Ярко выраженной чертой творческого почерка аль-Фараби является методологизм. Все общефилософские проблемы он доводит в конечном счете до методологического уровня, до выяснения способов и форм постижения реальности. Выработанные им методологические установки находят применение при рассмотрении широкого круга тем: поэзии и искусства, физики и математики, астрономии и теории музыки, медицины и этики. С наибольшей силой эта черта мышления аль-Фараби проявляется в «Большой книге музыки». И в классификации наук он занят не просто систематизацией или каталогизацией, а методологической проблемой внутренней субординации научного знания и логикой процесса освоения его, вытекающей из архитектоники здания науки. К различию философии и религии в уровнях освоения мира, к оценке различных наук, в частности и в особенности астрологии, он подходит с методологической точки зрения.
Нельзя не считаться с элементами эзотеричности, зашифрованности в изложении мысли. Сам аль-Фараби об этом говорит неоднократно, считая, что истина во всей своей глубине вначале не всегда может быть понятна и поэтому ее следует оберегать от вульгаризации, опошления. Жесткие рамки дозволенного, определенные ортодоксией, должны быть приняты как «правила игры». Вынужденность говорить обиняком проявляется и в стилистике письма. Очень часто перечисляются различные мнения без оценки и без четкого, специально оговоренного отношения автора к ним. В логических трактатах аль-Фараби подчас задевает «острые углы», но якобы не касаясь их собственного смысла, а лишь рассматривая под сугубо профессионально-логическим углом зрения. Эта эзотеричность не доходит до мистицизма «посвященных», она прозрачна для тех, кто хотел понять ее, для его единомышленников-продолжателей, и вместе с тем она вполне оправданна и понятна в условиях господства ортодоксии, фанатизма, демагогии. Высокое покровительство могло обернуться опалой, жизнь при дворе — настоящей тюрьмой. Но в царстве разума в конечном счете нет ничего скрытого, все явлено и светло, и поэтому не следует слишком преувеличивать эзотеричность.
Философские воззрения аль-Фараби могут быть правильно поняты в их самобытности, если мы воспримем их как конкретно-историческую систему положений, связанную с определенной эпохой и отражающую ее. Совершенно ясно, что в эту эпоху не могла быть построена открыто материалистическая философская система. Игнорировать конкретный характер способа мышления эпохи, разделить весь мыслительный материал этой эпохи на «элементы науки» и на мистику, суеверие и хлам — такой подход к средневековью, в частности к тому периоду развития феодализма на Востоке, с которым связано имя аль-Фараби, был бы изменой принципу историзма. Ведь способ мышления каждой эпохи есть своеобразное целое, находящееся в процессе своей исторической эволюции.
Натяжкой является стремление изобразить аль-Фараби как более или менее последовательного материалиста. Он идеалист в своих исходных установках. Но в решении целого ряда вопросов у него явная материалистическая тенденция или колебания между идеализмом и материализмом. К тому же сама попытка теоретически осмыслить те или иные проблемы, которые вставали перед человеческой мыслью в связи с сознательным (не слепым, а критическим) отношением к догмам религии, подрывала корни фидеизма и обслуживающей ее теологии. Идеализм, который воскрешает, подновляет религию, исторически изжившую себя как форму общественного сознания, — это одно дело. И совершенно другое дело, когда речь идет об исторически неизбежных формах идеализма (с различной мерой соотношения собственно философского и религиозного содержания вплоть до сведения последнего к символически признаваемой абстрактной идее бога), через которые шел процесс теоретического преодоления религии.
Ортодоксы весьма остро чувствовали «еретичность» всякого свободного исследования, всякого философствования по отношению к предметам веры, они встретили в штыки философию аль-Фараби. Тем более что, по меткому выражению Ибн-Аби-Усайбиа, в философской системе аль-Фараби много тех «незаметных мест», смысл которых проясняется после смерти мыслителя и которые, по современной терминологии, представляют собой материалистические тенденции или колебания между идеализмом и материализмом. В целом ряде принципиальных вопросов аль-Фараби склоняется к позициям материалистическим или близким к материализму. Это касается признания вечности мира и настаивания на самостоятельности материи наряду с формой. В онтологическом и гносеологическом плане он часто склоняется к признанию первичности чувственно воспринимаемых единичных вещей перед универсалиями (идеями, общими понятиями). То, что говорил А. И. Герцен о противоположности эмпирии и идеализма и об их взаимодополнении, было метким фиксированием реальной ситуации, неоднократно повторявшейся в истории философии. Четко в истоках это видно у Аристотеля, который берет за основу то первые сущности — индивидуальные вещи, то вторичные сущности — форму, склоняясь к тезису, что в вещах важнее не отдельное, а общее, восходящее к идее Платона. С той же самой неспособностью справиться с диалектикой отдельного и общего мы встречаемся у аль-Фараби.