Сын Лукаша Скарыны хацеў вучыцца далей. Ад бацькі і ад настаўнікаў ён ведаў, што на захадзе, у буйных еўрапейскіх гарадах, ёсць найвышэйшыя школы, якія называюцца універсітэтамі. Але прымаюць туды адно тых, хто валодае лацінскаю мовай. Гэтую мову тады трэба было ведаць кожнаму адукаванаму чалавеку. На ёй ішлі заняткі ва універсітэтах, на ёй гаварылі і пісалі свае кнігі вучоныя.
Францішак пачаў вучыць лацінскую мову ў полацкіх манахаў-бернардзінцаў. Ён ужо цвёрда наважыўся паступаць у Кракаўскі універсітэт.
Таленавіты юнак без цяжкасцяў стаў студэнтам. Ён, вядома, сумаваў па радзіме, але ў Кракаве вучылася шмат моладзі з Беларусі. Універсітэцкія дакументы расказваюць, што адначасова са Скарынам там займаліся Ян і Паўла з Горадні, Станіслаў з Клецка, Вінцэсь са Слуцка, Мікола з Ашмяны, Марка з Нямігі. З землякамі заўсёды можна было пагаварыць па-беларуску, памарыць пра тое, як яны вернуцца з Польшчы дадому і будуць дзяліцца з суайчыннікамі сваімі ведамі.
Францішак вывучаў арыфметыку, геаграфію, музыку. На лекцыях астраноміі студэнты спасцігалі таямніцы зорнага неба, а на занятках рыторыкі вучыліся майстэрству прыгожа гаварыць. Гэтыя навукі тады зваліся вольнымі мастацтвамі. Лекцыі студэнтам чыталі славутыя прафесары, а ва універсітэцкай бібліятэцы было шмат кніг знакамітых вучоных.
Студэнты жылі ўсе разам у інтэрнаце, які называўся бљрсай. Яны сябравалі паміж сабою, заўсёды дзяліліся і кнігамі, і ежай. Жыццё было небагатае, але вясёлае. Праўда, знаходзіліся ў бурсе і такія, што сачылі за таварышамі і бегалі даносіць на іх універсітэцкаму начальству. Яны дакладвалі, што нехта не пагаджаецца з прафесарам, а нехта парушае правіла і на занятках гаворыць з сябрамі не па-лацінску, а па-свойму. Даносчыкаў называлі люпусамі — ад лацінскага слова “люпус”, што значыць “воўк”.
Люпусаў, зразумела, не любілі і часам каралі. Аднаго з іх, напрыклад, пасадзілі ўначы ў мех і прысудзілі ўтапіць у рацэ. Гэта быў толькі жарт, і даносчыка кінулі ў звычайную лужыну. Але ён так напалохаўся, што, выбраўшыся з меха, падумаў, нібыта ўжо трапіў на той свет.
Пасля вольных мастацтваў Скарына вывучаў у Кракаве медычныя навукі. У тым часе адукаваных лекараў было яшчэ вельмі мала. Калі пачыналася чума, халера ці іншая пошасць, паміралі дзесяткі тысяч людзей.
Францішак хацеў лячыць чалавечыя душы мудрым кніжным словам, а чалавечыя целы — надзейнымі і добрымі лекамі. Ён вырашыў паехаць у італьянскі горад Падую. Там знаходзіўся універсітэт, вядомы сваімі вучонымі-медыкамі.
Увосень далёкага 1512 года ў адным з падуанскіх сабораў сабраліся самыя знакамітыя дактары медыцыны. Старшыня сходу паведаміў, што ў горад прыбыў надзвычай вучоны малады чалавек, які просіць дазволу здаць экзамен па медыцыне.
У Італіі амаль нічога не ведалі пра Беларусь. Яе лічылі нейкай амаль казачнай краінаю. У некаторых тагачасных кніжках цалкам сур’ёзна сцвярджалася, што па вуліцах беларускіх гарадоў гуляюць белыя мядзведзі, а людзі там маюць па адным воку пасярод ілба.
Як ні дзіўна, вачэй у сына купца Лукаша з Полацка было двое, а па-лацінску ён гаварыў не горш за прафесараў Падуанскага універсітэта.
Слугі прынеслі ў залу дзве вазы — чырвоную і зялёную, а таксама шары гэтых колераў. Вучоным трэба было галасаваць. Хто падаваў свой голас за тое, каб дазволіць Скарыну здаць экзамен на званне доктара медыцыны, павінен быў пакласці свой шар у чырвоную вазу, а хто супраць — у зялёную. Усе кінулі свае шары ў чырвоную вазу.
Праз колькі дзён Скарына бліскуча здаў экзамен і першы сярод усходніх славянаў стаў доктарам медычных, або, як тады казалі, лекарскіх, навук. У тым часе ён ужо быў і доктарам вольных мастацтваў.
Доктар медыцыны мог пайсці прыдворным лекарам да каго-небудзь з уладароў і жыць пад ягонай абаронаю заможна і шчасліва. Але думкі Скарыны былі пра іншае. Так, ён будзе змагацца з хваробамі, што нярэдка спусташаюць на Бацькаўшчыне вёскі і цэлыя гарады. Але яго найбольш непакоіла духоўнае здароўе народа. На ўсход ад Вялікага Княства Літоўскага мацнела ваяўнічая Маскоўская дзяржава, што прагнула захапіць беларускія землі. На захадзе была Польшча, якая таксама разлічвала пазбавіць нашых продкаў незалежнасці.
Скарына разумеў, што наперадзе ў Беларусі цяжкія выпрабаванні. Каб умацаваць дух народа і ягоную веру ў свае сілы, вучоны палачанін пастанавіў даць землякам шмат мудрых кніг на зразумелай кожнаму мове. У многіх еўрапейскіх гарадах ужо існавалі друкарні. Кнігі не трэба было перапісваць. Іх хутка і прыгожа друкавалі на адмысловых друкарскіх варштатах.