Одновременно следует заметить, что несмотря на выяснение обстоятельств, обвинения в том, что Канарис, будучи членом военного суда, совершил проступок, оказав пособничество офицеру, обвиненному и осужденному в процессе по делу убийства Либкнехта и Люксембург, спустя годы вновь выдвигались политиками и органами печати левых. Дело Фогеля было драматическим образом вновь начато в подкомитете парламентской следственной комиссии депутатом от социалистической партии Мозесом 23 января 1926 г., когда Канарис, бывший уже капитаном 3-го ранга морского флота, по поручению министра вооруженных сил выступил в роли эксперта по делу попытки мятежа в 1917 г. и при этом вступил в острый поединок с независимым депутатом Дитманом, который сам был одним из главных действующих лиц при осуществлении попытки мятежа. В комиссии на этот раз социал-демократ Мозес помог своему «независимому» коллеге и выразил протест по поводу того, что в качестве представителя министерства вооруженных сил в комиссии присутствовал человек, виновный в соучастии в побеге убийцы Розы Люксембург. Когда Канарис отказался принять в комиссии участие в дискуссии по этому вопросу, левые начали бурную манифестацию. В адрес Канариса обрушились оскорбления, такие как «Убийца! Сообщник!» и это продолжалось довольно долго, пока председателю наконец не удалось восстановить порядок. Официальное сообщение министерства вооруженных сил в тот же день подтвердило полную безосновательность обвинений депутата Мозеса, сославшись на судебное расследование, проведенное в 1919 г. Еще один раз аналогичное обвинение прозвучало пятью годами позже; Канарис к тому времени уже был морским капитаном и начальником штаба в районе Северного моря; обвинение было высказано в связи со свидетельскими показаниями бывшего адвоката Бредерека, известного по путчу Каппа, на процессе политического характера. По данным Бредерека, Канарис, злоупотребив своим положением судьи, мог передать незаконным путем деньги, собранные Национальным союзом немецких офицеров для офицеров, обвиненных по делу Либкнехта — Люксембург, в тюрьму братьям Пфлюг-Хартунг, обвиненным в расстреле Либкнехта, чтобы они могли бежать. И на этот раз расследование дела министерством вооруженных сил показало, что все обстояло совершенно иначе, что только после того, как названным офицерам был вынесен оправдательный приговор, Канарис, с согласия Носке, бывшего в то время министром вооруженных сил, позаботился о том, чтобы эти деньги были выплачены братьям Пфлюг-Хартунг и их товарищам, частично для возмещения расходов на защитника, частично для того, чтобы дать возможность на время исчезнуть из Берлина близким родственникам этих офицеров, которые подвергались непрерывным притеснениям и реальным угрозам со стороны коммунистов. В обоих случаях, в 1926 и 1931 гг., министры вооруженных сил, доктор Гесслер и генерал Гренер, оба истинные демократы, после тщательного расследования происшествий оказывали безоговорочную поддержку своему подчиненному, и этого было достаточно, чтобы отвергать все нападки на Канариса как необоснованные.
В конце мая 1919 г. с Канарисом произошел несчастный случай, который мог привести к более тяжелым последствиям. Вслед за частным визитом в Пфорцхайм для «официального» обручения он поехал и в Мюнхен к капитану Эрхардту, который принимал активное участие в освобождении Баварии от правительства Советов, и хотел оттуда лететь в Берлин. Самолету пришлось сделать под Ютербогом вынужденную посадку на вспаханном поле, и это была далеко не мягкая посадка. Канарис долго страдал из-за контузии, которую он тогда получил. То, что и первый министр вооруженных сил германской республики, в присутствии которого летом 1919 г. велось следствие против Канариса по делу Фогеля, также был совершенно убежден в невиновности последнего, можно понять из того, что через несколько недель мы находим Канариса уже в числе адъютантов министра. Главным адъютантом был майор фон Гилза, ему подчинялись капитан Макс фон Фибан и капитан-лейтенант Канарис. Когда Канарис стал членом штаба Носке, тот уже переехал из бывшего здания генерального штаба («красного балагана») на Лиценбургскую улицу, а оттуда на Бендлерштрассе, где министерство вооруженных сил затем оставалось в течение продолжительного времени. Личные отношения между Канарисом и Носке были хорошими. Лояльность Носке по отношению к офицерам, которые в то трудное время встали на защиту министра социал-демократа, гражданское мужество, с которым он защищал своих подчиненных перед собственными товарищами по партии, которые не доверяли офицерам, снискали ему истинную симпатию и привязанность офицеров, с которыми он работал. Кроме того, этот высокий костлявый человек с приподнятыми плечами и темными глазами за очками в металлической оправе не был лишен юмора; его сухой юмор заставлял звучать в Канарисе струнки его души.