През IV век император Теодосий заповядал да се издигне катедрала в средата на централния площад на акропола. Катедралата би трябвало да ознаменува победата на истинската вяра над езичеството. Построена набързо, по-евтино и по-просто, тя се разрушила след няколко десетилетия почти без да остави следи. Храмът на Фортуна бил преправен в християнска църква. Нарекли го църквата на света Варвара.
Император Юстиниан заповядал да се извадят порфировите колони от площада на акропола и да се откарат в Константинопол. Колоните пак извървели дълъг път. Отново прехвърляне през планините, отново товарене на кораби в Бейрутското пристанище, отново пътешествие по море към новата столица. Тези колони се използували за строителството на „Света София“ — християнската катедрала в Константинопол. Те и сега се намират там заедно с други колони, докарани от целия източен свят, сред останки от велики и прекрасни паметници на архитектурата, унищожени от християнството.
Враждебните сили на природата като че ли очаквали отслабването на Хелиополис. Няколко земетресения едно след друго разрушили града, всяко разрушавало къщи и църкви. Но храмът на Юпитер се крепял.
След няколко столетия християните византийци били принудени да напуснат западналото градче, което било загубило предишното си значение. На тяхно място дошли арабите. Тъкмо тогава се и родила легендата, че храмовете и огромните платформи са построени от духовете на цар Соломон.
Арабите с нова сила се заловили да престрояват и прекрояват акропола. По-точно това, което било останало от него. По времето на тяхното идване построените преди повече от петстотин години сгради загубили здравината си. Паднали няколко великолепни колони от храма на Юпитер и капителите им се търкулнали надалеч из двора на акропола. Земетресенията разрушили по-голяма част от стените на акропола и унищожили входа.
Арабите превърнали акропола в крепост. Високият храм, укрепен с грамадни каменни плочи, като че ли примамвал фортификаторите да го използуват. От разрушените плочи и колони направили нови стени и крепостни укрепления. Сред развалините била построена джамия. Друга, по-голяма, израснала извън границите на акропола. Още веднъж се сменили боговете и още веднъж прекланящите се пред тях били сигурни, че именно техните богове действително са истински и достойни да господствуват над света.
Но на колоните на Юпитер се паднало още веднъж да видят смяната на знамената и на боговете. Армията на кръстоносците на Боемунд Антиохийски и Раймунд Едески превзела крепостта и се задържала в нея известно време, отбранявайки се от дамаската армия. Кръстоносците успели да опустошат джамиите и на бърза ръка да възстановят властта на християнския бог. След няколко седмици те отстъпили и в джамиите се върнали моллите. А оределите колони на храма на Юпитер равнодушно се извисявали над това стълпотворение.
Боговете, в чиято чест били издигнати, измрели толкова отдавна, че и помен не останало от тях по тези места. И срещайки изображението на Юпитер или Марс, християните и мюсюлманите в зависимост от настроението и полета на фантазията си ги възприемали или за дяволи, или за герои от древността.
Забравило се името на града — Хелиополис. Върнало се старото — Баалбек. Един английски пътешественик, който видял развалините на Баалбек през 1751 година, съобщил в записките си, че в една долина, в средата на мръсно бедно градче стърчат девет огромни колони, наоколо се търкалят много камъни и плочи.
Друг пътешественик, французин, тридесет години по-късно изброил само шест от тези колони: поредното земетресение през 1759 година съборило останалите три. Същият обърнал внимание на руините на бойна кула, която някога се извисявала сред колоните. Той не знаел, че кулата била построена през XII век от Бахрам-шах, господаря на Дамаск. По времето, когато тук се появили първите европейски пътешественици, Баалбек отдавна бил загубил военното си значение.
От Хелиополис благоволил да се заинтересува негово императорско величество кайзерът на Германия. Това се случило през първите години на нашия век. Немски археолози започнали планомерни разкопки на града. Те разчистили между другото малкия кръгъл храм на Фортуна. Със столетия той се е криел сред жилищните сгради, полузатрупан със земя и затулен от огради. Оказало се, че почти не бил пострадал от времето. По-късно тук работили френски археолози и най-накрая щафетата била поета от ливанския Департамент по старините.
А какво представлява Баалбек днес? Колкото и да е чудно, бурната и плачевна съдба на акропола не е успяла да го заличи напълно от лицето на земята. Римските и ливанските архитекти са строили толкова солидно и сериозно, че в Баалбек е останало най-много от римската епоха, а не от времето на християните и мюсюлманите.