Враг наступал на всех фронтах. 19 октября ГКО принял решение о введении в Москве и прилегающих районах осадного положения. 22 октября немцы обошли левый фланг Ишуньских позиций и неделю спустя перешли в наступление по всему фронту, вторглись в степную часть Крыма. Несколькими днями раньше замнаркома ВМФ вице-адмирал Г. И. Левченко, до войны ведавший Инженерным и Строительным управлениями Наркомата ВМФ, был назначен Ставкой командующим войсками Крыма. Но он мало что успел предпринять: гитлеровские дивизии стремительно продвигались к Севастополю и Керченскому полуострову. Тихвин же, однако, оставался недостижимым для врага, и по Ладожскому озеру шли караваны с грузами Ленинграду, фронту и флоту.
В последние дни октября нарком Н. Г. Кузнецов вылетел в Архангельск, выполняя поручение Ставка. И. С. Исаков вернулся и приступил к фактическому исполнению обязанностей начальника ГМШ 24 октября. Через четыре дня Исаков и Галлер с беспокойством знакомились с телеграммой в адрес наркома, полученной от командующего Черноморским флотом Ф. С. Октябрьского. Их беспокойство было понятным: немцы где-то на подступах к Бахчисараю, Приморская армия отходит, а Октябрьский сообщает, что вышел из Севастополя на эсминце «Бойкий» в Поти «для подготовки баз и перебазирования флота в порты Кавказского побережья»[261]. Решение командующего флотом не одобрял, как выяснилось позже, и член Военного совета ЧФ Н. М. Кулаков[262]. Через сутки в Севастополе было введено военное положение. Конечно, 31 октября в ГМШ еще не знали, что 51-я армия генерал-лейтенанта П. И. Батова безуспешно пытается задержать продвижение врага на восток — к Керченскому проливу, а Приморская армия генерал-майора И. Е. Петрова, направляясь к Севастополю, вынуждена отходить на юго-восток, к Ялте, так как кратчайший путь через Бахчисарай перекрыт противником. Но ощущение крайней опасности, нависшей над Севастополем, было. И Исаков в тот день направил наркому в Архангельск телеграмму с докладом о намерении Октябрьского перевести корабли в порты Кавказского побережья. В этой же телеграмме начальник ГМШ предлагал оставить артиллерийские корабли в Севастополе, порты Кавказа подготовить для базирования флота и перевести в них большую часть подводных лодок и часть вспомогательных судов.
Л. А. Владимирский рассказывал, что в 1946 году он встречался с Л. М. Галлером в Москве. Вспоминая дни войны, Галлер сказал, что в свое время не был полностью согласен с предложением Исакова, направленным наркому в Архангельск. Он тогда полагал целесообразным постоянно иметь в Севастополе один-два «старых» крейсера («Красный Кавказ», «Красный Крым» или «Червона Украина»), и эсминцы «новики». Линкору же, новым крейсерам, лидерам и эсминцам держаться, в основном в море или находиться в портах Кавказа, с тем чтобы приходить в Севастополь и к побережью Керченского полуострова периодически для нанесения артиллерийских ударов по войскам врага. Исаков, однако, имел иное мнение, которое и нашло отражение в тексте телеграммы наркому. Интересно, что Л. М. Галлер и командующий эскадрой Черноморского флота Л. А. Владимирский придерживались тогда одинаковых взглядов, несмотря на то что их разделяли тысячи километров. Ссылаясь на опасность ударов немецкой авиации, Владимирский смог убедить Военный совет ЧФ, который, в отсутствие Ф. С. Октябрьского, принял решение незамедлительно вывести наиболее ценные корабли из Севастополя. Большую ответственность взяли тогда на себя начальник штаба И. Д. Елисеев и член Военного совета Н. М. Кулаков. В ночь на 1 ноября в море вышли линкор «Парижская коммуна», крейсер «Молотов», эсминец «Сообразительный»… Утром следующего дня немцы совершили массированный налет на якорную стоянку линкора. Десятки крупнокалиберных бомб сбросили пикировщики на маскировочную сеть, еще не убранную с места стоянки…
В ночь с 31 октября на 1 ноября нарком переговорил с Исаковым по телефону и одобрил его предложения. Военному совету ЧФ была немедленно отправлена директива «о выводе из Севастополя ненужных для его обороны сил флота»[263]. Каково же было удивление Галлера, когда 4 ноября в наркомат пришла телеграмма от вернувшегося 2 ноября в Севастополь Октябрьского, адресованная сразу же Сталину и Кузнецову. Командующий ЧФ предлагал перенести свой командный пункт в Туапсе, переведя туда штаб и учреждения флота. В Севастополе же оставить контр-адмирала Г. В. Жукова, героя обороны Одессы, на правах заместителя командующего флотом и с подчинением ему всех сухопутных сил. Оставление главной базы флота командующим неизбежно ослабляло ее оборону…