Докладу была дана положительная оценка со стороны Н.И. Рыжкова. 7 января 1989 г. состоялась встреча Абалкина с Генеральным секретарем ЦК КПСС. Таким образом, был прерван период охлаждения отношений к институту и его директору со стороны высшего руководства страны, который продолжался после памятного выступления Л.И. Абалкина на партийной конференции. Выводы, сделанные в докладе, были приняты. Институт стал интеллектуальным центром и главной научной базой экономических реформ.
Вскоре Л.И. Абалкин был избран народным депутатом СССР. Затем был назначен заместителем Председателя Совета Министров СССР Н.И. Рыжкова. Абалкин возглавляет комиссию по экономической реформе, это был достаточно серьезный с его стороны шаг. В середине 1989 года экономическая ситуация в стране находилась еще под контролем, а рычаги управления не были выпущены из рук, хотя уже начали давать сбои. Тем не менее нарастал экономический кризис: темпы роста общественного производства стремительно снижались, приближаясь к нулевой отметке; дефицит бюджета мог обернуться беспрецедентной суммой, доходящей до ста двадцати миллиардов рублей; тяжелым грузом на самом бюджете лежали различного рода дотации. Контроль над ростом денежных доходов ослабляли начинавшие распространяться быстрыми темпами демократические лозунги и требования безграничной свободы хозяйственной деятельности.
В политической сфере происходили еще более сложные явления, которые затем стали просто катастрофическими для страны и привели к распаду СССР. Начались первые, печально известные, массовые забастовки в угольной промышленности, разрушение традиционных структур административной системы управления, которое существенно опережало формирование рыночных механизмов, нарастали центробежные силы сепаратизма в республиках Советского Союза. А избранные Советы не могли быть дееспособны. Кризис политической системы отразился на экономике страны в полной мере. Она становилась неуправляемой.
Необходимо было срочно предпринимать меры по стабилизации экономики. Именно под его авторством известна одна из программ перехода к рыночной экономике того времени. В результате реформы, основанной на административных методах управления экономикой, кризис продолжал усиливаться, увеличение налоговой нагрузки на заработную плату высокооплачиваемых работников способствовало усилению теневой экономики. У него был свой взгляд на неудачи в сфере экономической политики, по его мнению, массы не приемлют курса реформ, не подготовлены к работе в новых условиях. К 1990-му году ситуация могла стать критической. Первой задачей нового правительства, в составе которого Л.И. Абалкин стал курировать вопросы экономической реформы, была подготовка развернутой программы оздоровления экономики, решения социальных задач, связанных с разработкой предстоящего 13-го пятилетнего плана. Первоначально было решено произвести структурные передвижки в народном хозяйстве, в результате чего планировалось увеличить производство потребительских товаров при относительном замораживании выпуска средств производства, что соответствовало переориентации экономики на решение социальных задач, на насыщение потребительского рынка.
В отличие от командных планов семидесятых годов, данный план сводился не как сумма отраслевых разработок, а на основе определения важнейших макропропорций. Необходимо было ликвидировать дефицит государственного бюджета, уменьшив его вдвое, ограничить величину денежной эмиссии, обеспечить прирост розничного товарооборота. Одновременно необходимо было вытеснить из практики регулирования народного хозяйства старые, отжившие методы, когда все внимание концентрировалось не на экономических, а на чисто технических параметрах, на составлении сотен и тысяч балансовых расчетов, детальной росписи конкретных заданий, доводимых до каждого предприятия. Среди мер по стабилизации экономики также выдвинулась задача регулирования денежных доходов населения и достижения их соответствия с реальным предложением товаров и услуг. Этим требованиям соответствовало введение налога на прирост оплаты труда. Последовательное и жесткое применение этой налоговой системы позволило бы стабилизировать ситуацию не только в экономике, но и на потребительском рынке.
В это время закладывается необходимая юридическая база экономических изменений. Это были проекты законов о собственности, о земле, об аренде, о налогах, о переводе республик на принципы самофинансирования, а также законы, предусматривающие поправки к законам о предприятии и кооперации, все законопроекты представлялись в Верховный Совет. В подготовке всех документов Абалкин принимал непосредственное участие. В конечном итоге, экономический блок Л.И. Абалкина, занял демоцентристскую позицию, поскольку она сочетала признание необходимости сохранения и обновления централизованных методов регулирования экономики с широким развитием демократических начал в управлении производством и всеми сферами жизни общества.
Реформой необходимо было управлять, именно с этой целью была создана Государственная комиссия Совета Министров СССР по экономической реформе. Комиссия должна была разрабатывать научные основы и принципы управления экономикой в условиях радикальной реформы, осуществлять подготовку предложений по совершенствованию различных элементов хозяйственного механизма, организацию изучения зарубежного опыта. Она должна была также осуществлять координацию деятельности центральных экономических органов по подготовке методических и нормативных актов, необходимых для осуществления экономической реформы. В составе комиссии были достаточно квалифицированные и известные экономисты того времени, среди них академики А. Аганбегян и С. Шаталин, член-корреспондент АН СССР В. Мартынов, крупные специалисты по проблемам управления – профессора Р. Евстигнеев, Г. Егиазарян, Б. Мильнер. Целью функционирования комиссии была разработка концепции радикальной экономической реформы.
Концепция была разработана. Это был теоретический прорыв, поскольку в ней были заложены все основные идеи, подходы и принципы, которые в последующем легли в основу принимаемых законов и практических шагов правительства. Новая хозяйственная система стала включать в себя следующие элементы: многообразие форм собственности, их равноправие и соревнование; зарабатываемость доходов, их распределение в соответствии с вкладом в конечный результат; превращение рынка (в сочетании с государственным регулированием) в главный инструмент координации деятельности участников общественного производства; государственное регулирование экономики на основе гибкого экономического и социального планирования; обеспечение социальной защищенностиграждан, как важнейшая задача государства. Значительной работой стало проведение сравнительного анализа возможных вариантов или альтернатив перехода к рыночной экономике. Наиболее приемлемым вариантом в концепции был назван радикально-умеренный, именно такой вариант поддерживал Абалкин и его команда, которой за время работы удалось все-таки, создать правовой каркас реформы, принять ряд основополагающих законодательных актов – о собственности и земле, об аренде и акционерных обществах, о Госбанке СССР и банковской системе, о подоходном налоге и налоге на прибыль, о демонополизации экономики и ее разгосударствлении, о малых предприятиях и предпринимательской деятельности. Именно благодаря деятельности комиссии и самого Абалкина в стране реально начали развиваться процессы создания смешанной экономики, представленной предприятиями различных форм собственности, возникли первые акционерные общества, арендные предприятия и кооперативы, фермерские хозяйства. В это время создаются в огромном количестве коммерческие и кооперативные банки. Возникали товарные и фондовые биржи.