Тази схема могла да се изменя. Понякога имало по-малко зали, понякога повече, но в уникален храм, подобен на Карнак, се оказват много повече пилони и статуи на фараони, отколкото е възможно за друго светилище, докато в заупокойния храм на самия архитект Аменхотеп броят и размерите на помещенията са скромни и малки.
В тази система всичко било обмислено и проверено от опита на поколенията. Създавайки върху нейната основа великите храмове на Тива, архитектите на първо място са имали пред вид въздействието на храма върху молещия се.
Когато тържественото шествие се изкачвало между редиците строги сфинксове към пилоните, те израствали като че ли до небето и подготвяли за среща с тайнственото. Неподвижните колоси на фараона доказвали нищожеството на човека, влизащ в храма. След просторния величествен светъл двор човек се озовавал в полумрака на загадъчната гора на хипостилната зала, в гората от съединяващи се на приказна височина колони, на които зеленината на пищните капители се разтваряла в небесния лазур на тавана, блестящ от златни звезди.
Следващите помещения на двореца били по-тесни, по-ниски и по-тъмни от предишните, само в хранилището на свещените реликви понякога се предвиждал отвор в стената или тавана, откъдето лъч светлина падал върху статуята на бога…
По-нататъшната история на Карнак отново ни връща към борбата на идеи и партии. Аменхотеп IV (Ехнатон), бунтовник, който провъзгласил култ към Атон и преместил столицата в Тел-ел-Амарна, където се родил странният трогателен, реалистичен и в нещо декадентски стил на новото, обвеяно от хуманни, но нежизнеспособни идеи изкуство, не обичал храма на Амон — въплъщение на властта на жреците. Източно от карнакския храм той построил храм на Атон. Но от него не е останало нищо: след гибелта на смелия и обречен на неуспех експеримент жреците и следващите фараони изравнили храма на Атон със земята. Но както и навсякъде, в Карнак нищо не изчезнало безследно. Причина за това била практичността на следващите строители. При разкопките били намерени статуи от еретика Ехнатон, а много блокове от храма му, украсени с барелефи в стила на амарнската школа, се оказали вградени в по-късните постройки за прослава на Амон.
Измолвайки прошка за греховете на Ехнатон, наследниците му Тутанкамон и Ейе набързо издигнали в Карнак стели и обелиски в чест на възвърналия се на власт Амон. Фараоните от следващата XIX династия Сети I и Рамзес II също добавили към славата на Карнак, като издигнали още една хипостилна зала. Освен това Рамзес оставил следа в Карнак, издигайки два свои колоса — седящи статуи, в чиито крака се намират мъничките фигури на жена му Нефертари.
И така нататък… сменяли се династии, сменяли се фараони, а Карнак продължавал да обраства със стели, обелиски, пилони, храмове и кьошкове. Особено се стараели фараоните, които не били сигурни в правата си на свещения престол. Така нубийският фараон Тахарка предприел строителството на колонада в първия двор на храма, от която се е запазила само една, не много красива, приличаща на бъчва двадесетметрова колона. И Александър Македонски, който от политически съображения почитал чуждите богове, посетил този храм. Той заповядал да се преустрои едно от помещенията след залата на Тутмос III, което и днес се нарича „молитвена стая на Александър“. Много построили в Карнак и Птолемеите, на които Египет се паднал при подялбата на империята на Александър. Именно с тяхната дейност е свързана странната находка на територията на храма, намерена през 1903 година от френския археолог Легрен.
До единия от пилоните Легрен открил яма с натрошени стели и статуи. В това нямало нищо чудно: в течение на хиляди години храмовете овехтявали, разрушавали се от неприятели (например през 663 година пр.н.е. асирийският цар Ашурбанипал изцяло разграбил и опожарил Тива). Тежките, ненужни за работата късове било възможно да бъдат и закопани. Но учудващи били мащабите на находката. Когато Легрен извадил от земята късовете, се оказало, че под тях се намират други статуи и барелефи. Месеци наред се трудили работниците, измъквайки от невероятната яма, по-точно пропаст, все нови чудесни паметници на древния Египет. На дълбочина четиринадесет метра се наложило да се прекратят разкопките, тъй като в скривалището нахлула подземна вода. Само каменните статуи наброявали седемдесет и пет, без да се смятат многобройните стели и барелефи.
Ето тази яма се приписва на Птолемеите, които привеждали в ред полученото от тях стопанство… Чак толкова не ги е било грижа за труда на далечните фараони.