Православие явилось в этот край отнюдь не как торжествующая миссионерская религия завоевателей, а смиренно, лишь для скромного пастырского окормления крестьян-переселенцев из густонаселенных областей России. К этим бедствующим скитальцам мусульмане отнеслись с высоким милосердием. Иеромонах Харитон, очевидец того времени, свидетельствует: «Местные жители сочувствуют бедным переселенцам, без того многие поумирали бы с голоду и нужды».
Русские крестьяне и в далеком краю помнили о родной православной вере. Как только они обживались на новом месте, первой их заботой становилось создание храма. И в этом им помогала щедрая рука мусульман. Три сельских храма в Туркестане были полностью построены на средства мусульманских благотворителей. Деньги на строительство сохранившегося поныне и ставшего монастырским Свято-Георгиевского храма в Чирчике пожертвовал местный мулла. В списке главных вкладчиков строительства самаркандского Свято-Алексиевского собора указаны «купцы из мусульман Алимбековы».
Храмы Центральной Азии отличались особой красотой лепных украшений, использованием убранстве традиционной для местных народов резьбы по ганчу (алебастру) и карагачу; храмовые здания и ограды украшались восточными мозаиками. При этом мусульмане считали для себя почетным участие в создании православных храмов. Узбекскими мастерами-ганчкорами были созданы резные иконостасы и киоты для Иосифо-Георгиевского собора в Ташкенте, соборов Коканда, Андижана, Намангана, Ферганы. Эти произведения искусства были уникальны: нигде более в мире не было резьбы по алебастру в христианских храмах. Прекрасный Казанский собор в Коканде можно считать совместным творением славянского и тюркского искусства. Этот храм, в облике которого традиции русского зодчества XVII века сочетались с множеством украшений в восточном стиле, под руководством архитектора О. Васильева создавали узбекские мастера. За участие в создании Казанского собора кокандский мастер Усто Хуснитдин был награжден медалью святого Станислава. (Увы, и Кокандский собор, и все великолепные храмы Ферганской долины были уничтожены большевистскими варварами.)
Вместе мусульмане и христиане осуществляли дела благотворительности, создавали приюты для детей-сирот. Помимо средств православных братств, большую роль в этом сыграла помощь, которую оказал эмир Сайд Алимхан, приславший десять тысяч червонцев «на доброе дело». В приютах вместе воспитывались сироты разных национальностей: закон Божий детям мусульман преподавал мулла, а русским — православный священник.
Миссионерской деятельности в Туркестане практически не велось. Епископ Димитрий (князь Абашидзе), возглавлявший епархию в начале XX столетия, приводит своеобразную статистику. За весь [длившейся более полувека) имперский период приняли христианство: 8 каракиргизов, 2 туркмена, 3 сарта (узбека), 1 перс (вероятно, таджик]. В то же время 10 русских в Туркестане перешли в мусульманство, среди них оказался даже священник по фамилии Громов. Очевидно, перемена веры была сделана этими немногими людьми из внутренних побуждений, нисколько не затрагивая отношений Православия и Ислама. Робкая попытка епископа Григория (Полетаева) организовать миссию среди имевшихся в Киргизстане язычников была пресечена указом генерал-губернатора Вревского о «передаче религиозных дел каракиргизов в ведение сартского (то есть узбекского) мусульманского духовенства». И это далеко не единичный случай того, как русские чиновники в Туркестане в подобных ситуациях отдавали предпочтение Исламу. Православные ревнители могут как угодно оценивать подобные факты, но несомненно такая позиция имперской власти способствовала и межрелигиозному, и межнациональному согласию в крае.
Утвердившееся уже в XIX веке содружество православных и мусульман в Центральной Азии только крепло. Но ничто так не сближает людей, как совместно перенесенные страдания.
Большевики-богоборцы с одинаковой яростью обрушили репрессии на Православие и Ислам. В этом краю одни и те же кощунники взрывали храмы и жгли мечети. Одни и те же чекисты арестовывали муллу и священника. Одни и те же воинствующие безбожники врывались в дома православных, срывали со стен и рубили топорами иконы, а в дни поста Рамадан вламывались в дома мусульман и насильственно запихивали им в рот пищу, заставляя нарушить пост. Перед лицом свирепых гонителей мусульмане и православные проникались взаимным сочувствием, стремились помочь друг другу.
Если Сибирь времен большевистских репрессий называют «землей мучеников», то Центральная Азия должна быть названа «землей исповедников», ведь сюда ссылали твердое в вере духовенство и монашествующих. Здесь в разных городах и селениях претерпевали ссылку 17 архиереев Русской Православной Церкви. В одном только Ташкенте за Боткинским кладбищем располагался целый городок православных ссыльных, который местные жители называли «Шанхаем». Там в сараях, шалашах и землянках жили более трех тысяч священников и монашествующих. По свидетельству очевидцев, в этот «Шанхай» каждый день приходила группа мусульман-узбеков, раздававших пищу и одежду, а ведь за помощь ссыльным их самих могли репрессировать. Известны случаи, когда мусульмане укрывали православных от гонений, рискуя собственными жизнями. Так, последней настоятельнице Ташкентской Свято-Никольской обители игумении Лидии (Нагорновой), которой уже был подписан «расстрельный приговор», помог бежать от ареста мусульманин по имени Джура.