Между тем в начале мая 1962 года в Москву был вызван советник советского посольства в Гаване, а на самом деле кадровый чекист и резидент советской разведки Александр Иванович Алексеев, который был сразу принят самим Н.С.Хрущёвым, от которого он узнал о своем назначении новым советским послом на Кубу. Дело в том, что первый советский посол С.М.Кудрявцев, в отличие от А.И.Алексеева, так и не смог установить доверительных личных отношений с кубинским руководством, что, по мнению Москвы, было очень большим минусом в деле реализации задуманного плана. Именно поэтому, напутствуя нового посла, Н.С.Хрущёв дословно заявил ему следующее: «ваше назначение связано с тем, что мы приняли решение разместить на Кубе ракеты с ядерными боеголовками», так как «только это может оградить Кубу от прямого американского вторжения». [13] Через пару дней он вновь был вызван в Кремль, где прошла ещё одна конфиденциальная встреча, но теперь уже с участием Н.С.Хрущёва, А.И.Микояна, Ф.Р.Козлова, Ш.Р.Рашидова, А.А.Громыко, Р.Я.Малиновского и С.С.Бирюзова. В ходе этого приватного разговора были согласованы все детали и, вопреки устоявшемуся мнению о некой «фронде» А.И.Микояна, никто реально не высказался против установки ракет с ядерными боеголовками. Правда, А.А.Громыко и А.И.Алексеев все же высказали робкие сомнения относительно того, что их удастся разместить скрытно, но на этот довод уже никто внимания не обратил. Лишь после этого решения Н.С.Хрущёв по приглашению Первого секретаря ЦК Компартии Болгарии Тодора Живкова и вылетел с официальным визитом в Софию.
Судя по документам, окончательное решение по Кубе было принято 24 мая 1962 года на совместном заседании Президиума ЦК и Совета Обороны СССР. [14] А уже 28 мая для согласования всех вопросов с кубинским руководством в Гавану вылетела советская партийно-правительственная делегация в составе кандидата в члены Президиума ЦК, Первого секретаря ЦК КП Узбекистана Шарафа Рашидовича Рашидова, назначенного для конспирации главой этой делегации, заместителя министра обороны и главкома РВСН маршала Сергея Семёновича Бирюзова, заместителя начальника Главного штаба ВВС генерал-лейтенанта С.Ф.Ушакова и сотрудника Главного Оперативного управления Генштаба генерал-майора П.А.Агеева, которые также для сокрытия истинных целей визита, летели под вымышленными фамилиями. Вместе с ними на Кубу вылетели и новый советский посол А.И.Алекеев. Несмотря на изначальный скепсис по поводу позиции кубинского руководства, которое вначале было явно озадачено советским предложением, после многочасовой личной встречи с Фиделем и Раулем Кастро, а затем и с Че Геварой и детальных разъяснений со стороны Ш.Р.Рашидова было получено их полное согласие на размещение советских ракет и принято решение, что для уточнения конкретных деталей предстоящей операции в Москву вылетит Рауль Кастро.
Во время этого визита, прошедшего в начале июля 1962 года, и ряда встреч с Н.С.Хрущёвым и Р.Я.Малиновским был согласован текст секретного договора о размещении советских Вооруженных Сил на территории Республики Куба. Сам Р.Кастро предлагал придать ему гласный и официальный характер, но Москва не пошла на этот шаг. И в результате, парафировав этот договор, он повез его в Гавану для согласования со старшим братом и другими членами высшего кубинского руководства. И только после этого, уже в конце августа 1962 года в Крымскую резиденцию Н.С.Хрущева прибыла новая делегация кубинцев во главе с Э. Че Геварой, которая привезла ему отредактированный текст этого договора. Однако он так и не был подписан, так как Н.С.Хрущёв почему-то побоялся дать козыри в руки противников Дж. Кеннеди на выборах в Конгресс США, и это дело ограничилось только публикацией совместного Коммюнике, а вся дальнейшая работа уже шла исключительно на базе устных договоренностей между Москвой и Гаваной. [15]