Его величество со вниманием прочитал письмо и, сообщив содержание его окружающим, отослал его в Сенат для производства суда над автором. На допросе в Сенате последний сознался во всем и держал себя вообще до того бесстрашно, что на вопрос – разве он не боится справедливого наказания за свою дерзость, отвечал, что ему нечего бояться, так как царь дал ему шпагу, которой никто, кроме Его величества, не может лишить его. Сенат, желая приступить к совещанию по этому делу, приказал ему выйти в другую комнату, чем он и воспользовался, чтобы бежать в Кроншлот».
Послание Конона Зотова – это уже не привычная для экстравагантного моряка дерзкая выходка, а по тем временам серьезнейшее государственное преступление. П.И. Сиверс, несомненно, должен был арестовать К.Н. Зотова, заковать его в железа и под конвоем немедленно доставить в Тайную канцелярию, где палачи генерала А.И. Ушакова должны были устроить Зотову «допрос с пристрастием». Так поступали со всеми, кто произнес хотя бы одно «непристойное слово» в адрес самодержца или его действий. Тут же – целое «непристойное дерзновенное доношение». Мы не знаем, что писали царю по этому поводу на Марциальные воды кабинет-секретарь Петра А.В. Макаров, сенаторы и петербургский губернатор А.Д. Меншиков, но… с Зотовым ничего страшного не произошло. Зевс молчал: он пил железистую воду, точил на токарном станке, играл с женой и свитой на биллиарде и трук-тафеле, забавлялся в шахматы и бирюльки. Сохранилось за это время множество писем Петра А.В. Макарову, другим сановникам в Петербурге с различными распоряжениями, в том числе по делам флота, но в них нет ни слова о Зотове. Это не значило, что государь утратил присущую ему суровость, которой все так боялись. 22 марта генерал П.И. Бутурлин, приставленный наблюдать за порядком в делах Адмиралтейства, получил грозное письмо Петра. Царь заподозрил, что при подготовке экзекуции разоблаченных в воровстве и приговоренных к наказанию служителей Адмиралтейства происходит что-то нечистое в смысле исполнения буквы приговора о казнях по жребию. Государь потребовал ужесточить процедуру наказания: «Я слышел, что в деле кражи адмиралтейской, которым приговорено бросать жеребей, тем бросана заранее, а довелось было сказать всем смерть и потом у казни бросить, а по получении сего велите три разы бросить и кому вынетца казнь или каторга, отпишите».
28 марта Петр вернулся в Петербург и как ни в чем не бывало через А.В. Макарова напомнил К.Н. Зотову о ускорении порученного ему перевода французских морских сигналов. Не был отстранен К.Н. Зотов и от командования своим кораблем. 22 августа он рапортовал царю о том, что встретил в море корабли Ревельской эскадры, которые вели четыре трофейных шведских фрегата. Это с победой при Гренгаме возвращались корабли князя М.М. Голицына. Опытным чиновникам из указа Петра в Адмиралтейскую коллегию стало ясно, что гнев государя на дерзкого капитана велик, но не страшен, что это гром, но не молния. Из указа следовало представить К.Н. Зотова не в Тайную канцелярию (как это обычно бывало с государственными преступниками), а только в Юстиц-коллегию, что не одно и то же. Но главное – в указе предписывалось не задерживать капитана позже 20 марта, ведь он нужен для подготовки флота к кампании. Подобным образом с настоящими государственными преступниками никогда не поступали.
Петр не раз прощал дерзости К.Н. Зотова, подобно тому, как умный родитель прощает дерзости несдержанному, но даровитому, преданному сыну, искреннему и старательному продолжателю его дела. А Конон Зотов как раз и был по натуре своей истинным сыном Петровым, ярчайшим порождением эпохи реформ, новым русским человеком. Кроме того, Петр прекрасно понимал, что за спиной К.Н. Зотова нет врагов, противников реформ, что он не предатель и руководствуется, пусть и неправильными, но благими, благородными намерениями. Иначе трудно понять, почему менее чем через год после представления государю дерзкого доношения, в марте 1721 г., К.Н. Зотов был назначен «за контролера Адмиралтейской коллегии», а в мае он уже посылал царю «пункты» о должности контролера Адмиралтейства. О них Петр писал Ф.М. Апраксину, что «оные, высмотря, пришлем к вам впредь», что вскоре и сделал. Чуть позже генерал-адмирал жаловался на К.Н. Зотова, что тот пререкается с начальством, в контролерскую должность еще не вступил, а предъявил список требуемых ему для работы людей и просит прислать соответствующий ордер. В этих поступках угадывается упрямый характер Конона. Как и прежде, он работал над военно-морским законодательством, наверняка сидел за одним столом с царем и адмиралами, когда несколько недель подряд в начале 1721 г. государь разрабатывал Устав Морской. Приложил руку К.Н. Зотов и к разработке «Должности генерал-прокурора».