Заключенные содержались в маленьких, холодных и грязных камерах с единственным густо зарешеченным окном [4]. Им предписывался строгий, хотя и не бесчеловечный, режим дня. После подъема в 7 часов утра каждый из них получал кипяток, маленькую порцию сахара и четверть фунта хлеба. В полдень им опять выдавали кипяток, а также немного капусты и по кусочку мяса, в 4 часа пополудни они получали чай, а в 7 часов вечера — еще одну порцию кипятка вместо ужина. С 8 до 10 часов вечера заключенным позволялось встретиться друг с другом и перекинуться словом-другим. В камерах была электропроводка, однако напряжение в ней поддерживалось лишь около одного часа в сутки. Заключенным разрешалось вести ежедневный почтовый обмен с внешним миром, а раз в неделю к ним допускались посетители. Нина Александровна регулярно навещала Петра Пальчинского и уносила с собой рукописи статей, которые он продолжал писать в тюрьме. Одна из этих статей, посвященная восстановлению экономической жизни в России, была в самом деле опубликована, правда с изъятием слов Пальчинского о «взгляде из окна его тюремной камеры» [5].
Пальчинскому и его товарищам по заключению разрешалось посещать службу в соборе на территории крепости, который был известен по всей стране как место захоронения российских царей. Иные из заключенных не отличались религиозностью, но посещение собора, где можно было постоять среди гробниц самых знаменитых людей в российской истории, было событием, которого каждый из них всякий раз с нетерпением ожидал.
Некоторые из них хорошо знали историю России и посвящали своих товарищей в зачастую низменные и кровавые подробности биографий прежних правителей их страны.
В начале своего пребывания в Петропавловской крепости Пальчинский находился в весьма хорошем расположении духа. Как и многим его товарищам по заключению, ему и прежде случалось близко познакомиться с интерьером тюремных камер, и он был уверен, что они останутся в живых. Он был избран старостой группы заключенных, содержавшихся в ближайших друг к другу камерах (ими были Кишкин, Терещенко, Рутенберг, Авксентьев, Сорокин и Шмелев)., «Будь спокойна и не волнуйся, — писал он Нине Александровне 28 октября 1917 года. — Как знаешь, у меня всегда чем хуже, тем я веселее и спокойнее… [П]пожалуйста никаких личных хлопот по моему адресу» [6]. Двумя днями позже он замечал: «…после собачьей жизни последних 8 месяцев я отдыхаю и даже доволен, что никого нет около». В письме он дал рисунок своего жилища-камеры № 43 в Алексеевском равелине, отдельно стоящем крепостном сооружении с двумя выступающими из бастиона каменными набережными. Еще десятью днями позже он писал жене, что тюремщики разрешают им читать кое-какие газеты, преимущественно большевистскую «Правду». Прекрасно зная о том, что его письма просматриваются цензорами, он, тем не менее, охарактеризовал «Правду» как «полную лжи» и пошутил по поводу «грязных рук», через которые проходят его письма, прежде чем попасть к жене [7].
Вскоре положение заключенных стало ухудшаться. Комендант тюрьмы Павлов сообщил им, что воинственно настроенные солдаты и матросы угрожают ворваться в крепость и убить «вождей старого режима», якобы удобно устроившихся за ее стенами. И действительно, двое товарищей Пальчинского по заключению (Кокошкин и Шингарев), переведенные для лечения от туберкулеза более доступный для воинственных революционеров тюремный госпиталь, были вскоре убиты в результате налета последних. После известия об этом ужасном событии настроение заключенных резко упало.