«Я остался один, – вспоминал позднее М. А. Рютин. – Так как у меня не было никаких документов, ибо мы на этот счёт были тогда весьма беззаботны, то мне пришлось одному около полутора месяцев скитаться по Забайкальской тайге [и] только благодаря тамошним железнодорожным рабочим разъезда Мандриха я благополучно пережил это тяжёлое время. Затем мне тайгой удалось около сотни вёрст пробраться до станции Танхо. А оттуда я при помощи одного рабочего сел в поезд и, по счастливой случайности, хорошо доехал до Иркутска». [9, c. 60–61].
Однако в Иркутске связи с городским подпольем установить не удалось и, приобретя с помощью своего знакомого лодку, Рютин отправился вниз по Ангаре в те места, где раньше учительствовал. Плыть приходилось ночью, а днем укрываться в прибрежной тайге. Прибыв в село Шивера, он сутки пробыл в нём, а затем из-за угрозы ареста пришлось отправиться в лес [9, с. 61].
В тайге Рютин сумел выйти на нескольких таких же как он сторонников Советской власти, скрывавшихся от белых. Первой задачей у них было пережить в тайге суровую сибирскую зиму. Они создали «лесную коммуну»: построили землянку и стали готовиться к борьбе. «Положение было чрезвычайно тяжёлое, для работы среди крестьян на первых порах почвы ещё никакой не было. В Иркутск мне ехать было нельзя, так как меня там знал чуть ли не каждый обыватель. Я бы там, несомненно, сразу провалился. Оставалось одно: первые месяцы вариться в собственном соку» [9, с. 61].
Характеризуя политическую ситуацию в Иркутской губернии применительно к осени 1918 – весне 1919 гг., контрразведка докладывала:
«Тот разгром, который потерпел большевизм при занятии [Иркутского военного] округа в 1918 г. в июне месяце, заставил деятелей, которые работали в 1917–1918 гг., сойти со сцены: часть из них погибла (как, напр., Посталовский, Сташевский, Аугул, Лобзин), власть арестована (Луцкий, Гаврилов, Таубе, Шумяцкий, Рябиков), часть бежала на восток или в Монголию и вообще скрылась (Лазо, Постышев, Пережогин, Трилиссер, Клейман, Шевцов, Парняков, Трифонов, Кларк, Зотов и Янсон), но так или иначе они, как политические деятели, все сошли со сцены, и пока только есть сведения, что Рютин стоит во главе банды, оперирующей севернее Иркутска» [4, с. 55].
В начале 1919 г. Рютину наконец удалось связаться с руководством Иркутского большевистского подполья и предложить себя для партийной работы в городе, но Иркутский подпольный комитет РКП(б) отклонил данное предложение, мотивируя это тем, что хорошо известный в Иркутске Рютин мог привлечь к подполью дополнительное внимание. Было рекомендовано пока вести работу в сельской местности и ждать [9, с. 61].
Позиция крестьянства Сибири в это время стала постепенно меняться от дружественного нейтралитета по отношению к Советской власти к готовности выступить за ее восстановление с оружием в руках. К лету 1919 г. колчаковская диктатура умудрилась своими действиями восстановить против себя большую часть сибирского крестьянства. Всю весну и начало лета 1919 г. таёжные подпольщики группы Рютина продолжали жить в тайге и вели в окрестных деревнях антиколчаковскую агитацию. К этому времени колчаковским властям через свою агентуру было уже хорошо известно о таежных подпольщиках и о том, что ими руководит Рютин. «За это время [весна 1919 г. – А. Ш.] меня пытались поймать два белогвардейских отряда: один из них казачий, но это им не удалось. Пришлось им ограничится тем, что они в нескольких деревнях выпороли по нескольку крестьян, и этим ещё более озлобили против колчаковщины крестьянство». [9, с. 61].
В июне 1919 г. Иркутский комитет РКП(б) нашел Рютину применение: через связного ему было передано предложение перебраться в Новониколаевск и связаться там с подпольем. Связной также передал Рютину удостоверение, 400 рублей и пароль для связи с подпольщиками в Новониколаевске [9, с. 61–62].
На подготовку и переезд ушло около двух месяцев, что по тем временам и в той обстановке неудивительно. И в очередной раз беда прошла совсем рядом с Рютиным: прибыв в Новониколаевск под видом простого крестьянина и с соответствующими документами на имя Никифорова, он попытался выйти на связь в начале сентября, а буквально накануне конспиративная квартира, куда он явился, была провалена и, более того, находилась под наблюдением. И снова буквально чудом Рютин избежал ареста. «Только благодаря тому, что я не растерялся, мне удалось ускользнуть из квартиры и удрать, – вспоминал он. – Так как других никаких связей в Новониколаевске у меня не было, мне пришлось дать дерака в ближайшую деревню». Нанявшись батраком и проработав в этой деревне две недели, Рютин вернулся в Новониколаевск и поступил плотником на строительство мыловаренного завода. Работая там, он начала искать и устанавливать связи с подпольем и вести пропаганду в среде солдат колчаковских частей. Подпольная работа продолжалась до 14 декабря 1919 г., когда в Новониколаевск вошли части Красной армии [9, с. 62].