Однажды, рассматривая очередную почту, Гейзенберг увидел на своем столе не что иное, как советско-американский патент на "способ возбуждения и проведения ядерных процессов". Неужели долгожданная находка? Гейзенберг в нетерпении раскрыл наугад патентную заявку, и глаза сразу выхватили из текста привычные слова "тяжелая вода", "радий", "излучения"... Однако подробное ознакомление с патентом показало, что его авторы Арно Браш (Нью-Йорк, США) и Фриц Ланге (Харьков, СССР) рассматривают не процесс разделения тяжелых ядер, которым занимался Гейзенберг, а противоположный процесс - слияния легких ядер. По мысли авторов, эти процессы также должны привести к выделению большого количества энергии, но это лежало далеко в стороне от сегодняшних интересов Гейзенберга, и он с сожалением отложил патент в сторону.
В ноябре 1944 г. начальник планового управления имперского исследовательского совета Озенберг прислал Гейзенбергу на отзыв докладную записку Ф. Хильдебранда с грифом "Совершенно секретный документ командования" относительно способа, названного им "Хадубрандт", что можно перевести как "Адский пожар". Это была старая идея использования излучений для инициирования взрыва боеприпасов противника на большом расстоянии. По мнению автора, способ "Хадубрандт" должен был позволить, например, взрывать боеприпасы на подлетающих самолетах, находящихся за 20 км от цели. Невозможность технического решения этой проблемы была установлена давно, однако сейчас ее поддерживал видный чин из СС, и Гейзенбергу пришлось потратить немало времени на составление вежливого, но все же отрицательного отзыва.
Заботы Гейзенберга об информации касались не только использования зарубежных источников. Информированность разработчиков внутри Уранового проекта была из рук вон плохой: отчеты о научно-исследовательских работах могли пересылаться только через Управление армейского вооружения, публикации результатов исследований запрещались, совещания и конференции проводились крайне редко, что приводило к искусственной разобщенности ученых. Обстановка взаимного недоверия, слежка и подозрительность доводили режим секретности до абсурда, когда он превращался из необходимой защитной меры, укрепляющей государство, в свою противоположность. Геринг, например, в 1943 г. запретил разработку радиолокационной системы потому, что это "могло натолкнуть противника на создание контрсистемы". В Урановом проекте был допущен не менее крупный промах в отношении использования французского циклотрона. Как известно, при оккупации Франции немцы получили в свое распоряжение почти готовый к пуску циклотрон в Париже, в лаборатории Фредерика Жолио. Вполне резонно было предположить, что этот циклотрон будет применен для важнейших ядерных исследований, тем более что в это время Вайцзеккер уже подошел к открытию плутония. Немецкие ученые участвовали в наладке, пуске и эксплуатации циклотрона, но не проводили на нем секретных исследований по программе Уранового проекта. Гейзенберг, обосновывая в июне 1942 г. перед Шпеером необходимость форсирования сооружения циклотрона в Германии, заявил, что парижский циклотрон не используется надлежащим образом из-за необходимости соблюдения секретности. Шпеер, судя по его реакции, считал эти доводы правильными .
А что же циклотроны, которые строились в Германии? В мае 1944 г. состоялся пробный пуск циклотрона в институте профессора Боте. В числе почетных гостей были А. Шпеер и А. Фёглер. Но пуско-наладочный период слишком затянулся. Затем циклотрон был поврежден при одной из бомбардировок. Еще хуже обстояло дело с лейпцигским циклотроном. Он был уже полностью готов, когда 20 февраля 1944 г. в здание института на Линнештрассе попала фугасная бомба. Гофман стал искать новое место для установки циклотрона и вскоре нашел полностью защищенную от бомбежек заброшенную горную выработку в 30 км от Лейпцига, в местечке Клостер-Хольц. Потребовались огромные усилия для того, чтобы составить и утвердить новую смету на приспособление старых шахт и монтаж циклотрона (более 1 млн. марок). Благодаря вмешательству Фёглера и Шпеера работы начались, но фронт неумолимо приближался к Лейпцигу. О монтаже циклотрона не могло быть и речи, а Гофман, как писали в июле Фёглеру, тяжело заболел: его нервы не выдержали, и он потерял рассудок.
Эвакуацию своих промышленных предприятий и институтов нацисты стыдливо называли "перемещением". Подготовка к эвакуации началась в первой половине 1943 г. и сначала преследовала цель рассредоточить объекты для меньшей их уязвимости с воздуха. Эвакуацией ведало министерство Шпеера. Война в это время шла еще на территории Советского Союза, и в ответ на директиву выбрать место для эвакуации профессор Боте, например, называл Вену. Это означало, что он со своим институтом физики должен был выехать из Гейдельберга на юго-западе Германии далеко на восток. Однако война все больше приближалась к границам Германии, и вскоре "перемещение" приняло ярко выраженный характер движения с севера и востока на юго-запад, в горы, навстречу войскам западных держав. К концу 1944 г. эвакуация потеряла всякую планомерность и превратилась в простое бегство.
Трудно себе представить, но нацисты одновременно с эвакуацией задумали провести реорганизацию всей системы военных исследований. Гитлер еще в середине 1940 г. специальным правительственным распоряжением запретил проведение исследований, которые не могли дать положительного результата в ближайшее время. К 1944 г. ошибочность этой концепции стала настолько очевидной, что даже в официальных документах писалось о "несвоевременном признании высокого значения фундаментальных исследований" и "горьком уроке рокового ошибочного решения 1940 г." Принципиальное пренебрежение фундаментальными исследованиями усугублялось отсутствием единого руководящего центра, который координировал бы военные исследования в масштабах страны. Основные текущие военные разработки проводились в собственных исследовательских организациях армии, авиации и флота, но значительная часть исследований велась в институтах Общества кайзера Вильгельма, университетах, высших технических школах, лабораториях промышленных фирм и других невоенных организациях. Тематику исследований и объем ассигнований определяли действовавшие подчас без должного контакта друг с другом имперское министерство науки, воспитания и народного образования, Общество кайзера Вильгельма, Главное управление четырехлетнего плана, Управление армейского вооружения, Управление вооружения авиации, Управление вооружения флота, промышленные фирмы.
В 1942 г. для централизованного руководства всеми научными исследованиями был создан имперский исследовательский совет под председательством рейхсмаршала Г. Геринга, но должные организационные мероприятия проведены не были и намеченная цель не была достигнута.
Прогрессирующее отставание немецкой военной техники заставило гитлеровское руководство в середине 1944 г. вновь вернуться к проблеме организации военных исследований. После долгой подготовки, в развитие приказа Гитлера от 19 июня 1944 г. о концентрации производства вооружений, Геринг 24 августа 1944 г. издал приказ о проведении самой крупной реорганизации системы военных научных исследований: отныне все без исключения военные исследования в Германии должны были проводиться под руководством единого центрального органа - Объединения военных исследований.
Объединению предполагалось передать научное руководство исследовательскими организациями вооруженных сил, министерства науки, воспитания и народного образования, Общества кайзера Вильгельма, университетов, промышленных фирм, которые вели или могли вести военные исследования. Объединение должно было рассматривать планы военных исследовательских работ, выделять важнейшие темы, прекращать бесперспективные исследования. Высшим органом Объединения военных исследований был руководящий научный штаб под председательством Геринга, в который должны были входить крупнейшие ученые в качестве руководителей специальных отделов, ответственных за отдельные направления науки и техники.