Также несостоятельны постоянные ссылки и голословные стенания украинских самостийников об особом национально-автономном статусе Левобережной Украины (Малороссии) в составе Московского царства, поскольку реально это была не национальная или региональная, а военно-сословная автономия, проистекавшая из особого пограничного положения малороссийских и новороссийских земель, расположенных на границах с Крымским ханством и Речью Посполитой. Точно такая же военно-сословная автономия существовала и в землях Донского и Яицкого казачьих войск, которые, как и запорожские казаки, несли пограничную службу на южных рубежах Московского царства, а затем Российской империи.
Принимая Запорожское войско и всю Гетманщину под свою «высокую руку», царь Алексей Михайлович, безусловно, учитывал неизбежность войны с Польшей, поэтому это решение было принято лишь тогда, когда русская армия оказалась в состоянии начать новую войну со своим давним и сильным противником. Новая русско-польская война началась в мае 1654 года, когда 100-тысячная русская армия выступила в поход в трёх главных направлениях: сам царь Алексей Михайлович во главе основных сил двинулся из Москвы на Смоленск, князь Алексей Трубецкой со своими полками выступил из Брянска на соединение с войсками гетмана Богдана Хмельницкого, а боярин Василий Шереметев из Путивля вышел на соединение с запорожскими казаками. Чтобы предупредить возможное выступление турок и крымских татар, тогда же на Дон послали боярина Василия Троекурова с наказом донским казакам зорко стеречь крымские рубежи, а при необходимости не мешкая выступить против неприятеля.
В ходе военной кампании 1654 года русская армия и запорожские казаки, нанеся ряд крупных поражений польско-литовской Квацярной армии гетманов Стефана Потоцкого и Януша Радзивилла, взяли Смоленск, Дорогобуж, Рославль, Полоцк, Гомель, Оршу, Шклов, Умань и другие города в Белоруссии и Малороссии. Военная кампания 1655 года также оказалась на редкость удачной для русской армии, которая нанесла ещё ряд крупных поражений полякам и овладела Минском, Гродно, Вильно, Ковно и вышла к Бресту. Но к лету 1655 года серьёзно осложнилась ситуация на территории самой Малороссии, поскольку часть казацкой старшины, которая не признала решений Переяславской рады, поддержала польскую шляхту, и коронному гетману Стефану Потоцкому удалось собрать и вооружить новую армию. Однако уже в сер. июня 1655 года отборные полки Богдана Хмельницкого, Алексея Трубецкого и Василия Бутурлина разгромили поляков под Львовом, а сам город взяли в кольцо. Тем временем новый крымский хан Мехмед IV Гирей решил оказать помощь Варшаве и вторгся в пределы Польской Украины, но в районе Озёрной татары были разбиты и поспешно ретировались восвояси. После этих событий польский король Ян II Казимир в панике бежал в Силезию, а литовский гетман Януш Радзивилл переметнулся к шведскому королю Карлу X Густаву, который ещё год назад начал Северную войну (1655–1660) с польской короной.
Сокрушительным военным поражением Польши умело воспользовались в Стокгольме, и уже в конце 1655 года шведская армия захватила Познань, Краков, Варшаву и другие города южного соседа. Эта ситуация в корне изменила ход дальнейших событий. Не желая укрепления позиций Швеции в стратегически важном балтийском регионе, под давлением главы Посольского приказа Афанасия Ордина-Нащокина Алексей Михайлович объявил войну Стокгольму, и в мае 1656 года русская армия спешно двинулась в Прибалтику. Хотя, по информации историков (Геннадий Санин), против этой войны выступали и Патриарх Никон, и Василий Бутурлин, и Григорий Ромодановский, и другие члены Боярской думы.
Начало новой шведской кампании оказалось весьма успешным для русской армии, и буквально за один месяц она овладела Динабургом и Мариенбургом и начала осаду Риги. Однако в нач. октября, получив известие о том, что Карл X готовит поход в Ливонию, осаду Риги пришлось снять и отойти к Полоцку. В этой ситуации в октябре 1656 года Москва и Варшава подписали Виленское перемирие и начали совместные боевые действия против шведской армии, которая на тот период взяла под контроль значительную часть польской территории.
Это обстоятельство очень напугало Богдана Хмельницкого, и в феврале 1657 года он заключил военный союз со шведским королём Карлом X, послав на помощь своим новым союзникам 12 тыс. запорожских казаков. Узнав об этом, поляки тут же известили о сём факте Москву, откуда к Богдану Хмельницкому была якобы направлена посольская миссия во главе с боярином Богданом Хитрово, заставшая запорожского гетмана уже тяжелобольным. Пытаясь оправдаться перед царским послом, он поведал тому, что в феврале 1657 года в Чигирин приезжал королевский посланник полковник Станислав Беневский, предложивший ему перейти на сторону короля, поэтому «вследствие таких хитростей и неправд пустили мы против ляхов часть Войска Запорожского». В силу этих явно надуманных причин сам Богдан Хмельницкий отказался отзывать своих казаков с польского фронта, правда, сами запорожцы, узнав, что их поход не согласован с Москвой, вернулись самочинным путём и заявили своему старшине: «Как де вам было от ляхов тесно, в те поры вы приклонились к государю, а как де за государевою обороною увидели себе простор и многое владенье и обогатились, так де хотите самовласными панами быть».