Само помещение станции перестраивалось, пробивался дополнительный вход со стороны 1-й группы, и туда ставилась кабина К-9. На месте 5-й группы был сделан склад ЗИП для 300-ки. Также в помещении станции оставался узел связи. Антенны визирования 25-й Системы становились ненужными, их либо демонтировали, либо так и оставляли. Площадку перед антенным павильоном использовали для стоянки автотехники, предварительно заровняв углубления антенн СПК. Рядом с КП полка на вышке ставили антенну радиолокатора.
На РТЦ полков 25-й Системы, которые сменяли дивизионы С-300, помещение станции Б-200 переоборудовали под хранилище запасного боекомплекта дивизиона. Старое оборудование удалялось, пробивались дополнительные входы, обычно со стороны 5-й группы, внутри помещения станции ставились кирпичные перегородки и монтировалась системы кондиционирования. Снаружи новые входы были закрыты стальными гермоворотами. Пакеты с ТПК ставились на тележки и по специальным направляющим лебёдкой затаскивались в хранилище. Оборудование для этого изготавливали из частей пусковых установок 25-й Системы.
Городки полков тоже ждали изменения. Поскольку численность личного состава полка при переходе на 300-ку заметно сократилась, то отпала необходимость в таком количестве казарм. В первую очередь обычно сносили казармы дивизиона – как наиболее ветхие. Но, например, в в/ч 62843 под Киржачом старые казармы сохранились, в 2005 году там снимали художественный фильм «Солдатский декамерон». Если вместо полка С-25 оставалось управление полка С-300, то вместо снесённых казарм строилась новая – панельная двухэтажная. Если вместо полка С-25 ставился дивизион С-300, то в городке ничего не строили, только сносили. Например, в городке в/ч 71548 в Жуковке из капитальных строений казарменной части городка остались только склады, гараж и солдатская столовая из шлакоблоков, а деревянные казармы дивизиона, казарма РТЦ и штаб полка были разобраны ещё в 80-е годы.
Такая же судьба ждала и финские домики. К 80-м годам они уже обветшали, и было принято решение их списать и уничтожить. В городке в/ч 92598 в Рогачёво на месте финских домиков построили две трёхподъездные пятиэтажки. Так же поступили в городке в/ч 86611 в Ковригино. А в городке в/ч 92924 в Покровском финские домики просто разобрали. Двухэтажные дома из бруса и построенные позже двухэтажки из кирпича сохранились. В городке в/ч 71548 в Жуковке финские домики были сохранены и переданы на баланс совхоза «Орудьевский» благодаря усилиям подполковника А. Д. Костина.
После перевооружения и заступления на боевое дежурство комплексов С-300 потребность в полках ближнего кольца отпала, и их стали расформировывать. Система С-25 была снята с вооружения в апреле 1988 года. Но после расформирования полков С-25 территория и оставшиеся объекты оставались в ведении министерства обороны. Например, на стартовом дивизионе в/ч 61941 в Белом Расте расположилась отдельная радиолокационная рота. Рядом с РТЦ в/ч 71576 недалеко от Поварово расположен объект ПРО, личный состав которого остался проживать в городке.
В связи со снятием с вооружения 25-й Системы стали расформировывать и в/ч ракетных технических баз. В 1989 году была расформирована в/ч 52147 в Трудовой, а объект перешёл в ведение в/ч 11291.
Таким образом, в конце 80-х годов после снятия с вооружения системы С-25 и перехода на С-300 ряд войсковых частей были расформированы, а часть объектов, оставшихся от 25-й Системы, были заброшены. Предлагались различные варианты дальнейшего использования ставших ненужными объектов. Представители промышленности предлагали создать музей ПВО на базе РТЦ в/ч 86814 под Звенигородом, но из этого тоже ничего не вышло.
На командование округа выходили с предложением организовать детский военно-спортивный лагерь на территории РТЦ расформированной в/ч 61941 под Белым Растом. По словам инициатора обращения, командование округа ответило: «Там будут офицерские дачи!», и слово своё сдержало. Обычно после расформирования части РТЦ оставался без охраны, поэтому даже при наличии гермодверей его вскрытие и разграбление были лишь вопросом времени, особенно после массового появления пунктов скупки металлолома.