19 февраля бомбардировщики японского авианосного соединения совершили налет на Дарвин, главный порт на севере Австралии. Затем авианосцы направились в район южнее Явы, поддерживая японское вторжение на этот остров и перехватывая союзные корабли, спасающиеся бегством из южных портов. После сдачи Явы это авианосное соединение направилось в Индийский океан, намереваясь потрепать британский Восточный флот и базы на Цейлоне.
Тем временем объединенные соединения «Йорктауна» и «Лексингтона» под командованием Уилсона Брауна бороздили Коралловое море. Вместо возвращения к Рабаулу для повторной атаки Браун прошмыгнул мимо Новой Гвинеи и 10 марта послал 104 самолета через хребет Оуэн Стенли для атаки на два крошечных японских плацдарма Лае и Самамауа на северном побережье Новой Гвинеи. Затем, оставив «Йорктауна» в Коралловом море, направился с соединением «Лексингтона» в Перл-Харбор, куда прибыл 26 марта. Проведя в море 54 дня, он смог записать на свой счет всего один реальный удар по врагу.
Нимиц принял объяснения Брауна о том, что рейды на мощно укрепленные вражеские базы в плохо картографированном море слишком опасны для авианосцев. Однако, по мнению Кинга, Браун был недостаточно агрессивен, чтобы возглавлять боевые соединения, поэтому Нимиц сместил его с поста командира оперативного соединения «Лексингтона» и назначил командиром только что созданного отряда амфибийных сил со штабом в Сан-Диего. Брауна сменил контр-адмирал Обри У. Фитч, который, будучи моложе Брауна, уже считался самым опытным командиром авианосцев во флоте.
Для Брауна перевод не стал понижением — он получил новое, весьма важное задание готовить десантные отряды для захвата баз, которым предстояло поддерживать будущее наступление на Японию. Это пример характерного для Нимица образа действий: если кого-то требовалось сместить, то он смещал человека с повышением в должности — если такая возможность имелась. Чтобы там Кинг или кто угодно ни думал насчет агрессивности Брауна, никто не смог бы усомниться в том, что он опытный организатор, недавно демонстрировавший свое умение во время работы в Академии.
Новое подразделение Брауна было создано после реорганизации Тихоокеанского флота. Кинг и Нимиц, придя к выводу, что разведка на море отныне будет проводиться подлодками и самолетами, расформировали подразделение разведки. Убежденные также, что сражения между выстроившимися в боевые линии дредноутами типа Ютландского боя также ушли в прошлое, они отказались и от эскадр тяжелых кораблей. На смену почившим подразделениям пришли отряд амфибийных сил и отряд прикрытия. Последний, состоящий из старых линкоров и легких кораблей охранения, получил задание защищать и поддерживать первый. Через несколько дней после назначения адмирала Брауна командующим отрядом амфибийных сил Нимиц назначил адмирала Пая командиром отряда прикрытия — подразделения с неясным будущим, поскольку никто еще не придумал, как использовать 21-узловые дредноуты для поддержки 34-узловых авианосцев — или наоборот.
Тем временем президент Рузвельт, опасаясь за жизнь своего самого старшего и опытного офицера, приказал генералу Дугласу Макартуру покинуть Филиппины. Макартур, не желая покидать осажденные и голодающие войска, задержался до И марта, улетев ночью с Коррехидора на гидросамолете. С Минандао он отправился на бомбардировщике В-19 в Австралию, где заявил: «Как я понимаю, президент Соединенных Штатов приказал мне прорваться через линию фронта и вылететь с Коррехидора в Австралию с целью организации американского наступления против Японии, первой целью которого станет освобождение Филиппин. Я прорвался, и я еще вернусь».
Генерал ошибался, полагая, что ему предстоит стать единственным организатором наступления союзников на тихоокеанском театре военных действий. Ожидая его прибытия в Австралию, представители союзного командования заново разделили зоны ответственности и назначили новых командующих. Все это было указано в директивах, посланных 30 марта адмиралу Нимицу и генералу Макартуру.
Генерал Макартур был назначен верховным главнокомандующим союзными силами в Юго-западной тихоокеанской зоне, включающей Австралию, Соломоновы острова, острова Бисмарка, Новую Гвинею и Филиппины. Адмирал Нимиц стал главнокомандующим Тихоокеанской зоны, включающей всю оставшуюся часть Тихого океана за исключением судоходного коридора вдоль берегов Южной и Центральной Америки. Он получил под командование все американские и союзные силы в этой зоне — сухопутные, морские и воздушные. Поскольку же командующий Тихоокеанским флотом подчинялся главнокомандующему ТОЗ, а Нимиц сохранил обе должности, то он в каком-то смысле стал сам себе командиром.
Комитет начальников штабов постановил, что Тихоокеанский флот должен остаться под контролем Нимица, даже если по стратегическим соображениям ему потребуется войти в юго-западную зону Макартура. Однако для того, чтобы Макартур в меньшей степени зависел от Тихоокеанского флота, генералу была придана большая часть Ударного отряда ANZAC в качестве ядра его будущего собственного флота.
Из-за своего размера Тихоокеанская зона была разделена на Северную (севернее 42° северной широты), Центральную (от 42° до экватора) и Южную (южнее экватора), а сокращение ТОЗ отныне стало расшифровываться во множественном числе — как Тихоокеанские зоны. Поскольку и японцы, и американцы планировали наступательные операции на юге, в Южной зоне потребовался общий командующий, подчиненный ГКТОЗ. Таким командующим Нимиц сделал адмирала Пая.
Будучи до войны командиром линкора, Пай относился к авианосцам как к вспомогательным кораблям. Кроме того, неудача экспедиции по снятию осады с Уэйка легла пятном на его репутацию. Однако адмирал имел быстрый и гибкий интеллект; он умел видеть свои ошибки и соответственно перестраивать мышление. Он постоянно рос в глазах Нимица. Тот назначил Пая командующим отрядом прикрытия, чтобы адмирал не утратил командных навыков, но вскоре стал считать его достаточно квалифицированным для должности с еще большей ответственностью в войне нового типа, которая постепенно разворачивалась на Тихом океане.
Адмирал Кинг, очевидно, мыслил иначе. Он имел склонность назначать человека на какую-либо должность раз и навсегда. И он оставил Пая, опытного офицера с линкора, командовать линкорами. А командующим Южной зоной назначил вице-адмирала Роберта Л. Гормли. И этот выбор стал одним из наименее удачных решений Кинга. Как выяснилось, Гормли, человек с многосторонним опытом и чрезвычайно умный, не умел предотвращать военные кризисы или справляться с ними, когда они наступали.
В унаследованном штабе Нимица лишь немногие офицеры не смогли справиться со своими обязанностями. Со временем он перевел их на другие должности, но до тех пор не мог распределить обязанности и властные полномочия так, как ему бы хотелось. Ведь он, главнокомандующий, должен был заниматься только тем, чего не мог сделать никто другой. Однако к весне 1942 года Нимиц сумел настолько «расчистить палубу», что даже иногда находил время для игры в теннис. Неподалеку от своего дома он попросил оборудовать площадку, где мог погонять мячик и сбросить напряжение после трудного дня. С помощью даже столь ограниченных физических упражнений он постепенно одолел не характерную для него бессонницу, изводившую его со дня прибытия в Перл-Харбор.
В то время в одном доме с Нимицем жили его начальник штаба адмирал Дремель и хирург флота кэптен Эльфеж Альфред М. Гендро. Почти каждый вечер за обедом у них были гости, но для Нимица подобное общение не просто являлось способом снять напряжение. Второй его целью было желание общаться с подчиненными в неформальной атмосфере, а также сводить вместе и лучше узнавать других командиров. «Я делаю все, что в моих силах, — писал он жене, — чтобы собирать у себя командиров разных подразделений».
Адмирал Нимиц играл роль радушного хозяина, но оставаясь один, никак не мог избавиться от депрессии, тяготившей его с самого прибытия. Его приводило в отчаяние то, что он так мало сумел сделать для изменения хода войны. Он подозревал, что разочаровал своих покровителей. Морской министр Нокс не общался с ним с того дня, когда прислал короткое и надменное послание насчет цензуры, поэтому Нимиц с удивлением узнал из письма жены, что ее приглашала к себе миссис Нокс.