Еще в послании Ивана Грозного из Александровской слободы он осуждал обычай духовенства печаловаться за осужденных. Но самое серьезное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп из рода Колычевых. Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 году предложил ему московскую кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился под условием уничтожения опричнины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричнину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в царскую душу. Новый митрополит начал ходатайствовать за опальных и обличать царя. Произошло несколько столкновений.
Опричники. Художник Николай Неврев
Враги Филиппа, в числе которых был, между прочим, царский духовник, наконец восторжествовали. Филипп удалился в Николаевский монастырь (позже — Греческий на Никольской улице), где и служил. В крестном ходе заметил он однажды опричника в тафье и обличал его. Царь рассердился, тем более что, когда он оглянулся, тафья уже была снята.
Во время богослужения 8 ноября 1568 года Филипп был схвачен опричниками в церкви, на другой день торжественно лишен сана и вскоре свезен в тверской Отроч монастырь, где был задушен.
Вскоре после низведения митрополита Филиппа погиб двоюродный брат царя Владимир Андреевич, в котором Иван Грозный видел, и, быть может, не без основания, опасного претендента.
В январе 1570 года царь приехал в Новгород. По дороге он останавливался в Клину и в Твери, которые много пострадали и от казней, и от опустошения опричников. Ужас напал на новгородцев. Иван Васильевич, объявив милость оставшимся трепещущим горожанам, проехал в Псков, который, однако, миновал его гнев. Возвратясь в Москву, он начал следственное дело; призваны были к суду и казнены многие бояре, в том числе любимцы царя, Басмановы, отец и сын, а князь Афанасий Вяземский умер от пытки.
Недоверие царя не только к старым боярам, но и к людям, им самим избранным, постоянные разочарования, которых он по характеру своему не мог избежать, ибо требовал от людей, чтобы они во всем удовлетворяли его, должны были тяжело лечь на его душу. Мысль о непрочности своего положения с особенной силой овладела им в последние годы жизни. В своем завещании 1572 года он жалуется на то, что ему воздали злом за благо и ненавистью за любовь. Мысль о непрочности своего положения Иван IV высказывал в сношениях с Англией, где на случай изгнания искал себе убежища. Даже любимый сын, царевич Иван Иванович, не миновал его подозрительности. В 1581 году, во время величайших поражений русского оружия, между отцом и сыном произошло столкновение. Гневный царь ударил сына жезлом; через четыре дня царевич скончался…
Падение Ливонского ордена поставило лицом к лицу державы, между которыми разделилось его наследство. Швеция, заключив союз с Россией, обратилась на Данию, а России пришлось столкнуться с Польшей. Сигизмунд Август, приняв во владение Ливонию, послал в Москву предложение вывести и русское, и литовское войска из Лифляндии. Из Москвы отвечали отказом. В переговорах и мелких столкновениях прошел весь 1562 год, а в январе 1563 года войско, предводимое Иваном IV, двинулось к Полоцку, который 15 февраля сдался. Очевидно, царь намерен был оставить его за собой.
После взятия Полоцка пошли бесплодные переговоры, а в 1564 году русское войско разбито было при реке Уле. Опять начались набеги и стычки. Со стороны Крыма Россия казалась обеспеченной: заключено было перемирие на два года. Но подстрекаемый дарами Литвы крымский хан сделал набег на Рязань. В конце 1565 года снова начались переговоры с Литвой, и только в 1570 году заключено было перемирие.
Устремив внимание на Ливонию, московское правительство не могло, однако, упускать из виду южной своей границы. С татарами, цель которых ограничивалась грабежом, хотя и трудно было ладить, но все же можно было откупиться от хана. Завоевание татарских царств вызвало против нас другого могущественного врага. Турецкий султан, преемник халифов, не мог не взволноваться нарушением целости мусульманского мира. Турецкое войско отправилось из Каффы с целью прорыть канал из Дона в Волгу и потом или завладеть Астраханью, или поставить вблизи нее новый город. Крымский хан тоже должен был участвовать в этом походе. Но канал не удался, подступить к Астрахани не решились, узнав о готовности русских к обороне; строить новый город оказалось невозможным, вследствие возмущения войска. Так неудачно для турок кончилось первое их столкновение с Россией.