Но уже во втором полете один «Мерлин» отказал. Для доводки силовой установки пришлось переоборудовать еще два самолета. Мощность моторов и вес лопастей винтов одного направления вращения выросла, и рулей уже не хватало, чтобы удержать самолет на направлении взлета. Потому выпуск варианта Mk. IV был вскоре остановлен и на замену ему пришел «Уитли» В Mk. V с увеличенным вертикальным оперением. Первый самолет этого типа поступил в строевую часть 27 августа 1939 года. До начала II мировой войны оставалось четыре дня…
Британский парламент объявил войну Германии 3 сентября 1939 года. Основу матчасти Бомбардировочного командования RAF составляли самолеты «Хэмпден» В Mk. I. Большинство из 226 машин этого типа входило в 5-ю Бомбардировочную Группу (5.BG), оперативное соединение, примерно соответствующее корпусу дальней авиации СССР Основную часть из 196 самолетов «Уитли» свели B.4.BG, это в основном были машины ранних модификаций с моторами «Тайгер», новых было только 33 самолета Mk. IV, 7 Mk. IVA и 5 Mk. V. «Веллингтонов» в 3.BG было 183 в модификации Mk. I и IA. Устаревших «Уэлсли» оставалось более ста бортов, которые были распылены по отдельным эскадрильям как в метрополии, так и в Африке, в Ираке и в Индии.
4 сентября 1939 года 14 «Веллингтонов» из 9-й и 149-й АЭ (эскадрилья Бомбардировочного командования по штату имела 24 самолета, и хотя фактическое их число было несколько меньше, можно предположить, что уровень боеготовности этих частей был лишь порядка 30 %), разбавленные «Бленхеймами» из Командования непосредственной поддержки войск, пошли бомбить базу ВМС Германии Брюнсбюттель. Там воздушная разведка обнаружила два крупных боевых корабля. Изо всей армады к цели прошли лишь два «Веллингтона», но и те были сбиты зенитками, став первыми самолетами, погибшими на Западном фронте. Но командиры получили нагоняй не за результаты рейда, а за то, что… их действия могли случайно нанести вред гражданскому населению! Поняв намек, Бомбардировочное командование умерило пыл и стало увещевать немцев листовками, долетая до Варшавы и Праги, но толку от этого?
Wellington Mk.IB
Затишье кончилось, когда 14 декабря 1939 года 12 «Веллингтонов» из 99-й АЭ на бреющем под ураганным зенитным огнем прорвались гавань Вильгелмсхафена и строем бросили бомбы, добившись нескольких попаданий. Но ценой тому была потеря половины самолетов, сбитых зенитками и истребителями, которые тали англичан почти до самых берегов Туманного Альбиона. 17 декабря 2 «Веллингтона» из 9-й, 37-й и 149-й. Э были посланы бомбить корабли ригсмарине в Вильгельмсхафене. На подходе их засекла РЛС, которую немцы успели установить на Гельголанде, бомбардировщики были атакованы первой группой Bf 110 еще над морем, теряя самолет за самолетом, англичане все же вышли на цель, но командир видел гражданские суда, стоявшие меж боевых, и подал сигнал отмены атаки. Под шквальным огнем зениток, сменившимся над морем атаками истребителей, лишь десять экипажей смогли дойти до Англии…
Было принято решение перейти к очному применению дальних бомбардировщиков, резко увеличить их выпуск, чтобы иметь возможность собирать большие ударные группы, потери которых будут меньше за счет взаимной огневой поддержки, усилить оборонительное вооружение «Веллингона» до уровня самолета «Уитли».
Еще в 1938 году испытывался «Велингтон» В Mk. IB с улучшенной обороной, но его летные качества вместо того, чтобы улучшиться (а это было главной задачей при создании модификации) упали из-за плохой аэродинамики установок, и самолет принят не был. Лишь новые стрелковые башни Нэш и Томпсон» F5 и F10 с гидроприводом для спаренных пулеметов в носу, на корме, а также общее усовершенствование аэродинамики, подгонка капотов, люков, створок и т. п. позволили без ухудшения «летучести» увеличить на 4 т взлетный вес. От выдвижной пулеметной установки, получившей говорящее само за себя прозвище «мусорной корзины», отказались, введя два пулемета в бортовых окнах. Такой самолет «Веллингтон» В Mk. 1C стал первой массовой модификацией машины: 2685 экземпляров. Весь предыдущий выпуск составил два прототипа, один опытный В Mk. IB, 180 серийных I Mk. I и 183 В Mk. IA.