С 1682 года Новодевичий монастырь становится резиденцией правительницы государства царевны Софьи. Восемь лет правления Софьи отмечены бурным строительством монастыря. 50 резчиков, 13 «становчни-ков», 16 «кормовых золотарей» и иконописец Дорофей Золотарев делают в Смоленском соборе новый иконостас - одно из самых замечательных произведений русского декоративного искусства XVII века.
В 1685 - 1687 годах Софьей возведена обширная, перекрытая единым коробовым сводом трапезная палата с Успенской церковью. Высокий подклет палат из белого камня предназначался для монастырских запасов, для варки пива, кваса и меда. Палату окружала открытая галерея - гульбище, на которую вела пологая лестница. По ней чинной чередой поднимались к трапезе одетые во все черное монахини.
Монастырские башни вместо двурогих зубцов приобретают затейливые завершения наподобие корон, а входы отмечаются надвратными церквами.
Особенно хорош главный парадный вход на северной стороне монастыря с надвратной Преображенской церковью. Стройная, разукрашенная кирпичная церковь словно вырастает из приземистых арок трех-пролетных ворот. Три яруса окон с кружевными наличниками из белого камня неожиданно завершаются белокаменными раковинами, над которыми взлетают ввысь пять замысловатых золотых куполов на тонких граненых барабанах. Рядом с Преображенской церковью протянулись двухэтажные палаты, имевшие некогда окна с затейливыми свинцовыми переплетами на втором этаже. Здесь были палаты царевны Екатерины, сестры Софьи. Наконец, над южным входом строится надвратная Покровская церковь с тремя главами.
В 1689 году Новодевичий монастырь становится свидетелем еще одной драмы.
«Настало время, - писал молодой Петр своему брату болезненному царю Ивану, - нашим обоим особам богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорно лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особями в титлах и в расправе дел быти не позволяем». Властная Софья, понимая, что приходит конец ее опеке над братьями, пыталась свергнуть их с престола, но переворот не удался, и Петр заточил сестру в Новодевичий монастырь.
Софья не считала заточение своим окончательным поражением, она по-прежнему надеялась править отсюда страной. В первый же год ее пребывания в монастыре над стенами, башнями и куполами вознеслась изумляющая своей стройностью колокольня. Обычно колокольни ставились на запад от церкви, а Новодевичья расположена к востоку от Смоленского собора вблизи стены, обращенной в сторону города. Этим монастырь словно напоминал москвичам о царевне, заточенной в его стенах.
Колокольня как бы составлена из восьмигранников, вырастающих один из другого. Нижний украшен открытыми арками, второй - двумя рядами окон с наличниками, похожими на окна других зданий монастыря, третий имеет зубчатые арки с белокаменными кокошниками, четвертый - кольца круглых окон, пятый - вытянутые арки о двух ярусах и фронтоны, наподобие петушьих гребешков. Тонкая и изящная башня казалась юной невестой рядом с былинным богатырем - Смоленским собором.
Софья выжидала время, надеясь на стрелецкие полки. У стрельцов также была единственная надежда на Софью: они были лишены всех былых привилегий и отосланы в Азов. И вот, несмотря на охрану опальной правительницы, стрельцам удалось передать Софье челобитную, в которой они приглашали ее на царство: Петр находился за границей - время для переворота было удобное. Софья велела стрельцам идти в Москву и стать лагерем у Новодевичьего монастыря.
Новодевичий монастырь. Трапезная палата с Успенской церковью.
На подходе к Москве стрельцов встретил Преображенский полк с 25 орудиями. Силы оказались неравны, и после короткого боя стрельцы сдались. 130 человек было казнено, 1845 разосланы по тюрьмам. Получив известие о стрелецком бунте, Петр тотчас выехал в Россию и приказал вернуть в Москву разосланых по тюрьмам стрельцов. Австрийский посланник Корб, прибывший в Россию во время стрелецкого розыска, записал: «Мятежники упорно молчат, почему их подвергают неслыханным пыткам!»
Один из стрельцов под пыткой назвал имя Софьи. Началась новая расправа. Более полутора тысяч человек было повешено вдоль стен города, около двухсот вокруг Новодевичьего монастыря. Трое висели под окнами самой Софьи. По свидетельству того же Корба: «Тот из них, кто висел в середине, держал привязанную к мертвым рукам челобитную, конечно, для того, чтобы усугубить мучения Софьи».
Бывшая правительница по приказу царя была насильственно пострижена в монахини Новодевичьего монастыря под именем Сусанны. Ей была отведена стрелецкая караульня у Напрудной башни, где царевна денно и нощно находилась под охраной. В 1704 году она была похоронена в Смоленском соборе.
В 1727 году после смерти Петра получила разрешение перебраться из Суздаля в Новодевичий монастырь инокиня Елена. Когда-то ее звали Евдокией Лопухиной, потом царицей, женой Петра и матерью царевича Алексея. Евдокия умерла в 1731 году в палатах близ Преображенской церкви. Старинное двухэтажное здание, сохранившееся поныне, получило название «Лопухинские палаты».
В 1812 году при подходе французов икона Смоленской божьей матери была опять вынесена из стен монастыря. После военного Совета в Филях, когда решено было сдать Москву, вокруг Новодевичьего монастыря, который первым должен был стать жертвой врага, был устроен крестный ход со Смоленской иконой.
Новодевичий монастырь. Колокольня.
Второго сентября 1812 года монахини, услышав крик: «Француз идет по Можайке», бросились к надвратной Преображенской церкви. Отсюда была видна Дорогомиловская застава на Можайской дороге, по которой двигалось французское войско. 5 сентября французы приняли монастырь за укрепленную крепость и стали готовиться к штурму.
Перепуганным монахиням с трудом удалось объяснить, что за стенами монастыря нет ни одного солдата. По требованию французского полковника ворота были открыты, два офицера обследовали все здания, и один из них посоветовал спрятать ценности: «Французский солдата вора», - сказал он на ломаном русском языке. 25 сентября в Новодевичий приехал Наполеон. Восемнадцатилетняя послушница рассказывала впоследствии: «…Вижу в ворота въезжает на серой лошади военный, толстоватый, и важный такой из себя, в треугольной шляпе, уж мы после-то узнали, что это сам Бонапарт, а за ним целая свита, должно быть все генералы. И поехали они по всему монастырю, и кругом храмов объезжали. Несколько раз они останавливались, и он с ними что-то говорил, и поехали назад тем же порядком».
Наполеон объехал монастырь, чтобы распорядиться, каким образом сделать здесь продовольственную базу своей армии. Для этого он приказал взорвать церковь, стоявшую за оградой монастыря, полагая, что в случае атаки русских войск, они смогут установить здесь артиллерию.
Когда началось отступление, французы наметили много зданий, подлежащих уничтожению, в том числе и монастырь. Монахини видели, как французы роют траншеи и засыпают их порохом. «Уходите отсюда и молитесь за своих», - посоветовал им французский генерал. В ночь с 8 на 9 октября, когда войска покинули монастырь, женщины бросились к Смоленскому собору, под который было заложено 12 бочек пороха. Им удалось опередить огонь, потушить зажженные фитили и залить их.