Гай Юлий Цезарь. Скульптура 1798 г. Лувр
Младшая сестра Клеопатры Арсиноя IV, провозглашенная александрийцами царицей во время войны, была низложена, взята в почетный плен и в 46 г. как пленница проведена в египетском триумфе Цезаря. После этого Арсиноя уехала в Малую Азию, где осталась при храме Артемиды в Милете, опасаясь козней со стороны Клеопатры. Малолетний Птолемей XIV пока что также не представлял для Клеопатры угрозы.
Таким образом, союз с Цезарем и его покровительство сделали Клеопатру полновластной правительницей Египта. Следуя в фарватере римской политики, она тем самым продолжала традиции своего отца Птолемея Авлета, а личная связь с Цезарем позволяла ей значительно поднять как собственный статус, так и статус своего царства. Сын, родившийся у Клеопатры от Цезаря вскоре после Александрийской войны, должен был еще более укрепить этот альянс. В конце мая 47 г. положение в Римском государстве чрезвычайно обострилось: в Африке и Испании продолжалась гражданская война, в Италии начались военные мятежи и народные беспорядки, в Малую Азию вторгся царь Понта Фарнак, захвативший у римлян значительные территории. Эти проблемы требовали немедленного отбытия Цезаря, и он вынужден был уехать. «Клеопатра, — пишет Кассий Дион (XLII.45), — еще долее задержала бы Цезаря в Египте или немедленно отправилась бы вместе с ним в Рим, если бы Фарнак не вызвал Цезаря и оттуда к великой его досаде и не помешал бы спешить в Италию». Диктатору понадобилось еще три года, чтобы справиться со своими противниками в Азии, Африке и Испании и стать полновластным правителем Римской державы. Только после этого он смог пригласить Клеопатру в Рим и начать подготовку к своим грандиозным планам, в которых царица якобы прямо участвовала.
Сохранилось мало сведений о деятельности Клеопатры в период, когда Цезарь умиротворял римские провинции на Востоке и завершал гражданские войны на Западе. Можно с уверенностью предполагать, что молодая царица не теряла времени даром, а укрепляла свою власть и… вынашивала грандиозные планы.
Дважды (в 46 и 44 гг.) Клеопатра посетила Рим. Цезарь официально приглашал ее как «друга и союзника римского народа», одарил богатыми дарами, однако римское общество знало о связи между диктатором и царицей, что вызвало резкую критику в республиканских кругах. Цезарь действительно слишком явно оказывал покровительство Клеопатре. Например, рядом с храмом Венеры, прародительницы рода Юлиев, который торжественно открыли в 46 г., по приказу Цезаря установили статую Клеопатры. Этот памятник из слоновой кости изваял известный тогда греческий скульптор Аркесилай. По воспоминаниям видного римского политика Цицерона, и сама Клеопатра вела себя вызывающе. Будучи политическим противником режима Цезаря, великий оратор крайне негативно воспринял его связь с царицей, которая противоречила всем римским традициям. В одном из своих писем Цицерон упоминает неких Аммония и Сару— фаворитов Клеопатры, вызвавших у него особенное раздражение: «Царицу я ненавижу; что я по праву так поступаю, знает Аммоний, поручитель за ее обещания, которые имели отношение к науке и соответствовали моему достоинству… О Саре я узнал, помимо того, что он негодный человек, что он, сверх того, еще заносчив по отношению ко мне: всего один раз видел я его у себя в доме; на мой любезный вопрос, что ему нужно, он сказал, что ищет Аттика. О гордости же самой царицы, когда она находилась в садах за Тибром, не могу вспомнить без сильной скорби» («Письма к Аттику», кн. XV, письмо 15, § 2). Итак, Цицерона разгневало уже само невнимание к такому известному деятелю, как он, несоблюдение Клеопатрой и ее свитой принятых в Риме правил поведения. Разумеется, аналогично думали и другие республиканцы, ведь Цицерон был их главным идеологом. Противники Цезаря, принявшие затем участие в заговоре Брута и Кассия, начали против диктатора пропаганду.
После победы Цезаря в гражданской войне (лето 45 г.), провозглашения его пожизненным диктатором и императором, «Юпитером Юлием» и предоставлением ему других невиданных почестей, в Риме заговорили о стремлении Цезаря стать царем. Традиции Римской республики отождествляли царскую власть с попранием свободы и неограниченной тиранией, за подобные устремления обычай предполагал смертную казнь. Цезарь же планировал в это время крупный военный поход против Парфии, в связи с чем возникли слухи, что после победы Цезарь женится на Клеопатре и объявит Египет «средоточием своей царской власти над всеми землями и морями», — так пишет современник Клеопатры Николай Дамасский, одно время находившийся при ее дворе в качестве ритора («Жизнь Цезаря», XX, 68). По версии Светония, эти слухи обвиняли Цезаря в стремлении перенести столицу из Рима в Александрию.