"Чрезвычайка" в Екатеринбурге была всесильна, и самыми влиятельными ее членами были комиссары Юровский, Голощекин и другие.
Авдеев находился под непосредственным контролем других комиссаров, членов Президиума и "Чрезвычайки". Они не замедлили обратить внимание на перемену, происшедшую во взглядах охраны по отношению к их заключенным, и решили принять радикальные меры.
В Москве также были обеспокоены, как это показывает нижеследующая телеграмма, посланная из Екатеринбурга Белобородовым Свердлову и Голощекину (который находился тогда в Москве): "Сыромолотов только что уехал в Москву, чтобы организовать дело согласно указаниям центра. Опасения напрасны. Бесполезно беспокоиться. Авдеев отозван. Мошкин арестован. Авдеев замещен Юровским. Внутренняя охрана сменена и замещена другими". Эта телеграмма датирована 4 июля.
Действительно, в этот день Авдеев и его помощник Мошкин были арестованы и заменены комиссаром Юровским и его помощником Никулиным. Охрана, состоявшая, как было сказано выше, исключительно из русских рабочих, была переведена в соседний дом, принадлежащий Попову.
Юровский привел с собою десять человек — почти все австро-германские военнопленные из палачей "Чрезвычайки". Начиная с этого дня они заняли внутренние посты, а наружные посты продолжала занимать русская охрана.
"Дом особого назначения" оказался в полной зависимости от "Чрезвычайки", а жизнь заключенных не представляла из себя ничего, кроме мучений.
В это время в Москве, видимо, уже был решен вопрос об убийстве царской семьи. Это подтверждается вышеприведенной телеграммой. Сыромолотов поехал в Москву, чтобы "организовать дело согласно указаниям центра". Он вернется с Голощекиным, имея инструкции и директивы от Свердлова. Юровский в ожидании обдумывал свой план. Несколько дней кряду он выезжал верхом, и его видели в окрестностях, когда он отыскивал место, отвечающее его намерениям, чтобы устроить исчезновение тел жертв. Этот самый человек, цинизм которого превосходит все, что можно себе представить, отправляется навестить больного наследника, находившегося в постели.
Прошло несколько дней. Голощекин и Сыромолотов вернулись. Все было приготовлено.
В воскресенье 14 июля Юровский велел пригласить священника Сторожева и разрешил ему совершить богослужение на дому. Заключенные уже осуждены на смерть и им не может быть отказано в религиозной помощи.
На другой день Юровский приказал отвести маленького Леонида Седнева в дом Попова, где находилась русская охрана.
Около семи часов вечера, 16 июля, Юровский приказал Павлу Медведеву, на которого он вполне полагался и который был во главе русской стражи, принести двенадцать револьверов, которыми была вооружена русская охрана. Лишь только этот приказ был выполнен, Юровский объявил Медведеву, что сегодня же ночью вся царская семья будет убита и что он поручает ему объявить несколько позднее об этом русской охране. Медведев сообщает об этом русской охране около десяти часов вечера.
Немного спустя после полуночи Юровский проникает в комнаты, занятые членами царского семейства, будит их, равно как и тех, кто жил вместе с ними, и говорит им, чтобы они приготовились следовать за ним под тем предлогом, что надо их увести, так как в городе волнения, а пока, для большей безопасности, они будут находиться в нижнем этаже. Скоро все были готовы и, взяв некоторые мелкие вещи и подушки, спустились по внутренней лестнице, которая ведет во двор, откуда вошли в комнаты нижнего этажа. Юровский идет во главе вместе с Никулиным, затем идет император с Алексеем Николаевичем в руках, императрица, великие княжны, доктор Боткин, Анна Демидова, Харитонов и Трупп.
Заключенные останавливаются в комнате, которую указал им Юровский. Они убеждены, что для них пошли отыскивать экипажи и автомобили, на которых должны отвезти их. Так как ждать приходилось долго, заключенные просят принести себе стулья. Им приносят три стула. Наследник, который не может стоять по причине своей больной ноги, садится посреди комнаты. Император садится с левой стороны, а доктор Боткин становится слева около него и немного сзади. Императрица садится около стены, направо от двери, через которую они вошли, недалеко от окна. Императрице на стул положили подушку, так же как и Алексею Николаевичу. Одна из дочерей стоит позади императрицы — вероятно Татьяна. В углу комнаты с той же стороны — Анна Демидова, которая держит в руках две подушки. Три другие великие княжны стоят, прислонившись спиною к стене, в конце комнаты, направо от них в углу стояли Харитонов и Трупп.