Нельсон в это время рвался из Палермо в Неаполь. К его несчастью, французский флот вышел в море, и адмирал Кейт настаивал на том, чтобы Нельсон исходил, прежде всего, из необходимости вести борьбу против флота; а неаполитанские дела, как вполне резонно заключал английский главнокомандующий, можно будет решить и неделей позже. Королева Каролина и Эмма Гамильтон всячески старались заставить Нельсона вернуться вместе с ними в Неаполь. Правящая династия смертельно боялась своих подданных. «Любезный лорд! – писала Эмма Гамильтон Нельсону 12 июня. – Я провела вечер у королевы. Она очень несчастна! Она говорит, что народ неаполитанский вполне предан королю, однако только одна эскадра Нельсона может восстановить в Неаполе спокойствие и покорность законной власти. Вследствие того королева просит, умоляет, заклинает Вас, любезный лорд, если только возможно, отправиться в Неаполь. Ради бога, подумайте об этом и сделайте то, что просит королева. Если Вы позволите, мы отправимся вместе с Вами. Сэр Уильям нездоров, я также чувствую себя дурно: это путешествие будет нам полезно. Да благословит Вас бог!» (88)
Нельсон мечется. Он берет на свои корабли королевские войска, чтобы идти в Неаполь. В тот момент ему вручают письмо от адмирала Кейта. Главнокомандующий сообщает, что, по его данным, французский флот сейчас, вероятно, находится у берегов Италии. Нельсон возвращается в Палермо, высаживает неаполитанские войска и спешит найти французские корабли. Но уже 21 июня, решив, что Кейт без него справится с французским флотом, Нельсон вновь появился в Палермо, взял на борт своего судна «Фоудройант» чету Гамильтон и с 18 кораблями направился к Неаполитанскому заливу. Здесь Нельсон узнал о перемирии, подписанном в Неаполе представителями неаполитанского короля, Англии, России и Турции с французами и неаполитанскими республиканцами. Он приходит в ярость.
Нельсон объявляет, что не приемлет подписанной капитуляции. А ничего не подозревавшие французы и республиканцы между тем вышли из замков, сложили оружие на набережной, и кое-кто из них успел даже сесть на суда, отходившие в Тулон. В этот момент все они были арестованы по приказу Нельсона, и неаполитанские монархисты начали расправу. Последовала чудовищная кровавая оргия. Захваченных пленников рвали на части, сжигали на площадях, вешали, расстреливали. Людей истребляли без суда и следствия. Вскоре капитан Трубридж писал Нельсону, что до сорока тысяч семейств оплакивают кого-либо из родственников, заключенных в темницу. Имущество убитых за бесценок скупалось королевскими агентами. Это было дополнительным стимулом для многочисленных расправ. Сам Нельсон под впечатлением происходящего задумывался: «Нельзя же, однако, отрубить головы всем в королевстве, будь оно даже полностью составлено из мошенников». Но он ничего не сделал, чтобы унять кровопролитие.
Пожалуй, наиболее позорным эпизодом в событиях тех дней было дело адмирала князя Караччиоло. Этот неаполитанский аристократ несколько десятилетий служил на флоте, командовал кораблем под руководством английского адмирала Готама, сопровождал Фердинанда на неаполитанском судне во время бегства двора на Сицилию. Будучи по-своему патриотом, он в период Партенопейской республики согласился командовать ее мизерными символическими морскими силами (Нельсон в момент бегства на Сицилию приказал сжечь неаполитанский флот. Это было исполнено.). Когда король вернулся в Неаполь и начался террор, 70-летний старик Караччиоло скрывался в горах. За его голову была объявлена награда, и в числе слуг нашелся один, который его выдал. 29 июня вечером Караччиоло был доставлен на английский линейный корабль «Фоудройант», где находились Нельсон и Гамильтоны.
Нельсон распорядился немедленно судить пленника. Члены военно-полевого суда – монархисты-неаполитанцы – были срочно собраны. Приговор гласил – смертная казнь через повешение. Нельсон приказал повесить старика на рее стоявшего рядом неаполитанского фрегата. Караччиоло умолял Нельсона рассмотреть дело еще раз, основательно, без спешки. Контр-адмирал отказал, Караччиоло после этого как милости просил, чтобы его расстреляли, но не казнили позорной смертью. Нельсон опять отказал. И Караччиоло повесили в тот же день на рее фрегата «Минерва», замершего под наведенными на него пушками «Фоудройанта».
Дневниковая запись Нельсона за этот день, как обычно, спокойна и немногословна: «Суббота, 29 июня. Ветер тихий. Облачно. На рейд пришли португальский корабль «Рунья» и бриг «Баллон». Созван военный суд на неаполитанском фрегате «Минерва». Судим, осужден и повешен Франческо Караччиоло».