Другой вариант истории рождения не выходит за рамки традиционной концепции непорочного зачатия. Мать мудреца Висишта совершила поклонение Шива Линге в Керале. Шива в форме своего творящего символа осенил Висишту, и она зачала сына. По этому рассказу Шанкара действительно произошёл от божества. Символизм, косвенно выраженный в обеих легендах, очевиден, ибо в более раннем предании имя его отца было Шивагуру, что означает «учитель секты Шивы». Следовательно, Шанкара был олицетворением или воплощением эзотерической традиции, связанной с культом этого божества. Рассказывают, что Шанкара научился читать в двухлетнем возрасте, а к своему третьему дню рождения стал основательно изучать пураны. Он родился с сильно развитыми интуитивными способностями и даром внутреннего видения. Его мать посвятила себя и своё дитя служению богу и руководила сыном с благоговейной любовью. Шанкара платил ей такой же любовью и несколько чудес совершил только для неё.
Едва выйдя из младенческого возраста, Шанкара начал посещать ведическую школу и овладевать науками своего времени. Он стал саньясином, отказавшись от жизни главы семейства, и присоединился к гуру Говинде, Учителю, чьи учителя происходили от великих Вьяса. Слава молодого мистика росла, пока слухи о нём не достигли царя Кералы. Эта выдающаяся личность явилась со своей свитой, чтобы пригласить Шанкару к царскому двору. Царь тоже хотел иметь сына и верил, в то что Шанкара сможет открыть ему обряды, которые необходимо совершить, чтобы умилостивить божество. Наставления саньясина по этому поводу тайно передаются до сих пор.
Гороскоп Шанкары, указывая на возвышенную судьбу, в то же время предупреждал о ранней смерти. Когда один из риши сказал, что мальчик умрёт в возрасте тридцати двух лет, юноша решил посвятить себя целиком аскетической жизни. В течение некоторого времени он оставался в уединённом жилище Говинды, и Учитель приказал ему совершить паломничество в Бенарес. Именно во время этого путешествия его учеником стал Падмапада. На берегах Ганга Шанкара приказал Падмападе перейти через реку и вернуться к нему. Преданный ученик немедленно повиновался, и там, где его нога ступала на поверхность реки, появлялся поддерживающий его цветок лотоса. Имя Падмапада означает «ступающий по лотосам».
Путешествуя, Шанкара дискутировал и вёл беседы с известными учителями. Он всегда отвечал на труднейшие вопросы и опровергал ложные представления. Рассказывали, что сам Вьяса, желая проверить его учёность, принял облик аскета и испытал юного мудреца самыми абстрактными и трудными вопросами. И снова Шанкара одержал победу, потому что даже Риши было не под силу восторжествовать над его мудростью. Но если Вьяса не нашёл способа привести в замешательство молодого саньясина, то одолеть богиню Сарасвати было не так просто. Она вступила в борьбу под видом прекрасной жены прославленного учёного, с которым вёл спор Шанкара. Она испросила себе привилегию проверить мудрость Шанкары, а затем приступила к нему с вопросами на тему любви смертных. В первый и единственный раз саньясин не нашёл ответа; однако как мудрость может быть полной, если не разгадана одна из самых сокровенных и неизбежных тайн жизни?
Пытаясь справиться с непредвиденной ситуацией, Шанкара обратился к тайным наукам индийской философии. Он случайно наткнулся на тело недавно умершего царя Амараки и усилием воли заставил своё сознание войти в труп. Внешне казалось, что Амарака воскрес и вернулся в своё царство. С помощью этой уловки Шанкара получил возможность какое-то время жить жизнью главы семьи и познал на опыте все семейные взаимоотношения. В должное время царь Амарака снова погрузился в вечный сон, а Шанкара вернулся в своё тело, охранявшееся его учениками. Потом он отправился к Сарасвати и ответил на её вопрос.
Вскоре после этого он узнал с помощью йоги, что его мать скоро покинет этот мир. Он поспешил к ней и отдал ей всю свою любовь и понимание. Когда она умерла, он нарушил правила и обычаи индийского аскета, которому не положено иметь каких бы то ни было контактов с умершими. Шанкара кремировал тело своей матери, испустив из правой руки огромный язык пламени. Тех же, кто были готовы осудить его за нарушение передаваемых из поколения в поколение обычаев, это чудо заставило замолчать. Отдав последний долг матери, Шанкара продолжил путешествовать по земле и пришёл в конце концов в храм Шарада в Кашмире. Там жрецы не позволили ему войти и подвергли суровому экзамену. Но наконец, когда они уже были удовлетворены и он находился в святилище, богиня Сарасвати засвидетельствовала его святость и полноту мудрости. И тогда он взошёл на трон всезнания в сердце храма. Этот рассказ описывает одну из ступеней его посвящения.