Теология в силу своей нетерпимости и ограниченности вредна для человеческого общежития. Ибн-Рушд в своем учении о двойственности истины опирался на аль-Фараби самым непосредственным образом, иногда чуть ли не дословно повторяя его высказывания. Философия и религия объявляются им «состоящими в родстве», но одновременно он дает понять, «что их родство — некровное, чисто номинальное; по существу же они чужды друг другу так же, как разум, опирающийся на достоверные посылки и строгое доказательство, и вера, основанная на мнении и вымышленных образах» (там же, 142).
Философия и откровение совпадают только по имени, поскольку считается, что как то, так и другое дает знание. Между тем подлинным знанием природы обладает только знаток физики.
Бесхитростно-наивная вера «простых людей» еще оправданна, говорит аль-Фараби, так как они не могут возвыситься до теоретического осознания себя в мире. А вот рафинированная религия, «теоретически» истолковывающая антропоморфизм, доводит все до нелепости, до абсурда. Мыслитель резко настроен против теоретизации «общепринятого мнения», против положений религии, в них видит он корень вражды между представителями различных религий, они порождают лицемерие.
В свете разграничения философии и религии явственно видна несостоятельность сближения аль-Фараби с платонизмом по вопросу о бессмертии индивидуальной души. Буржуазный востоковед М. Фахри, который производит такое сближение, не сводит концов с концами, усекая тексты и заявляя, несмотря на то что аль-Фараби приписывает бессмертие только разумной части души, что взгляд мыслителя «на индивидуальное бессмертие и на конечную судьбу души подобен взгляду Платона, хотя в корне расходится с исламской доктриной телесного воскресения и общим сохранением всех душ, невежественных и мудрых» (61, 147).
Наследие аль-Фараби (и Ибн-Сины, которого иногда связывают буквально как двойника со своим предшественником и делают это в известной мере обоснованно) послужило отправным пунктом и для аль-Газали, и для Маймонида, только в противоположных направлениях. Последний использует аль-Фараби и Ибн-Сину против догматиков, мутакаллимов. Аль-Газали же стремился извлечь уроки из развития науки и философии и обернуть их на пользу традиционалистов и суфиев. Неквалифицированный подход к критике науки и философии со стороны «невежественных друзей ислама» может, говорит аль-Газали, дать повод для издевок и насмешек в образованных кругах. Прошедший сам школу философского мышления и «искуса» и изменивший философии, аль-Газали здесь фиксировал реальную ситуацию (как бы он ни оправдывал в своей исповеди этот переход, объясняя его совпадением «внутреннего побуждения» с «внешним повелением»). «Болея» за ортодоксию, аль-Газали предлагает подорвать науку и философию «изнутри», «признав» их, но как низшую форму знания по сравнению с пророчеством, мистическим наитием. Аль-Газали здесь прямой предшественник Фомы Аквинского с его тезисом о подчинении разума вере. Аль-Фараби же с идеей неограниченных возможностей человеческого разума — предтеча вольнодумцев и атеистов средневековья и Нового времени.
Аль-Газали стремится отделить и науку от философии, считая, что только от философии идет неверие и безбожие. Надо разрушить идентификацию науки с ересью. Наука-де сама по себе, если ее не гиперболизировать, так сказать, правильно интерпретировать, то она не связана с ересью. Логическими доводами можно-де подкрепить ересь, но логика сама по себе нейтральна к науке и религии. Люди, занимающиеся математикой, часто становятся вероотступниками, но, говорит аль-Газали, не надо на этом основании отвергать математику: «Большое преступление перед религией совершают люди, решившие, что исламу можно помочь отрицанием математических наук!» (28, 225). Физику тоже можно «признать» при условии признания того, что природа, изучаемая специалистом-физиком, подчинена аллаху. И уже само собой разумеющимся считает аль-Газали, что естествоиспытатели, занимающиеся изучением строения животных, не могут не признавать наглядно видимой мудрости творца.