После двухлетних дворцовых интриг регент малолетнего Птолемея XIII евнух Потин и царский военачальник Ахилла изгнали Клеопатру из города, и власть оказалась в руках царедворцев. Однако Клеопатра, которая, видимо, уже получила к этому времени определенный политический опыт, бежала в Сирию и там, используя свое царское имя, начала собирать войска против регентов брата. Династическая распря грозилась перерасти в вооруженный конфликт.
В это время в Риме началась гражданская война между Юлием Цезарем и Помпеем, на стороне которого выступили республиканцы. С начала 48 г. война переместилась на Балканы, косвенно включив в свою сферу Египет. Регенты Птолемея XIII вынуждены были предоставить Помпею хлебные запасы и флот. В августе 48 г. Помпей был разбит Цезарем при Фарсале в Греции, откуда бежал в Египет. Поскольку покойный Авлет был обязан Помпею возвращением на престол, последний считался покровителем египетского двора; именно у Помпея хранилась копия завещания Авлета. Понятно, что теперь Помпей рассчитывал на помощь своих давних клиентов. Однако и Цезарь немало помог Авлету в укреплении его власти, поэтому регенты Птолемея XIII решили убить Помпея в угоду Цезарю.
Однако победитель, прибывший в Александрию, резко осудил это самоуправство по отношению к римскому полководцу. Кроме того, Цезарь потребовал выплатить ему 17, 5 млн драхм, которые покойный царь был должен Риму, а также высказался за возвращение Клеопатры на трон, согласно царскому завещанию. Конфликт между Цезарем и александрийской элитой, особенно его вмешательство в династическую распрю, привел к Александрийской войне (осень 48 — весна 47 г.), в ходе которой регенты Птолемея XIII были разбиты, а сам он погиб. Александрийская война была попыткой египетской элиты проводить самостоятельную от Рима политику, в ней участвовали широкие слои александрийского общества. Победа Цезаря в этой войне окончательно утвердила римское влияние в регионе, не допустив никаких военно-стратегических изменений в пользу Парфянского царства, в то время главного римского противника на Востоке.
Еще одним важным итогом войны стали переход Клеопатры в лагерь Цезаря и ее окончательное утверждение на египетском троне как союзницы Рима.
Бюст Клеопатры VII из Antiken Museum в Берлине. На Клеопатре царская диадема и повязка на волосах.
Узнав о прибытии Цезаря в Александрию, опальная царица решила любыми средствами добиться его поддержки в борьбе с династическими соперниками, тем более что после смерти Помпея Цезарь остался единственным покровителем Птолемея Авлета, к которому она могла обратиться как его наследница. Античные авторы красочно описывают этот исторический эпизод, подчеркивая, что именно обаяние молодой царицы заставило великого римлянина поддержать ее.
Вот что рассказывает об этом Кассий Дион:
«Сначала Клеопатра вела свою тяжбу с братом у Цезаря через других людей, но как только она разведала его натуру (был он сластолюбив в высшей степени и имел дело со многими разными женщинами, с кем попало), она написала ему, заявляя, что друзья ее предали и ей необходимо самой лично защищать свои интересы. Ибо была она прекраснейшей из женщин и находилась тогда в самом расцвете красоты. У нее был чудеснейший голос, и благодаря своему обаянию она умела разговаривать со всяким. Видеть и слышать ее было великое наслаждение, поэтому она и могла повергнуть любого: и человека хладнокровного, и немолодого. Цезаря она решила поразить этим обычным способом и возложила на свою красоту все надежды на достижение благоприятного исхода дела. Она попросила разрешения предстать пред его очами.
Получив его, она красиво оделась, однако с таким расчетом, чтобы вид ее был преисполнен достоинства и вместе с тем вызывал бы сострадание. С таким замыслом она прибыла в Александрию и ночью тайно от Птолемея проникла во дворец.
Цезарь, увидя ее и едва услышав ее голос, мгновенно был покорен ею, а наутро он послал за Птолемеем и стал пытаться их помирить. Цезарь, намеревавшийся прежде быть судьей над Клеопатрой, стал теперь ее защитником»
(«Римская история», кн. Х1Л1, гл.34).
Не менее ярко о том же сказано у Плутарха:
«Клеопатра, взяв с собой лишь одного из друзей, Аполлодора Сицилийского, села в маленькую лодку и при наступлении темноты пристала вблизи царского дворца. Так как иначе трудно было остаться незамеченной, то она забралась в мешок для постели и вытянулась в нем во всю длину. Аполлодор обвязал мешок ремнем и внес его через двор к Цезарю. Говорят, что уже эта хитрость Клеопатры показалась Цезарю смелой и пленила его. Окончательно покоренный обходительностью Клеопатры и ее красотой, он примирил ее с царем для того, чтобы они царствовали совместно»