Возвращаясь к Колчаку, следует, впрочем, признать, что события первой Смуты нового века практически не затронули его. «После падения [Порт-Артура], – рассказывает адмирал через пятнадцать лет, – будучи болен суставным ревматизмом, лежал в госпитале в Порт-Артуре в качестве уже военнопленного; это продолжалось до апреля 1905 года, затем в середине апреля воспользовался предоставленным Японией правом отправиться на родину и поехал через Америку в Петроград, куда и прибыл в конце мая 1905 г.; там по освидетельствовании был признан инвалидом и получил четырехмесячный отпуск для лечения на водах. До осени 1905 [года] я пробыл на водах, а затем был опять причислен к Академии наук, занимаясь кабинетной научной работой…»
Наряду с теоретическим, труды и выводы Колчака, основанные на результатах Русской Полярной Экспедиции, имели и некоторое прикладное значение: если самая известная его печатная работа «Лед Карского и Сибирского морей» (издана в 1909 году в Петербурге, в «Записках Императорской Академии Наук») рассматривала принципиальные вопросы образования морского льда в различных условиях и его циркуляции в океане, то ряд выпущенных карт Карского моря, составленных по съемкам участников экспедиции, в том числе и Колчака, безусловно был необходим для решения текущих практических задач плавания в этих водах. Тою же проблемой занималась и созданная по распоряжению морского министра «Комиссия по исследованию Северного Ледовитого океана», в состав которой был включен и лейтенант Колчак; ей предстояло оценить возможность мореплавания «Северным проходом» и наметить программу исследований, которым предстояло бы «осветить раз и навсегда вопрос об утилитарном значении для нас этих владений вообще и о проходе этим путем к Тихому океану в частности».
В рамках этих исследований состоялся и новый поход, порученный ветеранам экспедиции Толля – Колчаку и Матисену, которые сначала наблюдали за постройкой судов, а затем и приняли командование над ними (транспортами «Вайгач» и «Таймыр» соответственно). В 1909 году оба корабля через Средиземное море и Индийский океан ушли на Дальний Восток и навигацию 1910 года провели в гидрографических исследованиях. «Экспедиция, для достижения указанных целей, и установление постоянных сообщений с прилегающими к Северному Ледовитому океану частями Иркутского генерал-губернаторства потребуют посылки транспортов к Берингову проливу к началу навигации в Северном Ледовитом океане, – отмечал Колчак в записке „О производстве гидрографического исследования Северного Ледовитого океана от Берингова пролива до устья реки Лены“. – Эти транспорты, приняв полный запас угля со специально посланного для этой цели судна, используют навигационный период на гидрографические работы в районе от Берингова пролива до устья реки Лены и ко времени прекращения плавания в Ледовитом океане уйдут во Владивосток, с тем чтобы в следующем году продолжать дальнейшие работы по исследованию Северного Ледовитого океана». Однако выполнить эту программу Александру Васильевичу не было суждено – в августе 1910 года его отзывают в Петербург. Новое назначение относилось к совсем иной области приложения талантов и сил Колчака, области, о которой он – воин отнюдь не в меньшей степени, чем ученый, – никогда и не забывал.