датчиков и органов управления.
Гидравлическая система состоит из двух независимых подсистем с рабочим давлением 28 МПа (286 кг/см2), обеспечивает привод органов управления, механизации крыла, шасси, воздушных тормозов. Система электроснабжения включает два генератора переменного тока мощностью по 30/40 кВА. Имеется система кондиционирования воздуха в кабине, кислородная система EROS с генерацией кислорода на борту, замкнутая жидкостная система охлаждения компонентов РЭО.
Кабина летчика оборудована катапультным креслом SEMMB/Martin Baker MKF16F (Martin Baker Mk.15 на «Rafale» А), обеспечивающим покидание самолета на стоянке и имеющим спинку с наклоном 29° (32° на «Rafale» А). Фонарь откидывается вправо. Носовая часть самолета отклонена вниз на 1.5° для улучшения обзора из кабины при посадке на авианосец.
Радиоэлектронное оборудование. Самолет «Rafale» оснащен многофункциональной импульсно-доплеровской РЛС RBE2 (Radar a Balayage Electronique 2) консорциума Thales. Эта станция впервые на Западе (после российской «Заслон» на МиГ-31) имеет пассивную фазированную антенную решетку (ФАР) с электронным сканированием, составленную более чем из 1000 приемопередающих модулей. РЛС способна осуществлять поиск воздушных целей на фоне подстилающей поверхности и в свободном пространстве, их опознавание, сопровождение одновременно до восьми целей, автоматическую оценку угрозы, назначение приоритетов и обеспечивать залповый пуск четырех УР MICA. Зона обзора составляет ±70° по углу возвышения и ±60° по азимуту. Дальность обнаружения воздушных целей составляет 55-110 км, возможно обнаружение в нижней полусфере целей с ЭПР до 0.1 м2. В режиме “воздух-земля” обеспечивается возможность прорыва ПВО противника при автоматическом или полуавтоматическом следовании рельефу местности на скоростях до 1110 км/ч. Режим “воздух-море” оптимизирован для выполнения противокорабельных задач и позволяет осуществлять поиск целей на большой дальности, слежение за несколькими целями одновременно, оценку значимости цели и управление оружием.
Второй по значимости обзорноприцельной системой является Thales/SAGEM OSF (Optroniques Secteur Frontal). OSF — первая оптоэлектронная система переднего обзора на французском самолете, появившаяся под влиянием аналогичных устройств на российских МиГ-29 и Су-27. Она способна обнаруживать воздушные цели на дальности 70–80 км и опознавать их на дальности 24 км, обеспечивает точное сопровождение цели и отображение летчику данных о дальности до нее, ее скорости, азимуте и угле места с коррекцией, по требованию, с информацией, полученной от РЛС и системы РЭБ. В ее состав входят И К датчики и лазерный дальномер, размещенные в обтекателях перед кабиной экипажа.
Навигационное и связное оборудование включает КВ/УКВ радиостанции фирм EAS и Saturn, И НС на кольцевых лазерных гироскопах SAGEM Sigma RL90, приемники систем GPS и TACAN, инструментальную систему посадки TLS 2020 фирмы SOCRAT (с интерфейсом к корабельной микроволновой системе посадки для «Rafale» М), радиовысотомер Thomson-CSF/CJNI AHV 17, систему опознавания Thomson-CSF/CNI SB 25А.