Противник, обнаружив наши суда, открыл с берега артиллерийский и минометный огонь, а 26 декабря на десантные отряды обрушила мощный огонь вражеская авиация. Высадку десанта в намеченных пунктах произвести не удалось. Война опять поставила Сергея Георгиевича Горшкова перед непростым вопросом: что делать?
Командующий флотилией, оценив обстановку, свои силы и силы противника и верный правилу не отступать, а нападать, если даже враг сильнее, отдал приказ начать высадку основных сил в районе мысов Зюк и Хрони. И хотя пришлось отказаться от захвата с моря плацдарма в районе Ак-Монайских позиций, зато создавались условия для быстрого овладения Керчью совместно с десантом, высаженным в районах Камыш-Бурун, Эльтиген.
Керченско-Феодосийская десантная операция внесла многое в опыт подготовки и осуществления подобных операций в условиях сильного противодействия противника на побережье и в воздухе. Эта операция позволила сорвать вторжение противника через Керченский пролив на Таманский полуостров и вынудила 11-ю немецкую армию перейти к обороне под Севастополем. Не случайно командующий этой армией впоследствии писал, что никто не мог предвидеть, удастся ли вообще справиться со смертельной, возникшей в результате десантных операций у Керчи и Феодосии опасностью для армии.
Война всегда полна неожиданностей. Контр-адмиралу Горшкову она преподносила уроки, которых ни в каких учебниках не найдешь. И каждый раз при неожиданных поворотах событий требовалась гибкость мышления, инициатива, самостоятельность. Командиры, штабные работники отдавали должное оригинальным решениям командующего флотилией.
В зимних условиях, когда прибрежные районы Азовского моря и весь Таганрогский залив покрылись крепким льдом, С. Г. Горшков приказал наносить систематические удары по вражеской обороне у Таганрога и восточнее Мариуполя силами штурмовых отрядов моряков. Эти отряды создавали из наиболее выносливых моряков-добровольцев, преимущественно коммунистов и комсомольцев. Предварительно учились преодолевать нагромождения льдов, метко стрелять, вести бой против огневых точек и пехоты, метать гранаты.
Отряды выходили из Азова и Ейска в предвечернее время, шли по льду более 30 километров, снимали вражеские дозоры, посты, разрушали огневые точки и другие объекты обороны, уничтожали вражеские гарнизоны и вновь преодолевали тяжелый путь по льду, возвращаясь обратно к своему берегу.
Зимой 1941–42 года более 80 раз разведывательные и штурмовые отряды моряков флотилии совершали рейды в тыл врага, на занятый противником берег Таганрогского залива. Они нанесли гитлеровцам значительный урон, отвлекали немалые силы врага, вносили в их ряды панику.
Командующий флотилией все время держал под контролем действия штурмовых отрядов, сам проверял их готовность, вникал в их подготовку, давал советы, как действовать. Контр-адмирал изучал уставы и наставления сухопутных войск и свободно оперировал сугубо сухопутной терминологией, обнаруживая доскональное знание и понимание специфики действий сухопутных войск. Как помогло это впоследствии — при обороне Таманского полуострова, при защите Новороссийска, во время командования 47-й армией, освобождении Крыма и городов Приазовского побережья, когда приходилось постоянно взаимодействовать с армейцами, знать и понимать их тактику.
В мае 1942 года Ставка Верховного Главнокомандования отдала приказ об эвакуации Керченского полуострова. Выполнение этой задачи было возложено на Азовскую флотилию. В распоряжение командования Керченской военно-морской базы были переданы все находившиеся в Азовском море суда. Артиллерийские корабли флотилии прикрывали перевозки и северный фланг наших частей на полуострове. В трудных условиях, когда наши войска несли потери от вражеской авиации как в пунктах посадки, высадки, так и при переходе через пролив, удалось эвакуировать около 120 тысяч человек.
Действиям наших сил угрожали части противника, расположенные в северной части побережья Азовского моря. Чтобы сковать их, командование флотилии во главе с командующим разработало детальный план минных постановок на Азовском море. В течение трех месяцев, обычно в ночное время суток, отряды и группы кораблей и катеров-заградителей в сопровождении тральщиков скрытно совершали переходы в район вероятного движения судов врага и ставили там мины. 17 судов потерял противник на минах в этом районе.
«Во время одного из совещаний в своей штаб-квартире, — писал позже буржуазный военно-морской историк Ю. Майстер, — Гитлер заметил, что немцы несут значительные потери в этих водах, подрываясь на минах».
Военные действия Азовской флотилии основывались на трезвом учете своих сил и сил противника, сложившейся обстановки и возможных вариантов действий. Приняв решение, командующий флотилией настойчиво проводил его в жизнь.
А потом наступил август 1942 года, когда перед Азовской флотилией была поставлена одна из сложнейших задач — вывод огромного количества судов из Азовского в Черное море.
Командующий флотилией снова и снова анализировал обстановку. В чем преимущества немецких сил? Они занимают господствующие высоты на восточном побережье Керченского полуострова, простреливают огнем прямой наводки Керченский пролив. В заливах северного побережья Керченского полуострова, в портах Керчь и Камыш-Бурун — вражеские корабли, вооруженные артиллерией и торпедами. В этих условиях проход через Керченский залив — это, по существу, прорыв оборонительной позиции противника. Так родилось решение. От Темрюка до входа в Керченский пролив суда шли в сопровождении сторожевых катеров и тральщиков. Первоначально суда проходили через пролив безлунными ночами порознь, прижимаясь к нашему берегу. Особо трудным был прорыв в узких местах пролива — в районе косы Чушка и в Тузлинской промоине. Этот узкий коридор пронизывали лучи прожекторов и осветительные ракеты. Чтобы замаскировать наши суда, сторожевые катера и катера-тральщики прикрывали конвои дымовыми завесами.
Тот прорыв наших кораблей и судов был подвигом. По своему замыслу и организации он явился дальнейшим развитием советского военно-морского искусства. Свыше 150 вымпелов боевых кораблей и судов осуществили дерзкий прорыв в условиях непрерывного обстрела врага и постоянного воздействия с воздуха.
Все корабли и суда прибыли в Новороссийск.
В начале сентября в связи с подходом противника к командному пункту, находившемуся почти в центре Новороссийска, заместитель командующего НОРом контр-адмирал С. Г. Горшков, на которого Военный совет фронта 2 сентября 1942 года возложил непосредственное руководство обороной города, отдал приказ перенести КП на берег бухты. Офицеры штаба переглянулись: слишком уж рискованно. Но с наступлением темноты С. Г. Горшков, показывая пример другим командирам и увлекая их за собой, пробрался мимо вражеских частей на берег бухты и обосновался в подвале школы пограничников. Контр-адмирал хорошо усвоил давнее правило: флотоводец — первый матрос.
Еще двое суток руководил С. Г. Горшков вместе со своим штабом боевыми действиями подчиненных частей. А когда поступил приказ — эвакуировал морских пехотинцев и части 47-й армии из центральной части города и района Мысхако на восточную окраину, в район цементных заводов.
С исключительным упорством сражались морские пехотинцы до последнего часа. Прерывалась связь, гитлеровцы, пользуясь своим численным превосходством, обступали защитников города все плотнее.
С командного пункта на 9-м километре с тревогой наблюдали за ожесточенной перестрелкой на западном берегу бухты. И когда в ночь с 9 на 10 сентября прервалась связь, было принято решение отправить в район рыбозавода десантную группу.
…Много лет спустя о некоторых подробностях той ночи Сергею Георгиевичу Горшкову напомнил мичман И. М. Корягин — тогда командир отделения разведки: «…Перед посадкой на катера нам кратко объяснили, что наш десант должен отвлечь внимание противника… И еще нам сказали: «В городе остался контр-адмирал Горшков, судьба его неизвестна. Вы должны разыскать его, живого или мертвого, и доставить в Геленджик».