Несмотря на физическое отвращение, которое внушал ему Кальтенбруннер уже своим внешним видом, Канарис, после того как были установлены первые личные контакты, постоянно поддерживал с ним внешне хорошие отношения, как и с его предшественником Гейдрихом, в надежде заглянуть таким образом своему противнику в карты. Поэтому Кальтенбруннер, как и его близкие сотрудники Мюллер, Шелленберг, Гуппенкотен и другие, часто бывали у Канариса в Цоссене, куда абвер переехал 19 апреля 1943 г.
Эти отношения по расчету не могли, однако, помешать тому, что петля, которую гестапо начало затягивать вокруг Канариса и разведки, становилась все гуже. Первую скрипку во всем этом деле со стороны гестапо играл, конечно, Мюллер. В опасной близости от самого Канариса проходило расследование в процессе, который начался сначала по инициативе таможенного отделения Праги. В декабре 1942 г. два сотрудника мюнхенского отделения разведки были задержаны по подозрению в нарушении валютного законодательства. Из документов гестапо следовало, что задержанные попытались повернуть дело в область политики и во время допросов сообщили об уже упоминавшихся миротворческих мероприятиях доктора Йозефа Мюллера через Ватикан. Один из обвиняемых даже говорил о «клике генералов» и, кроме этого, упомянул имя Донаньи, охарактеризовав его как инициатора в отделе Остера, эксперта по вопросам мирных переговоров в Ватикане.
В руководстве гестапо к этим заявлениям отнеслись сначала скептически. Правда, на Остере давно лежало подозрение в оппозиционной деятельности, однако состав дела в том виде, как его описали задержанные в Мюнхене, давал слишком законченную картину заговора, близкого к государственной измене, чтобы можно было в это сразу поверить. Если то, что утверждали арестованные в своих показаниях, существовало в действительности, то расследование далеко не заканчивалось на Донаньи и Остере, а должно было коснуться и Канариса. А это казалось «гестапо-Мюллеру» слишком опасным. Он решил не прибегать к быстрым решительным мерам и действовать с большой осторожностью. Неизвестно, говорил ли он об этом с Гиммлером в неофициальной обстановке. Во всяком случае, Гиммлер и Кейтель только теперь получили официальное уведомление, составленное в сдержанной форме и направленное им по распоряжению группенфюрера Мюллера главным советником верховного военного трибунала полковником Рёдером, который вел расследование по делу арестованных в Мюнхене. Было решено скрыть все политические обстоятельства и представить дело как валютное правонарушение с элементами возможной коррупции, чтобы таким образом сделать невозможным любое сопротивление проведению расследования. В действительности же расследование, конечно, было проведено с целью тщательного изучения политических связей в разведке. Рёдер получил приказ проводить дальнейшее расследование как особую задачу имперского военного трибунала. Для выполнения этого приказа он в сопровождении комиссара по уголовным делам 5 апреля 1943 г. направился сначала к Канарису, чтобы предупредить его о начале расследования. Канарис вызвал на эту беседу Остера, который сразу же взял Донаньи под свою защиту и заявил, что он без проверки берет на себя ответственность за все, что тому вменяется в вину. Каким бы рыцарским ни был этот жест, он был совершенно излишним в присутствии людей, от которых можно было ожидать всего, что угодно, но только не рыцарского поведения.
Затем последовала сцена в бюро Донаньи, тоже описанная у Гизевиуса, где из-за нервозности сотрудников была конфискована папка с документами, в которой, кроме всего прочего, находилось ходатайство о повторном освобождении пастора Дитриха Бонгёфера, представлявшего вероисповедальную церковь, от службы в армии. Пастор уже прежде отправлялся на переговоры с зарубежными представителями протестантской церкви, которые велись параллельно с переговорами доктора Мюллера в Ватикане.