Тем временем фронт армии Самарского Правительства Народной Армии был тесним большевиками и Самара была ими занята. Это ускорило процесс образования общего правительства, и была избрана директория из числа лиц, входивших в состав Государственного Совещания. Членами директории были Председатель Авксентьев (социал-революционер умеренного крыла партии), Вологодский (Председатель Совета Министров Сибирского Правительства), Генерал Болдырев (Представитель Союза «Возрождения»), Виноградов (член партии Народной Свободы), Зензинов (социалист-революционер). Ответственность членов директории перед комитетом Учредительного Собрания была отклонена.
Директория переехала в Омск, резиденцию Сибирского Правительства, своего служебного аппарата она не имела, поэтому решено было переформировать Совет Министров Сибирского Правительства в Совет Министров Всероссийского Правительства.
Адмирал Колчак принял назначение на должность Военного и Морского Министра и вступил в эту должность 5-го ноября н. с. 1918 года.
С первых же шагов деятельности директории выяснилась зависимость ее членов социалистов от комитета членов Учредительного Собрания, часть которых находилась в Уфе, а часть — в Екатеринбурге. Этот комитет во главе с Черновым требовал от членов директории-социалистов отчета в их действиях. Кроме того, он негласно занимался формированием социалистических вооруженных отрядов. Чувствовалось, что комитет членов Учредительного Собрания подготовляет переворот с целью за хвата власти.
Деятельность директории сопровождалась банкетам и, потоками речей и бесконечными прениями. Между тем обстановка требовала энергичных действий. В омских общественных и офицерских кругах появились опасения за успех дела борьбы с большевиками при управлении страной директорией. Образовался заговор с целью свержения директории и установления единоличной диктатуры. Во главе заговора встал местный деятель, бывший член Государственной Думы В. Н. Попеляев, в нем участвовали представители казачества и офицерских организаций. Адмирал Колчак не знал о существовании заговора, хотя лично сочувствовал идее военной диктатуры. В начале ноября он уехал на фронт с целью ознакомления с нуждами армии и вернулся в Омск 17-го ноября, а в ночь с 17-го на 18-е ноября два члена Директории социалисты были арестованы офицерскими организациями. Утром собрался Совет Министров, который постановил признать Директорию распавшейся и поручить всероссийскую власть до окончания борьбы с большевиками и до созыва нового Учредительного Собрания одному лицу. Когда предложили наметить такое лицо, то адмирал Колчак предложил назначить Главнокомандующего фронтом генерала Болдырева. Совет Министров просил адмирала Колчака временно удалиться и во время его отсутствия избрал его Верховным Правителем.
Адмирал принял избрание Совета Министров. Он смотрел на него как на тяжелый крест, им не руководили никакие личные интересы, его единственная цель состояла в желании освободить Россию от большевиков и передать власть Национальному Учредительному Собранию. Эта цель была выражена в его обращении к населению, которое гласило:
«Всероссийское Временное Правительство распалось. Совет Министров принял всю полноту власти и передал ее мне, Адмиралу Александру Колчаку. Приняв крест этой власти в исключительно трудных условиях гражданской войны и полного расстройства государственной жизни, объявляю, что не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности.
Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашенные по всему миру». «Призываю вас, граждане, к единению, к борьбе с большевизмом, к труду и жертвам».
Провозглашение адмирала Колчака не прошло вполне гладко. Находящиеся в Уфе и в Екатеринбурге члены Учредительного Собрания во главе с Черновым заявили, что они не признают власти адмирала Колчака, что они откроют фронт большевикам и будут всеми силами противодействовать новой власти. Чернов и его сподвижники были арестованы Сибирскими войсками, но по пути отбиты от них чехами. Чернов пробрался в Советскую Россию. С этого времени деятельность партии социалистов-революционеров ушла в подполье. Они заявили, что им ближе большевики, чем националисты, и во всем дальнейшем течении гражданской войны в Сибири они занимались агитацией в армии, возбуждением против власти земств и кооперации и подготовкой заговора.
В Омске был произведен суд над деятелями переворота 18-го ноября казачьим полковником Волковым и войсковыми старшинами Красильниковым и Катанаевым, которые сами заявили адмиралу Колчаку о своем участии в перевороте. На суде выяснилась картина деятельности партии социалистов давление их на Директорию, выразившееся, между прочим, в телеграмме Чернова Зензинову о необходимости свержения Сибирского правительства и в объяснении Зензинова, почему это нельзя сделать сразу, поведение Товарища Министра Внутренних дел социалиста-революционера Раговского, занимавшегося организацией полиции партийного социалистического состава, сведения о хищениях социал-революционерами денег из казначейства на партийные цели и т. п. — все это свидетельствовало о подготовлявшемся захвате власти партией социалистов-революционеров. На суде также выяснилась негласная поддержка, оказывавшаяся Чехо-Словацким национальным комитетом в Сибири этой партии. Волков, Красильников и Катанаев были по суду оправданы.
В тылу также произошли неблагоприятные события. Атаман Семенов, командир корпуса в Забайкалье, заявил, что не признает власти адмирала Колчака, прислал ему дерзкую телеграмму с требованием передачи власти одному из указанных им лиц: генералу Хорвату, атаману Дутову или генералу Деникину. В ответ на это Семенов был отрешен от должности, но он не сдал ее. Тщетны были уговоры других казачьих генералов и атамана Дутова — Семенов был не уступчив. Когда Колчак послал войска против него из Иркутска, то японцы заявили, что не допустят военных действий против Семенова. В этом происшествии была видна антирусская рука Японии. Только весной 1919 года в период успехов Сибирской Армии на противобольшевистском фронте Семенов признал свое подчинение адмиралу Колчаку.
В ноябре прибыл во Владивосток представитель общесоюзного командования французский генерал Жанен. В интервью, данном представителям печати, он, между прочим, сказал: «В течение ближайших пятнадцати дней вся Советская Россия будет окружена со всех сторон и будет вынуждена капитулировать». Вместе с генералом Жанен прибыл Чехо-Словацкий военный министр генерал Стефанек, который заявил представителям печати: «Мы имеем задачей вернуть чехо-словацкое войско домой. Но мы действовали бы против традиций наших предков. если бы не согласовали наших поступков с честью солдата и совестью Славянина». Русским генералам Стефанек заявил, что он умрет в Сибири, но заставит чехов помочь борьбе с большевиками. Казалось бы, что столь категорические заявления союзных представителей давали основания рассчитывать на искреннюю поддержку союзников в борьбе с большевиками.
По прибытии в Омск генерал Жанен предъявил Адмиралу Колчаку инструкцию, полученную им от своего правительства и подписанную Клемансо и Ллойд-Джорджем. Эта инструкция сводилась к следующему: Жанену предписывалось вступить в командование всеми русскими и союзными войсками, действующими в Восточной России и в Сибири, с целью образования нового противогерманского восточного фронта. Инструкция заканчивалась указанием, что союзные правительства предвидят, что вновь образовавшиеся на территории России правительства не пожелают подчиниться требованиям генерала Жанен, в таком случае им должно быть заявлено, что они не получат никакой помощи от союзников. Инструкция, предъявленная генералом Жанен, явно не соответствовала создавшейся обстановке. На противу-большевистском фронте действовали только русские войска, чехо-словаки после заключения перемирия в Европе перестали сражаться и начали отходить в тыл, в Сибири уже существовало единое Русское Правительство, возглавляемое адмиралом Колчаком. Подчинение этого правительства иностранному генералу дискредитировало бы его, так как оно являлось носителем Русской Государственной идеи. Поэтому адмирал Колчак заявил генералу Жанен, что он скорее откажется от иностранной помощи, чем признает его инструкцию. Генерал согласился, что его инструкция не соответствует обстановке, и предложил пересмотреть ее и в новом виде телеграфировать в Париж для утверждении. В результате дальнейших переговоров и сношений с Парижем в Омске было опубликовано следующее правительственное сообщение: «Прибывший по поручению союзных правительств генерал Жанен, представитель высшего междусоюзного командования, вступает в исполнение своих обязанностей в качестве Главнокомандующего войсками союзных с Россией государств, действующими на Востоке России и в Западной Сибири. для достижения единства действий на фронте высшее Русское командование, осуществляемое Верховным Главнокомандующим Адмиралом Колчаком, будет согласовывать с генералом Жаненом общие оперативные директивы, о чем Верховным Главнокомандующим даны соответствующие указания начальнику штаба. Одновременно вступает в исполнением своих обязанностей генерал Нокс, сотрудник генерала Жанена по вопросам тыла и снабжения, предоставляемого союзными правительствами для нужд русского фронта, вследствие чего Верховным Правителем предписано военному министру согласовать свою работу с задачами, возложенными на генерала Нокса».