Через всю трилогию проходит тема борьбы самодержавия с боярством. Боярство показано в трилогии с его своекорыстными интересами и интригами, но именно среди боярства поэт все же находит мужественных, сохранивших чувство чести людей. Столкновение этих двух социальных сил показано с исключительной напряженностью и яркостью. Читатель и зритель воспринимают его независимо от симпатий и антипатий автора. В 1890 году, перечитав трилогию, В. Г. Короленко записал в дневник, что, «несмотря на очень заметную ноту удельно-боярского романтизма и отчасти и прямой идеализации боярщины», она произвела на него «очень сильное и яркое впечатление». И это вполне естественно. Обобщающая сила образов Толстого выводит их за пределы той исторической концепции писателя, к которой они генетически восходят. В частности, обобщающий смысл образа Ивана Грозного, воплощающего в себе идею неограниченной самодержавной власти, неограниченного произвола, подчеркнут и самим Толстым в его «Проекте постановки» первой трагедии.
Лучшие представители боярства, которым Толстой явно симпатизирует, оказываются людьми, непригодными для государственной деятельности, социальные идеалы которых обречены историей. Это отчетливо ощущается в пьесах. Об этом говорится и в «Проекте постановки» «Царя Федора Иоанновича». «Такие люди, — подытоживает Толстой характеристику И. П. Шуйского, — могут приобрести восторженную любовь своих сограждан, но они не созданы осуществлять перевороты в истории. На это нужны не Шуйские, а Годуновы». Не Шуйские, потому что Шуйский — воплощение прямоты, честности и благородства; ему претят всякие кривые пути, всякий обман и коварство, какой бы политической целью они ни оправдывались. Образы Шуйского и Федора особенно убедительно показывают, что моральные проблемы оттесняют в трилогии проблемы социально-исторические. Толстой понимал, что победа новых исторических сил неизбежна, но хотел бы, чтобы при этом не утрачивались бесспорные общечеловеческие ценности.
Для выяснения задач исторической драмы в понимании Толстого необходимо иметь в виду противопоставление человеческой и исторической правды. «Поэт… имеет только одну обязанность, — писал он в „Проекте постановки“ „Смерти Иоанна Грозного“, — быть верным самому себе и создавать характеры так, чтобы они сами себе не противоречили; человеческая правда — вот его закон; исторической правдой он не связан. Укладывается она в его драму — тем лучше; не укладывается — он обходится и без нее». Задача воссоздания исторической действительности и подлинных исторических образов не являлись для него решающими.
В подтверждение своих мыслей Толстой, по свидетельству современника, цитировал строки из «Смерти Валленштейна» Шиллера. И это понятно. В трагедиях Толстого, так же как и в трилогии Шиллера, историко-политическая тема разрешается в индивидуально-психологической плоскости. Отчасти поэтому народные массы как основная движущая сила истории не играют существенной роли в трилогии Толстого, не определяют развития действия, как в «Борисе Годунове» Пушкина или исторических хрониках Островского, хотя некоторые массовые сцены и отдельные фигуры (например, купец Курюков в «Царе Федоре Иоанновиче») очень удались Толстому. В последней, неоконченной драме «Посадник» народ должен был, вероятно, играть более активную роль, чем в трилогии.
Толстой отрицательно относился к жанру драматической хроники, которую считал бесполезным фотографированием истории. Его художнический интерес сосредоточивался не на последовательном, лишь с сравнительно небольшими анахронизмами, изображении исторических событий, как в хрониках Н. А. Чаева и в некоторых пьесах Островского, и не на бытовых картинах, как в «Каширской старине» Д. В. Аверкиева, а на психологическом портрете главных героев. Вокруг них, вокруг раскрытия их характеров, их душевного мира концентрируется все развитие действия.
Наиболее яркой из трех пьес, составивших трилогию, без сомнения, является вторая — «Царь Федор Иоаннович». Этим объясняется ее замечательная сценическая история, и в первую очередь длительная жизнь на сцене Московского Художественного театра, в истории которого «Царь Федор Иоаннович» занимает выдающееся место. Его построение писатель считал наиболее искусным и более всех других любил его главного героя (письмо к Маркевичу от 3 ноября 1869 г.). Оригинальная композиция пьесы привела к наиболее гармоническому сочетанию, по сравнению с двумя другими, психологического портрета героя с развитием сюжета.