Адмирал Нимиц не стал терять время и начал развертывание тех сил, которые он мог собрать. Он приказал
16-му оперативному соединению адмирала Хэлси и 17-му — адмирала Флетчера полным ходом вернуться из южной части Тихого океана в Перл-Харбор. Далее он отозвал командира 17-го оперативного соединения адмирала Фитча и командировал его в Сан-Диего для формирования соединения «Саратоги», заранее назначив его командиром. Некоторое время Нимиц размышлял над тем, не стоит ли приказать линкорам выйти из Сан-Франциско, но затем отказался от этой идеи, сочтя ее непрактичной. Контр-адмирал Роберт Г. Инглиш, командующий подлодками Тихоокеанского флота, хотел выслать свои подлодки на «свободную охоту», но Нимиц считал, что сейчас не время для операций, напоминающих поиск иголки в стоге сена. Вместо этого на свободную охоту он отправил самолеты, имеющие гораздо более широкую полосу обзора, а подлодкам, по мере их возвращения с патрулирования, приказал занять позиции на подходах к Мидуэю — достаточно близко, чтобы они смогли серьезно вмешаться при любой попытке вторжения на атолл.
Поскольку грядущий удар по Алеутам Нимиц расценивал как диверсионный рейд, то у него появилось искушение сосредоточить все, чем он обладал, для обороны Мидуэя, а Алеутам предоставить защищаться собственными силами. Однако имелись сведения, что японцы намереваются совершить высадку на одном из западных островов Алеутской цепи. Трудно отыскать другое место, имеющее столь же ничтожную стратегическую ценность, однако факт оставался фактом — то была территория США. Если Нимиц допустит, чтобы ее захватили, то ему придется выслушать обвинения, далеко не пропорциональные ценности потерянного небольшого острова. Придя к выводу, что у него нет иного выбора кроме как направить на оборону Алеутов хотя бы символические силы, он сформировал Северотихоокеанскую эскадру, состоящую из крейсеров и эсминцев, и объявил в районе Аляски состояние «отражение вторжения с моря», подчинив тем самым все силы обороны этого района флотскому командующему адмиралу Теобальду. Не имея авианосцев, Теобальд едва ли мог надеяться на отражение атаки вражеских авианосцев, однако, разместив свои силы в нужных местах и в нужное время, он имел неплохие шансы расстроить любую попытку вторжения, которую японцы могли предпринять на северных островах.
На Мидуэй адмирал Нимиц отправил патрульные гидросамолеты «Каталина», только что прибывшие в Перл-Харбор из Штатов. Туда же он направил и переоборудованный железнодорожный паром «Киттихок», нагруженный 18 пикирующими бомбардировщиками, 7 истребителями «Уайлдкэт», 5 легкими танками, несколькими зенитными орудиями, а также теми, кто станет всем этим управлять и из этого стрелять. Симарду и Шеннону — за уже приложенные усилия и в предвидении будущего героизма — он отправил приказ о повышении их в звании до кэптена и полковника, приложив к нему новенькие серебряные орлы для воротничков.
Тем временем «Ор-20-G», а также станции «Гипо» и «Каст» выведывали детали предстоящей операций врага. «Каст» расшифровал и перевел длинную радиограмму, из которой следовало, что японцы отменили план захвата Порт-Морсби высадкой десанта с амфибий. Вместо этого они решили высадиться на северном побережье Новой Гвинеи в районе Буны и двинуться по ведущей оттуда к Порт-Морсби тропе через горный хребет Оуэн-Стенли. Японским инженерам предстояло расширить тропу, превратив ее в дорогу, пригодную как для солдат, так и грузовиков.
Эта информация встревожила генерала Макартура, который задумался об отправке своих солдат через горы для захвата Буны, пока там не высадились японцы. Для адмирала Нимица это означало, что практически все японские боевые корабли, включая все авианосцы, окажутся свободны для атаки на Мидуэй.
Всю середину мая японцы слали по радио поразительное количество совершенно секретной информации. Благодаря многочисленным перехватам Рошфор и Лейтон сумели по кусочкам сложить на удивление полную разведывательную версию японского плана нападения на Мидуэй и Алеуты, разработанную адмиралом Ямамото, главнокомандующим Объединенным флотом.
В соответствии с этими данными, Объединенный флот будет разделен на: 1) Северное ударное оперативное соединение, 2) 1-е ударное авианосное соединение и
3) Соединение вторжения на Мидуэй. Северное ударное оперативное соединение включало 2-е авианосное ударное соединение, которому предстояло начать атаку рейдом на американскую базу в Датч-Харборе на Алеутах. Затем транспорты соединения высадят войска на западных Алеутских островах Атту, Кыска и Адах. 1-е авианосное ударное соединение, двигаясь на северо-запад, начнет главную атаку воздушным налетом на Мидуэй. Тем временем соединение вторжения на Мидуэй, выйдя с Гуама и Сайпана, подойдет к Мидуэю с юго-востока. Его встретит в море и станет эскортировать последние 650 миль японский Второй флот, включающий часть Третьей дивизии линкоров.
Первая и Вторая дивизии линкоров, составляющие Первый флот, также выйдут в море, поддерживая всю операцию. Адмирал Ямамото собирался командовать своим флотом с борта суперлинкора «Ямато». Поскольку Ямамото уже некоторое время находился вместе с Первым флотом во Внутреннем море возле Японии, ему не было нужды передавать приказы по коротковолновому радио, которое американцы могли перехватить. Поэтому американцы лишь несколько месяцев спустя узнали об активном участии в сражении самого Ямамото и его Первого флота.
Второе авианосное ударное соединение включало легкий авианосец «Рюдзе» и новый авианосец, чье название пока осталось нерасшифрованным. Первое авианосное ударное соединение под командованием вице-адмирала Нагумо, идущее к Мидуэю, было тем самым, что атаковало Перл-Харбор, а затем совершило рейд до самого Цейлона. Рошфор был убежден, что в него входят только авианосцы-ветераны «Акаги», «Кага», «Хирю» и «Сорю» под прикрытием двух линкоров, трех крейсеров и 11 эсминцев. Он полагал — как потом выяснилось, правильно, — что «Секаку» и «Дзуйкаку», новейшие и самые большие авианосцы, приданные этой эскадре, будут не в состоянии принять участие в грядущем сражении. Из данных радиоперехватов следовало, что на «Секаку» все еще латают повреждения, полученные во время битвы в Коралловом море, а на «Дзуйкаку» не успели заменить опытных пилотов, погибших в том же сражении. По оценкам Рошфора, атака на Мидуэй и Алеуты начнется в начале июня, но точную дату он назвать не мог, потому что она была зашифрована особым шифром, использовавшимся специально для дат и времени.
Нимиц разрешил Лейтону послать по радио краткое изложение плана Ямамото (не раскрывая источник информации) нескольким адресатам, зашифровав его особым «адмиральским» кодом. Среди получателей был и адмирал Фитч, который в тот момент плыл в Сан-Диего на крейсере «Честер», чтобы принять командование над эскадрой «Саратоги». На борту «Честера» находились также штаб Фитча и другие офицеры, пережившие гибель «Лексингтона», включая бывшего командира авианосца кэптена Фредерика Ч. Шермана, а также бывшего начальника штаба Шермана коммандера Мортона Селигмэна и Стэнли Джонстона, военного корреспондента «Чикаго трибьюн». Селигмэн нарушил секретность, показав Джонстону, с которым успел подружиться, депешу Нимица с планом Ямамото.
24 мая адмирал Нимиц решил, что для него и его штаба настало время для личной встречи с Рошфором, и он приказал ему прибыть в штаб на следующий день. В назначенный час адмирал и его офицеры собрались, но Рошфора не было. Присутствующие обменивались взглядами. Обычно на встречу с командующим не опаздывают.
Наконец, опоздав на полчаса, прибыл Рошфор — слегка взъерошенный и немного сонный. Адмирал встретил его ледяным взглядом. Рошфор извинился и пояснил, что всю ночь вместе с помощниками пытался взломать код, которым японцы шифровали даты и время. Один из его помощников, лейтенант-коммандер Уэсли Райт, сумел продвинуться в этом деле настолько, что смог предсказать, что противник начнет операцию на Алеутах 3 июня, а против Мидуэя — 4 июня. Рошфор добавил, что теперь поступление новой информации от криптоаналитиков до начала атаки маловероятно, потому что японцы в очередной раз сменили действующий код или как минимум ввели в действие новый набор дополнительных групп. И пройдут недели, прежде чем поток сообщений, переданных новым кодом, накопится до такого объема, что криптоаналитики сумеют его снова взломать за счет анализа повторяющихся групп.